發(fā)布時(shí)間：2020-11-12 23:34

　　 背景隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,越來越多的環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)新分子被發(fā)現(xiàn)。多個(gè)circRNA被報(bào)道在惡性腫瘤的進(jìn)展中發(fā)揮重要作用,然而circRNA在卵巢癌中的研究甚少。本研究對卵巢癌中的差異circRNA表達(dá)譜及其中circHIPK3的功能和作用機(jī)制進(jìn)行分析。方法本研究利用高通量測序技術(shù)分析了上皮性卵巢癌組織(epithelial ovarian cancer,EOC)及正常卵巢上皮組織(normal ovarian tissues,NOT)中差異表達(dá)的circRNA表達(dá)譜。隨后根據(jù)表達(dá)豐度高及組間差異大的原則選擇六條circRNA,采用qRT-PCR(quantitative real-time-PCR,qRT-PCR)、RNase實(shí)驗(yàn)及RT-PCR(reverse-transcription PCR,RT-PCR)后的Sanger測序進(jìn)行驗(yàn)證。而后選擇測序結(jié)果中表達(dá)豐度最高的circHIPK3行功能研究,合成circHIPK3特異性的siRNA并證明其可有效沉默circHIPK3的表達(dá)后,分別利用劃痕實(shí)驗(yàn)、Transwell小室實(shí)驗(yàn)、CCK8細(xì)胞存活實(shí)驗(yàn)(cell counting-kit 8)及流式細(xì)胞技術(shù)分析上皮性卵巢癌細(xì)胞A2780及SKOV3的遷移、侵襲、增殖及凋亡功能。結(jié)合高通量測序結(jié)果、生物信息學(xué)分析及基于已有卵巢癌數(shù)據(jù)庫的生存曲線分析對circHIPK3的作用機(jī)制進(jìn)行了預(yù)測。結(jié)果利用高通量測序,我們共篩選出7333條circRNA,4505條(61.43%)新的circRNA分子被測序獲得,在上皮性卵巢癌中高表達(dá)的circRNA有2431條,差異低表達(dá)的有3120條。對選擇的六條circRNA:circHIPK3(circBase編號:hsa_circ_0000284)、circRHOBTB3(hsa_circ_0007444)、circPCMTD1(hsa_circ_0001801)、circSETD3(hsa_circ_0000567)、circATRNL1(hsa_circ_0020093)及hsa_circRNA003397(本研究首次發(fā)現(xiàn),circbase未報(bào)道)進(jìn)行驗(yàn)證。利用RNase實(shí)驗(yàn)及RT-PCR后的Sanger測序驗(yàn)證了六條circRNA的成環(huán)性,采用qRT-PCR在18例上皮性卵巢癌組織及18例正常卵巢組織中驗(yàn)證了表達(dá),結(jié)果表明六條circRNA均可成環(huán),表達(dá)趨勢及反向交接口處的堿基序列與高通量測序結(jié)果一致。沉默circHIPK3后促進(jìn)了卵巢癌細(xì)胞的遷移、侵襲及增殖,抑制了其凋亡。生物信息學(xué)分析預(yù)測發(fā)現(xiàn),circHIPK3可能通過circHIPK3-miRNA-mRNA的ceRNA(competing endogenous RNA,ceRNA)機(jī)制在卵巢癌中發(fā)揮調(diào)控作用。結(jié)論本研究分析了卵巢癌中的circRNA表達(dá)譜,并進(jìn)一步驗(yàn)證了六條circRNA的表達(dá)及成環(huán)性。另外選擇表達(dá)豐度最高的circHIPK3進(jìn)行功能研究,發(fā)現(xiàn)沉默circHIPK3后促進(jìn)了卵巢癌上皮細(xì)胞的惡性行為。通過生物信息學(xué)分析預(yù)測circHIPK3可能通過ceRNA機(jī)制在卵巢癌中發(fā)揮調(diào)控功能。因此,我們認(rèn)為circHIPK3是卵巢癌惡性進(jìn)展中重要的調(diào)節(jié)分子。
【學(xué)位單位】：南京醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R737.31
【部分圖文】：

圖 1 上皮性卵巢癌組織以及正常卵巢組織中差異 circRNA 表達(dá)譜分析A：差異表達(dá)的 circRNA 散點(diǎn)圖，紅點(diǎn)表示在癌中高表達(dá)的 circRNA，而綠點(diǎn)表示低表達(dá)的 circRNA，表達(dá)差異倍數(shù)大于兩倍且 FDR < 0.05；B：在上皮性卵巢癌組織及正常卵巢組織中特異性表達(dá)的 circRNA，僅 3414 個(gè) circRNA 在兩組

圖 2 差異表達(dá) circRNA 來源親本基因的 GO 分析紅色部分：生物學(xué)功能；藍(lán)色部分：分子功能；綠色部分：細(xì)胞成分。4. 差異表達(dá) circRNA 親本基因的 pathway 分析進(jìn)一步行 pathway 分析提示親本基因的產(chǎn)物參與到多個(gè)信號通路中。圖 3列出了排名前 20 的信號通路，與上皮性卵巢癌相關(guān)通路包括泛素化介導(dǎo)的蛋白

差異表達(dá)circRNA來源親本基因的pathway分析
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本文編號：2881388