我國部分省牛庫布病毒的檢測及基因組研究
發(fā)布時(shí)間：2020-12-05 07:56
牛庫布病毒（Bovine kobuvirus,BKV）屬于小RNA核酸病毒科,庫布病毒屬,為無囊膜,單股正鏈RNA病毒。其直徑在30 nm-40 nm之間,呈球形。目前GenBank數(shù)據(jù)庫中有3條BKV基因組,分別來自日本,英國和埃及。研究數(shù)據(jù)表明BKV可能與牛腹瀉有關(guān),但是該病毒的致病性仍然還不清楚。自2003年BKV在日本被發(fā)現(xiàn)以來,該病毒已在10個(gè)國家被檢測到,證明BKV有十分廣泛的地域分布。BKV在奶牛中最高感染率可達(dá)77.8%,在肉牛中感染率為14%。2003年我國在奶牛腹瀉糞便中首次發(fā)現(xiàn)BKV,經(jīng)檢測感染率高達(dá)34.9%。BKV的流行可能給我國的養(yǎng)牛行業(yè)的健康發(fā)展帶來潛在的威脅。另外,牦牛作為我國青藏高原地區(qū)主要的牛種,還未見有關(guān)牦牛源BKV的報(bào)道。BKV作為一個(gè)新病毒,在我國的相關(guān)研究資料非常少。本研究主要對我國部分省份奶牛糞便樣本進(jìn)行分子檢測,了解該病毒與奶牛腹瀉的相關(guān)性及分子特征;了解青藏高原地區(qū)牦牛BKV的感染情況。取得的成果如下:1.完成了中國四個(gè)省區(qū)奶牛源BKV的分子檢測和遺傳進(jìn)化分析為了了解我國部分省份犢奶牛的BKV的感染情況及分子特征。本研究樣本收集自201...
【文章來源】：西南民族大學(xué)四川省
【文章頁數(shù)】：68 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
基于BKV3D部分基因序列（552bp），用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹
我國部分省區(qū)牛庫布病毒的檢測及基因組研究20圖4基于完整VP1核苷酸序列（801bp），用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。黑色圓圈代表來自本研究的毒株，空心圓圈代表來自之前另外一篇中國報(bào)道所列出的毒株（Changetal.,2014）。節(jié)點(diǎn)上顯示的是基于1,000個(gè)復(fù)制的引導(dǎo)值。Fig.4.MaximumlikelihoodphylogenetictreebasedoncompleteVP1ntsequences（801bp）.BlackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudyandhollowcirclesdenoteisolatesfromapreviousChinesestudy（Changetal.,2014）..Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
我國部分省區(qū)牛庫布病毒的檢測及基因組研究212.3.5BKVVP0分子的遺傳進(jìn)化分析從遼寧和河南2個(gè)省份的5個(gè)奶牛場的糞便樣本中成功獲得了12個(gè)VP0片段，長度為660bp。以上序列均提交到GenBank數(shù)據(jù)庫，登錄號為MK080253-MK080264。這12條VP0序列之間具有78.5%-100%核苷酸序列同源性和推導(dǎo)氨基酸序列同源性為84.1%-100%，與GenBank數(shù)據(jù)庫中僅有的3個(gè)BKVVP0相比，核苷酸序列同源性為80.2%-84.7%，氨基酸序列同源性為85.0%-91.8%。系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹基于GenBank數(shù)據(jù)庫中僅有的3個(gè)BKV基因組包含的VP0氨基酸序列和本研究得到的12個(gè)VP0氨基酸序列，用最大似然法建立進(jìn)化樹，見圖5。從圖中可以看出進(jìn)化樹共分為兩個(gè)分支，本研究得到的11個(gè)BKV毒株聚為獨(dú)立的一支，暫時(shí)叫分支1。剩余的1個(gè)毒株和GenBank數(shù)據(jù)庫中3個(gè)毒株聚集為另一個(gè)獨(dú)立的分支，暫時(shí)叫分支2(圖4)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，與分支2中的毒株相比，分支1中本研究得到的11個(gè)VP0毒株有一個(gè)獨(dú)特的氨基酸插入(S63或N63)。圖5基于BKVVP0氨基酸序列（220aa）序列，用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。黑圈代表本研究中得到的毒株。節(jié)點(diǎn)上顯示的是基于1,000個(gè)復(fù)制的引導(dǎo)值。Fig.5.Maximumlikelihoodphylogenetictreebasedon220aasequencealignmentoftheVP0proteinfromBKVstrains.Blackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudy.Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]豬嵴病毒VP1基因序列測定與分析[J]. 易春華,謝齊斌,唐薇薇,朱春剛,秦長串,伍和明,韋達(dá)有. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2016(04)
[2]不同部位高原牦牛肉品質(zhì)評價(jià)[J]. 保善科,張麗,孔祥穎,王莉,周玉春,孫寶忠,余群力,王福寧,謝鵬,李海鵬. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2015(03)
