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基因組分析導(dǎo)向發(fā)現(xiàn)海洋鏈霉菌IMB3-202產(chǎn)生的吲哚咔唑生物堿

發(fā)布時(shí)間:2020-12-06 15:17
  耐藥細(xì)菌的不斷出現(xiàn)與傳播,使得感染性疾病的臨床治療面臨巨大挑戰(zhàn),研制新型抗耐藥菌的藥物迫在眉睫。傳統(tǒng)的從土壤放線(xiàn)菌中發(fā)現(xiàn)新結(jié)構(gòu)抗生素的幾率日趨下降,而海洋微生物中一系列結(jié)構(gòu)新穎的先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn),使海洋放線(xiàn)菌引起了廣泛的關(guān)注;蚪M測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步使得從基因水平上預(yù)測(cè)微生物次級(jí)代謝產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)成為可能。因此,基于基因組序列分析、發(fā)現(xiàn)海洋放線(xiàn)菌中新活性天然產(chǎn)物成為近年的研究熱點(diǎn)。本研究是以基因組分析為導(dǎo)向,預(yù)測(cè)一株海洋來(lái)源的放線(xiàn)菌—鏈霉菌(Streptomyces sp.)IMB3-202的次級(jí)代謝產(chǎn)物,并對(duì)其進(jìn)行分離、純化和結(jié)構(gòu)鑒定,以期獲得新型的抗耐藥菌活性化合物。利用AntiSMASH3.0對(duì)菌株基因組進(jìn)行生物信息學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)其基因組中,存在一條與吲哚咔唑類(lèi)化合物生物合成基因相似的基因簇,提示該菌株具有產(chǎn)生吲哚咔唑化合物的潛能;對(duì)菌株IMB3-202的發(fā)酵培養(yǎng)基和發(fā)酵條件進(jìn)行優(yōu)化,確定了其最佳培養(yǎng)條件;采用多種色譜方法對(duì)發(fā)酵產(chǎn)物進(jìn)行系統(tǒng)的分離純化,從中分離純化得到4個(gè)吲哚咔唑類(lèi)化合物(1~4);利用UV、IR、MS、1D和2DNMR等波譜方法進(jìn)行結(jié)構(gòu)鑒定,其結(jié)構(gòu)分別確定為星形孢菌素(1... 

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【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

基因組分析導(dǎo)向發(fā)現(xiàn)海洋鏈霉菌IMB3-202產(chǎn)生的吲哚咔唑生物堿


圖1從海洋微生物中發(fā)現(xiàn)的先導(dǎo)化合物??FigurelLead?compounds?from?marine?microorganisms??近年來(lái),基因測(cè)序技術(shù)的發(fā)展使得通過(guò)基因組測(cè)序分析和發(fā)現(xiàn)微??

譜圖,海洋放線(xiàn)菌,粗提物,譜圖


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海洋放線(xiàn)菌,系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù),菌株


BLAST比對(duì),從得到了?8?jìng)(gè)菌株的16SrRNA基因序列作為對(duì)比菌株,用??CLUSTALX軟件進(jìn)行多序列比對(duì),根據(jù)比對(duì)結(jié)果用MEGA5.0軟件通過(guò)鄰接法進(jìn)??行聚類(lèi)分析,構(gòu)建目標(biāo)菌株與對(duì)比菌株之間的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)(圖2-3)。?? ̄?"——?—chmmofitsaiS?NBRC??^a5?{A8184T94)??托?L、.'—..—一?5加敝》?摩油鄉(xiāng)t/?C象?耶!歟浚罰保?釩歟崳?fSP?55l?(^AJ39。?¥}??——一—?—一.一??1L〇?匕?細(xì)cews?557r(AJ3'99484)??卿一:節(jié),觀(guān)順.^replamyctfs?NBf^C?f34.5^AE1#4491)i??1M0¥iAJ?¥17¥4)???....,;:一讀.^T^pfomyc:^?t54j>^'AB*B465i)??鍵?r?Sfi**?pfomyG?¥?NBRC?.*?439(AB1S4?76)??120^?Sirefitamycm?¥gJMB.12Q2i)m4&?U&)??I ̄ ̄I??a朋??圖2-3海洋放線(xiàn)菌IMB3-202的16S?rRNA系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)??Figure?2-3?16S?rRNA?phylogenetic?tree?of?Streptomyces?sp.?IMB3-202??汾re/^o/^yca?sp.?IMB3-202的16SrRNA基因序列進(jìn)BLAST比對(duì)分析

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]吲哚咔唑類(lèi)化合物及其衍生物的抗腫瘤活性[J]. 陳蘇婷,尤啟冬.  化學(xué)進(jìn)展. 2008(Z1)
[2]一種簡(jiǎn)單、有效的適于PCR操作的放線(xiàn)菌DNA提取方法[J]. 姜淑梅,張龍,戴世鯤,李翔.  生物技術(shù). 2007(01)



本文編號(hào):2901594

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