牛庫布病毒（Bovine kobuvirus,BKV）屬于小RNA核酸病毒科,庫布病毒屬,為無囊膜,單股正鏈RNA病毒。其直徑在30 nm-40 nm之間,呈球形。目前GenBank數(shù)據(jù)庫中有3條BKV基因組,分別來自日本,英國和埃及。研究數(shù)據(jù)表明BKV可能與牛腹瀉有關,但是該病毒的致病性仍然還不清楚。自2003年BKV在日本被發(fā)現(xiàn)以來,該病毒已在10個國家被檢測到,證明BKV有十分廣泛的地域分布。BKV在奶牛中最高感染率可達77.8%,在肉牛中感染率為14%。2003年我國在奶牛腹瀉糞便中首次發(fā)現(xiàn)BKV,經(jīng)檢測感染率高達34.9%。BKV的流行可能給我國的養(yǎng)牛行業(yè)的健康發(fā)展帶來潛在的威脅。另外,牦牛作為我國青藏高原地區(qū)主要的牛種,還未見有關牦牛源BKV的報道。BKV作為一個新病毒,在我國的相關研究資料非常少。本研究主要對我國部分省份奶牛糞便樣本進行分子檢測,了解該病毒與奶牛腹瀉的相關性及分子特征;了解青藏高原地區(qū)牦牛BKV的感染情況。取得的成果如下:1.完成了中國四個省區(qū)奶牛源BKV的分子檢測和遺傳進化分析為了了解我國部分省份犢奶牛的BKV的感染情況及分子特征。本研究樣本收集自201... 

【文章來源】：西南民族大學四川省

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

基于BKV3D部分基因序列（552bp），用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進化樹

我國部分省區(qū)牛庫布病毒的檢測及基因組研究20圖4基于完整VP1核苷酸序列（801bp），用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進化樹。黑色圓圈代表來自本研究的毒株，空心圓圈代表來自之前另外一篇中國報道所列出的毒株（Changetal.,2014）。節(jié)點上顯示的是基于1,000個復制的引導值。Fig.4.MaximumlikelihoodphylogenetictreebasedoncompleteVP1ntsequences（801bp）.BlackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudyandhollowcirclesdenoteisolatesfromapreviousChinesestudy（Changetal.,2014）..Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.

我國部分省區(qū)牛庫布病毒的檢測及基因組研究212.3.5BKVVP0分子的遺傳進化分析從遼寧和河南2個省份的5個奶牛場的糞便樣本中成功獲得了12個VP0片段，長度為660bp。以上序列均提交到GenBank數(shù)據(jù)庫，登錄號為MK080253-MK080264。這12條VP0序列之間具有78.5%-100%核苷酸序列同源性和推導氨基酸序列同源性為84.1%-100%，與GenBank數(shù)據(jù)庫中僅有的3個BKVVP0相比，核苷酸序列同源性為80.2%-84.7%，氨基酸序列同源性為85.0%-91.8%。系統(tǒng)發(fā)育進化樹基于GenBank數(shù)據(jù)庫中僅有的3個BKV基因組包含的VP0氨基酸序列和本研究得到的12個VP0氨基酸序列，用最大似然法建立進化樹，見圖5。從圖中可以看出進化樹共分為兩個分支，本研究得到的11個BKV毒株聚為獨立的一支，暫時叫分支1。剩余的1個毒株和GenBank數(shù)據(jù)庫中3個毒株聚集為另一個獨立的分支，暫時叫分支2(圖4)。進一步分析發(fā)現(xiàn)，與分支2中的毒株相比，分支1中本研究得到的11個VP0毒株有一個獨特的氨基酸插入(S63或N63)。圖5基于BKVVP0氨基酸序列（220aa）序列，用最大似然法建立系統(tǒng)發(fā)育進化樹。黑圈代表本研究中得到的毒株。節(jié)點上顯示的是基于1,000個復制的引導值。Fig.5.Maximumlikelihoodphylogenetictreebasedon220aasequencealignmentoftheVP0proteinfromBKVstrains.Blackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudy.Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]豬嵴病毒全基因組序列分析及熒光定量PCR檢測方法的建立[D]. 王長松.上海交通大學 2013



本文編號：2899151