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鼻咽癌STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件分析與鑒定

發(fā)布時間:2024-07-09 02:07
  目的 :分析并鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件,探討鼻咽癌STGC3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控分子機制。方法 :運用生物信息學(xué),預(yù)測并分析STGC3基因核心啟動子區(qū)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點;將相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,制備3種探針即生物素標(biāo)記野生型、突變型及未標(biāo)記野生型;提取CNE2細(xì)胞核蛋白,利用電泳遷移率變動分析(EMSA)及染色質(zhì)免疫共沉淀(ChIP)分析,體內(nèi)外鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。結(jié)果 :在STGC3基因核心啟動子區(qū)存在21個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,其中9個為Sp1轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點;進(jìn)一步嚴(yán)格限定參數(shù),STGC3基因核心啟動子區(qū)域含有轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點5個,其中Sp1轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點2個;EMSA和ChIP實驗結(jié)果顯示,STGC3基因中存在轉(zhuǎn)錄因子Sp1特異性結(jié)合位點,從而鑒定出STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。結(jié)論 :STGC3基因核心啟動子區(qū)含有Sp1特異性結(jié)合位點,為該基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。

【文章頁數(shù)】:6 頁

【部分圖文】:

圖1參數(shù)默認(rèn)時,STGC3基因核心啟動區(qū)轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果

圖1參數(shù)默認(rèn)時,STGC3基因核心啟動區(qū)轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果

AliBaba2.1、TESS和TFSEARCH3種在線軟件,預(yù)測并分析STGC3基因核心啟動子-934~-653bp區(qū)域序列內(nèi)存在的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。結(jié)果顯示,該基因核心啟動區(qū)域內(nèi)存在轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件較多,綜合分析預(yù)測結(jié)果,確定以AliBaba2.1軟件預(yù)測結(jié)果作為本實驗結(jié)果。....


圖2嚴(yán)格限定參數(shù)后,STGC3基因核心啟動區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果

圖2嚴(yán)格限定參數(shù)后,STGC3基因核心啟動區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果

下劃線為Sp1核心序列;方格中為突變堿基;WtSp1為未標(biāo)記的野生型探針;Biotin-MtSp1為生物素標(biāo)記的突變型探針;Biotin-WtSp1為生物素標(biāo)記的野生型探針(圖3)。圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列


圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖2嚴(yán)格限定參數(shù)后,STGC3基因核心啟動區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件預(yù)測結(jié)果2.3ChIP鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件


圖4EMSA鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件結(jié)果

圖4EMSA鑒定STGC3基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件結(jié)果

采用ChIP進(jìn)一步鑒定STGC3基因核心啟動區(qū)存在轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件。實驗中為排除可能出現(xiàn)假陽性或假陰性結(jié)果,實驗分5組,分別是陽性對照組,即沒有用抗體處理的含有總基因DNA的imput,陰性對照組是用IgG處理的DNA,同時設(shè)AntiPolymeraseⅡ和Noantibody組排....



本文編號:4004226

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