發(fā)布時(shí)間：2024-06-28 00:08

　　目的:肺腺癌(ADC),作為非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的一個(gè)組織學(xué)亞型,占所有肺癌確診病例的40%,也是肺癌中最常見(jiàn)的組織學(xué)類型。本研究通過(guò)對(duì)GEO及TCGA肺腺癌基因表達(dá)譜的分析,挖掘出與肺腺癌預(yù)后負(fù)相關(guān)的中樞上調(diào)基因,并且對(duì)其進(jìn)行m RNA水平及蛋白水平的驗(yàn)證,本研究的目的在于找出新的肺腺癌生物學(xué)標(biāo)記物及潛在的分子治療靶點(diǎn),以改善肺腺癌患者的生存質(zhì)量。方法:本研究分為生物信息學(xué)分析及實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證兩部分。第一部分中,我們從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載了三個(gè)肺腺癌數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)譜-GSE10072(腫瘤58例,正常49例)、GSE43458(腫瘤80例,正常30例)、GSE83213(腫瘤11例,正常46例),我們還通過(guò)RTCGA數(shù)據(jù)包在R語(yǔ)言環(huán)境中下載了TCGA肺腺癌數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)譜(腫瘤517例,正常59例)。然后我們運(yùn)用limma包及edge R分別對(duì)GEO的三個(gè)數(shù)據(jù)集及TCGA數(shù)據(jù)集進(jìn)行了差異基因的篩選,并運(yùn)用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)及Cytoscape可視化工具挑選出了一系列中樞上調(diào)基因。將這些中樞上調(diào)基因在TCGA中做了生存分析,最終得到了與患者預(yù)后負(fù)相關(guān)的中樞上調(diào)基因。第二部分中,我們將第...

【文章頁(yè)數(shù)】：85 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1反映四個(gè)數(shù)據(jù)集中差異基因的火山圖

天津醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文越明顯。由圖1可見(jiàn)三個(gè)GEO數(shù)據(jù)集中的上下調(diào)基因分布較為均勻，而TCG數(shù)據(jù)集中的上調(diào)基因較下調(diào)基因多，且差異倍數(shù)也較為明顯。圖1.2為每個(gè)數(shù)集篩選得到的差異基因熱圖（TCGA的熱圖因基因太多故只展示了前50個(gè)基因其橫坐標(biāo)為樣本名稱，縱坐....

圖1.2反映四個(gè)數(shù)據(jù)集中差異表達(dá)基因的熱圖

圖1.3反映四個(gè)數(shù)據(jù)集共同上下調(diào)基因的韋恩圖

圖1.3反映四個(gè)數(shù)據(jù)集共同上下調(diào)基因的韋恩圖表1.2在GSE10072、GSE43458、GSE83213和TCGA中篩選出的共同DEGsDEGsGenenamesUp-regulatedMMP7,CXCL13,COL1A1,F2RL1,TOX3,....

圖1.4Cytoscape篩選得到的中樞基因及篩選中樞上調(diào)基因的韋恩圖

15圖1.4Cytoscape篩選得到的中樞基因及篩選中樞上調(diào)基因的韋恩圖

本文編號(hào)：3996146