為闡明GPR40與其激動劑分子之間的相互作用方式,構建可用于GPR40激動劑分子先導化合物篩選的藥效團模型。我們利用分子對接技術將GPR40與其激動劑分子進行對接,分析分子與受體之間相互作用的關鍵氨基酸和結合方式,采用藥團模型法分別構建了基于受體-配體復合物(CBP)和基于激動劑分子共同特征(HipHop)的藥效團模型,HipHop模型采用測試集法進行驗證。結果顯示GPR40與小分子相互作用的關鍵氨基酸主要有ARG183、TYR91、TYR2240、ARG2258、PHE142等,相互作用方式則主要為氫鍵、鹽橋、Pi-Pi Stacking以及疏水作用,以藥團模型法構建了10個HipHop模型,其中8號藥效團為最優(yōu)模型,可用于GPR40激動劑分子的虛擬篩選研究,這為GPR40激動劑藥物分子設計奠定了理論基礎。

【文章頁數(shù)】：8 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 GPR40受體蛋白及小分子的準備
    1.2 分子對接
    1.3 模型構建
        1.3.1 CBP模型構建
        1.3.2 HipHop模型構建
2 結果與討論
    2.1 原配體作用方式
    2.2 GPR40受體激動劑作用方式
    2.3 藥效團模型的構建
        2.3.1 基于受體-配體復合物藥效團模型構建
        2.3.2 基于分子共同特征的藥效團模型構建
3 結論



本文編號：3993427