發(fā)布時(shí)間：2018-03-11 06:15

  本文選題：牦牛　切入點(diǎn)：肺　出處：《畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào)》2017年07期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：旨在利用RNA-Seq的高通量測(cè)序技術(shù)從基因組轉(zhuǎn)錄水平解析牦牛低氧適應(yīng)及相關(guān)遺傳機(jī)制。本研究以牦牛和黃牛肺為樣本,經(jīng)Illumina HiSeq2 500平臺(tái)測(cè)序并進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明,在黃牛轉(zhuǎn)錄測(cè)序文庫(kù)中共獲得了54 720 968條序列,包含4 924 882 170bp,在牦牛中共獲得了51 641 282條序列,包含4 647 715 380bp。牦�；�本轉(zhuǎn)錄組分析發(fā)現(xiàn),8 123條mRNA的5′-或3′-末端在原有基礎(chǔ)上發(fā)生了延伸,同時(shí)還發(fā)現(xiàn)了7 059個(gè)新轉(zhuǎn)錄本,預(yù)測(cè)其中2 795個(gè)新轉(zhuǎn)錄本具有編碼蛋白的能力;GO分析表明,共有14 764個(gè)基因得到分類注釋,涉及細(xì)胞組分、生物學(xué)過(guò)程及分子功能3個(gè)大類59個(gè)小類,其中細(xì)胞、細(xì)胞過(guò)程及綁定類別最為富集;KEGG分析表明,14 485個(gè)基因涉及到258個(gè)通路,代謝途徑通路最為富集,其次為粘著斑通路及阿米巴病通路。將牦牛肺轉(zhuǎn)錄組與黃牛進(jìn)行比較,Ka/Ks分析篩選出39個(gè)正選擇基因,這些基因的GO分類注釋結(jié)果顯示,在細(xì)胞組分TOP10中與核糖體相關(guān)的類別所占比例最大(4/10),生物學(xué)過(guò)程TOP10中與免疫細(xì)胞相關(guān)的類別所占比例最大(7/10),分子功能TOP10中與酶活性相關(guān)的類別所占比例最大(5/10);KEGG注釋結(jié)果表明,這些基因共涉及56個(gè)通路,最為富集的前10個(gè)通路中涉及糖類能量、維生素、核酸等相關(guān)代謝的通路占到了7/10。同時(shí)發(fā)現(xiàn),最為富集前10個(gè)通路中有3個(gè)涉及到疾病,推測(cè)這與牦牛的自我保護(hù)機(jī)制有關(guān)。本研究通過(guò)RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)獲得了牦牛肺正常轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù),描繪出了牦牛肺正常轉(zhuǎn)錄組圖譜,為進(jìn)一步的完善牦�；�因組數(shù)據(jù)庫(kù)提供了有價(jià)值的數(shù)據(jù)。同時(shí)通過(guò)與黃牛轉(zhuǎn)錄組的比較,篩選出了相關(guān)的正選擇基因,為進(jìn)一步在分子水平揭示牦牛高原低氧適應(yīng)的獨(dú)特進(jìn)化過(guò)程及遺傳分子機(jī)制提供了參考依據(jù)。
[Abstract]:The aim of this study was to analyze hypoxia adaptation and related genetic mechanisms of yaks at genomic transcription level by using RNA-Seq high-throughput sequencing technique. In this study, yak and yellow cattle lungs were selected as samples, sequenced on Illumina HiSeq2 500 platform and analyzed by bioinformatics. A total of 54 720,968 sequences including 4 924 882 170 BP and 51 641,282 sequences were obtained from the yellow cattle transcription sequencing library. The basic transcriptome analysis of 4 647,715 380bp. found that the 5- or 3H-terminal of 8,123 mRNA were extended on the original basis, and 7 059 new transcripts were also found. It was predicted that 2 795 new transcripts had the ability to encode proteins. The results of go analysis showed that 14 764 genes were classified and annotated, involving 59 subclasses, including cell components, biological processes and molecular functions. KEGG analysis of cell processes and binding types showed that 14 485 genes were involved in 258 pathways, while metabolic pathways were most abundant. 39 genes were selected by comparing the lung transcriptome of yak with that of yellow cattle. The go taxonomy of these genes showed that, The largest proportion of ribosomal related classes in cellular component TOP10 is 4 / 10%, the largest proportion of immunocyte-related classes in biological process TOP10 is 7 / 10%, and the largest proportion of TOP10 classes related to enzyme activity in molecular functional TOP10 is 5 / 10% KEGG. These genes are involved in 56 pathways, and the first 10 most enriched pathways involve carbohydrate energy, vitamins, nucleic acid and other related metabolic pathways that account for 7 / 10. At the same time, it was found that 3 of the top 10 most enriched pathways were related to disease. In this study, the RNA-Seq transcriptional sequencing technique was used to obtain the normal transcriptome database of yak lung, and the map of normal transcriptome of yak lung was obtained. It provides valuable data for further improvement of the yak genome database. At the same time, the positive selection genes are screened by comparison with the yellow cattle transcriptome. It provides a reference basis for further revealing the unique evolutionary process and genetic molecular mechanism of hypoxia adaptation in yak plateau at molecular level.
【作者單位】： 西南民族大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;西南民族大學(xué)青藏高原研究院;金川畜牧獸醫(yī)局;
【基金】：西南民族大學(xué)中央高校基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)專項(xiàng)資金(2015NZYTD01)
【分類號(hào)】：S823.85

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1596923