發(fā)布時間：2020-12-05 05:47

　　自然界許多生物的表型都存在著變異,可遺傳的表型變異是生物多樣性的基礎(chǔ),解析自然界生物適應(yīng)性表型變異的分子基礎(chǔ)是進(jìn)化生物學(xué)的熱點和主要挑戰(zhàn)。在具有回聲定位能力的蝙蝠中,回聲定位叫聲頻率主要用于捕食、適應(yīng)環(huán)境和個體間交流。雖然回聲定位叫聲頻率在不同蝙蝠物種或種內(nèi)不同亞種間都存在著極大變異,但至今人們對該表型變異的分子基礎(chǔ)仍知之甚少。菊頭蝠屬（Rhinolophus）物種屬于恒頻-調(diào)頻蝙蝠。由于多普勒效應(yīng),該類蝙蝠的回聲定位叫聲頻率與聽力頻率保持一致。本論文以中菊頭蝠三個存在顯著叫聲頻率差異的亞種（喜馬拉雅亞種、東部亞種和海南亞種）為研究對象,通過對其耳蝸組織進(jìn)行比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究,來解析亞種間叫聲頻率變異的分子基礎(chǔ)。在本論文中,每個亞種選取4個成年雄性個體,并使用兩種方法（edgeR和DESeq2）來鑒定差異表達(dá)基因（DEGs）。首先,通過對三個亞種耳蝸組織的基因表達(dá)譜進(jìn)行兩兩比較發(fā)現(xiàn),亞種間叫聲頻率的差異與基因的差異表達(dá)模式相關(guān)。在叫聲頻率差異較大的比較中（喜馬拉雅亞種vs.海南亞種,叫聲頻率差異為16.3 kHz;喜馬拉雅亞種vs.東部亞種,叫聲頻率差異為13.4 kHz）,對應(yīng)發(fā)現(xiàn)的差... 

【文章來源】：華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：81 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

PCA圖顯示了基于矯正后表達(dá)量矩陣構(gòu)建的中菊頭蝠所有個體間的聚類關(guān)系

華東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文233.1.4差異表達(dá)分析用edgeR和DESeq2方法獲得在三組比較(D1：喜馬拉雅亞種vs.海南亞種；D2：喜馬拉雅亞種vs.東部亞種；D3：東部亞種vs.海南亞種)中的差異表達(dá)基因。在各組比較中，用這兩種方法所得的差異表達(dá)基因的數(shù)量是相似的(圖3-2)。為了減少假陽性，本論文將edgeR和DESeq2兩種方法共同鑒定出的差異表達(dá)基因(DEGs)視為真正的差異表達(dá)基因。在喜馬拉雅亞種與海南亞種比較(D1)中共獲得799個差異表達(dá)基因，其中408個基因在喜馬拉雅亞種中高表達(dá)，391個基因在海南亞種中高表達(dá)；喜馬拉雅亞種和東部亞種比較(D2)中共獲得750個差異表達(dá)基因，其中452個基因在喜馬拉雅亞種中高表達(dá)，298個基因在東部亞種中高表達(dá)；東部亞種和海南亞種比較(D3)中共獲得39個差異表達(dá)基因，其中18個基因在東部亞種中高表達(dá)，21個差異表達(dá)基因在海南亞種中高表達(dá)(圖3-3)。圖3-2edgeR和DESeq2法分別鑒定的差異表達(dá)基因的柱狀圖。Up和Down分別代表基因在比較組第一個類群中上調(diào)和下調(diào)Figure3-2BarplotsshowingthenumberofDEGsidentifiedbyedgeRandDESeq2,respectively.Upanddownrepresentedup-regulationanddown-regulationofgenesinthefirsttaxonofthecomparisonrelativetotheother,respectively

華東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文24圖3-3edgeR和DESeq2兩種方法共同鑒定的差異表達(dá)基因的柱狀圖。Up和Down分別代表基因在比較組第一個類群中上調(diào)和下調(diào)Figure3-3BarplotsshowingthenumberofDEGsidentifiedbybothedgeRandDESeq2.Upanddownrepresentedup-regulationanddown-regulationofgenesinthefirsttaxonofthecomparisonrelativetotheother,respectively為了確定與叫聲頻率變異相關(guān)的基因，本論文把在具有不同叫聲頻率亞種間的比較中(D1、D2)都出現(xiàn)的差異表達(dá)基因視為候選基因。D1和D2兩個比較中重疊的DEGs共有252個(圖3-4)，其中157個DEGs在喜馬拉雅亞種(具有較高叫聲頻率)中高表達(dá)，95個DEGs在東部亞種和海南亞種(兩亞種具有較低叫聲頻率)中高表達(dá)(詳細(xì)信息見表S1)。圖3-4Venn圖顯示了在D1(喜馬拉雅亞種vs.海南亞種)和D2(喜馬拉雅亞種vs.東部亞種)中的差異表達(dá)基因情況。向上和向下箭頭分別代表基因在喜馬拉雅亞種中上調(diào)和下調(diào)表達(dá)Figure3-4VenndiagramshowingthenumberofDEGsintwocomparisons(D1:R.a.himalayanusvs.R.a.hainanus；D2:R.a.himalayanusvs.R.a.macrurus).Theupanddownarrowsrepresentedup-regulationanddown-regulationofgenesinR.a.himalayanus,respectively

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]蝙蝠耳蝸毛細(xì)胞損害后支持細(xì)胞轉(zhuǎn)分化為再生毛細(xì)胞研究[J]. 李勝利,張正民,張少強,劉思偉,趙謙,閆利英,朱宏亮.  中華耳科學(xué)雜志. 2010(03)
[2]中菊頭蝠中國三亞種的形態(tài)特征比較[J]. 周昭敏,徐偉霞,吳毅,李玉春,胡錦矗.  動物學(xué)研究. 2005(06)



本文編號：2898985