[3]動(dòng)物嵴病毒病原特點(diǎn)及檢測[J]. 代洪波,李淞,周遠(yuǎn)成,朱玲,徐志文. 病毒學(xué)報(bào). 2012(05)
[4]四步法消除SYBR GreenⅠ實(shí)時(shí)定量RT-PCR中引物二聚體的影響[J]. 張馳宇,張高紅,楊敏,賁昆龍. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2004(03)
碩士論文
[1]豬嵴病毒全基因組序列分析及熒光定量PCR檢測方法的建立[D]. 王長松.上海交通大學(xué) 2013
本文編號：2899151
【文章來源】：西南民族大學(xué)四川省
【文章頁數(shù)】：68 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
基于BKV3D部分基因序列（552bp），用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹
我國部分省區(qū)牛庫布病毒的檢測及基因組研究20圖4基于完整VP1核苷酸序列（801bp），用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。黑色圓圈代表來自本研究的毒株，空心圓圈代表來自之前另外一篇中國報(bào)道所列出的毒株（Changetal.,2014）。節(jié)點(diǎn)上顯示的是基于1,000個(gè)復(fù)制的引導(dǎo)值。Fig.4.MaximumlikelihoodphylogenetictreebasedoncompleteVP1ntsequences（801bp）.BlackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudyandhollowcirclesdenoteisolatesfromapreviousChinesestudy（Changetal.,2014）..Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
我國部分省區(qū)牛庫布病毒的檢測及基因組研究212.3.5BKVVP0分子的遺傳進(jìn)化分析從遼寧和河南2個(gè)省份的5個(gè)奶牛場的糞便樣本中成功獲得了12個(gè)VP0片段，長度為660bp。以上序列均提交到GenBank數(shù)據(jù)庫，登錄號為MK080253-MK080264。這12條VP0序列之間具有78.5%-100%核苷酸序列同源性和推導(dǎo)氨基酸序列同源性為84.1%-100%，與GenBank數(shù)據(jù)庫中僅有的3個(gè)BKVVP0相比，核苷酸序列同源性為80.2%-84.7%，氨基酸序列同源性為85.0%-91.8%。系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹基于GenBank數(shù)據(jù)庫中僅有的3個(gè)BKV基因組包含的VP0氨基酸序列和本研究得到的12個(gè)VP0氨基酸序列，用最大似然法建立進(jìn)化樹，見圖5。從圖中可以看出進(jìn)化樹共分為兩個(gè)分支，本研究得到的11個(gè)BKV毒株聚為獨(dú)立的一支，暫時(shí)叫分支1。剩余的1個(gè)毒株和GenBank數(shù)據(jù)庫中3個(gè)毒株聚集為另一個(gè)獨(dú)立的分支，暫時(shí)叫分支2(圖4)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，與分支2中的毒株相比，分支1中本研究得到的11個(gè)VP0毒株有一個(gè)獨(dú)特的氨基酸插入(S63或N63)。圖5基于BKVVP0氨基酸序列（220aa）序列，用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。黑圈代表本研究中得到的毒株。節(jié)點(diǎn)上顯示的是基于1,000個(gè)復(fù)制的引導(dǎo)值。Fig.5.Maximumlikelihoodphylogenetictreebasedon220aasequencealignmentoftheVP0proteinfromBKVstrains.Blackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudy.Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]豬嵴病毒VP1基因序列測定與分析[J]. 易春華,謝齊斌,唐薇薇,朱春剛,秦長串,伍和明,韋達(dá)有. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2016(04)
[2]不同部位高原牦牛肉品質(zhì)評價(jià)[J]. 保善科,張麗,孔祥穎,王莉,周玉春,孫寶忠,余群力,王福寧,謝鵬,李海鵬. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2015(03)
[3]動(dòng)物嵴病毒病原特點(diǎn)及檢測[J]. 代洪波,李淞,周遠(yuǎn)成,朱玲,徐志文. 病毒學(xué)報(bào). 2012(05)
[4]四步法消除SYBR GreenⅠ實(shí)時(shí)定量RT-PCR中引物二聚體的影響[J]. 張馳宇,張高紅,楊敏,賁昆龍. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2004(03)
碩士論文
[1]豬嵴病毒全基因組序列分析及熒光定量PCR檢測方法的建立[D]. 王長松.上海交通大學(xué) 2013
本文編號：2899151
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