研究目的：利用RNA測序（RNA sequencing, RNA-Seq）技術(shù),研究HIV-1轉(zhuǎn)基因大鼠及經(jīng)過尼古丁處理的F344大鼠在前額葉皮質(zhì)（prefrontal cortex, PFC）、紋狀體（dorsal striatum, STR）和海馬體（dorsal hippocampus, HIP）三個大腦區(qū)域中的基因表達,并考察尼古丁對HIV-1轉(zhuǎn)基因大鼠三個大腦區(qū)域的基因表達的影響。研究方法：1.24只雄性成年HIV-1轉(zhuǎn)基因大鼠和24只雄性成年對照品系F344大鼠分別隨機分為處理組和對照組,每組12只,分別注射尼古丁水溶液或生理鹽水17天,共分為四組,分別是F344鹽水對照組、F344尼古丁處理組、HIV-1Tg鹽水對照組和HIV-1Tg尼古丁處理組。2.藥物處理結(jié)束后,從每只大鼠大腦采集PFC、STR和HIP組織。然后采用RNA-Seq技術(shù)對48只大鼠大腦PFC、STR和HIP區(qū)域的mRNA進行測序,測出的讀段利用Bowtie、Tophat及Cufflinks等生物信息學(xué)工具比對到參考基因組上并測量轉(zhuǎn)錄子表達水平。3.采用RPKM方法估計基因表達水平,并以FPKM值為對象,... 

【文章來源】：天津醫(yī)科大學(xué)天津市 211工程院校

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
縮略語/符號說明
第一章 前言
    1.1 研究背景
        1.1.1 尼古丁成癮
        1.1.2 HIV-1轉(zhuǎn)基因動物
        1.1.3 基因表達和RNA-Seq技術(shù)研究進展
    1.2 研究目的及意義
    1.3 研究內(nèi)容和方法
    1.4 論文結(jié)構(gòu)安排
    1.5 論文創(chuàng)新點
第二章 原理和方法
    2.1 動物實驗
    2.2 構(gòu)建RNA測序文庫及RNA測序
        2.2.1 cDNA文庫的制備
        2.2.2 Illumina HiSeq2000上機測序
    2.3 RNA-Seq數(shù)據(jù)處理與分析方法
        2.3.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.3.2 讀段定位
        2.3.3 映射讀段組裝
        2.3.4 基因差異表達分析
        2.3.5 GO顯著性富集分析
        2.3.6 Pathway顯著性富集分析
    2.4 本章小結(jié)
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 RNA-Seq測序數(shù)據(jù)預(yù)處理
    3.2 讀段定位結(jié)果
    3.3 定位讀段組裝
    3.4 基因表達注釋
    3.5 差異表達基因的篩選
        3.5.1 尼古丁作用下的差異表達基因
        3.5.2 HIV-1 Tg大鼠中的差異表達基因
        3.5.3 品系和處理效應(yīng)的交互作用研究
    3.6 GO顯著性富集分析
        3.6.1 結(jié)果
        3.6.2 討論
    3.7 Pathway顯著性富集分析
        3.7.1 結(jié)果
        3.7.2 討論
    3.8 本章小結(jié)
第四章 結(jié)論和討論
    4.1 結(jié)論
    4.2 討論
參考文獻
發(fā)表論文和參加科研情況說明
綜述
    綜述參考文獻
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]新一代高通量RNA測序數(shù)據(jù)的處理與分析[J]. 王曦,汪小我,王立坤,馮智星,張學(xué)工.  生物化學(xué)與生物物理進展. 2010(08)



本文編號：2905397