發(fā)布時間：2020-11-12 09:29

　　 [背景]卵巢癌是女性常見的生殖系統(tǒng)惡性腫瘤,與宮頸癌、子宮內(nèi)膜癌并稱女性生殖器官三大惡性腫瘤,發(fā)病率第二,但卵巢癌死亡率高,是我國婦科惡性腫瘤的首位死亡原因,中晚期卵巢癌5年生存率僅30%。據(jù)統(tǒng)計,2015年我國新增卵巢癌患者約52100例,約22500例女性死于卵巢癌。卵巢癌發(fā)生機制不詳,診治困難,預(yù)后極差,嚴重威脅女性健康。因此,對卵巢癌的發(fā)生發(fā)展機制進行研究,對于卵巢癌的早期診治及預(yù)防工作來說意義重大。近年來,生物信息學(xué)研究方法的發(fā)展為卵巢癌的研究提供了極大的便利,利用生物信息學(xué)方法,我們可以對疾病的分子機制、診斷、治療及預(yù)后等進行研究,提供研究方向及線索。[目的]以生物信息學(xué)方法及分析工具為基礎(chǔ),對卵巢癌芯片表達譜數(shù)據(jù)進行分析,篩選與卵巢癌相關(guān)的差異表達基因,對差異表達基因進行功能注釋分析、通路富集分析,分析及預(yù)測差異表達基因的生物功能。篩選關(guān)鍵差異表達基因,尋找感興趣的目的基因,應(yīng)用Meta分析方法分析評價目的基因在卵巢癌中的意義。[方法]在NCBI的GEO芯片數(shù)據(jù)庫中篩選并下載卵巢癌相關(guān)芯片表達譜數(shù)據(jù)GSE52460,采用R語言中的limma軟件包與Bioconductor軟件對GSE52460芯片數(shù)據(jù)集進行差異表達基因分析,篩選出卵巢癌差異表達基因。利用DAVID數(shù)據(jù)庫將基因探針號轉(zhuǎn)換為基因符號,并對篩選出的差異表達基因進行GO功能注釋分析及KEGG通路富集分析,分析及預(yù)測差異表達基因的生物功能。并利用NCBI查詢前10位差異表達基因生物功能,篩選獲得Meta分析目的基因CD24。計算機檢索 CNKI、萬方、維普、PubMed、The Cochrane Library、Springer Link、OVID數(shù)據(jù)庫,搜集關(guān)于目的基因表達與卵巢癌發(fā)生及其不同臨床特征相關(guān)性的相關(guān)研究文獻,由2位研究者獨立篩選文獻、提取資料和評價納入研究的偏倚風險后,采用RevMan 5.3軟件進行Meta分析。[結(jié)果]1.通過GEO數(shù)據(jù)庫篩選出卵巢癌相關(guān)芯片表達譜數(shù)據(jù)GSE52460,獲得卵巢癌差異表達基因1505個,其中206個上調(diào)基因,1299個下調(diào)基因。2.利用DAVID數(shù)據(jù)庫對差異表達基因進行基因GO功能注釋分析、KEGG通路富集分析。GO分析結(jié)果顯示,上調(diào)差異表達基因主要涉及細胞有絲分裂、細胞增殖、姐妹染色體的分離與結(jié)合等生物功能,主要參與中間體、紡錘體微管、細胞質(zhì)等細胞組分的形成,并發(fā)揮蛋白結(jié)合、細胞外基質(zhì)的結(jié)構(gòu)組成、蛋白酶結(jié)合等分子功能。下調(diào)差異表達基因主要涉及細胞遷移的正性調(diào)節(jié)、軟骨發(fā)育、BMP通路的負性調(diào)節(jié)等生物功能,主要參與細胞質(zhì)、高爾基體、細胞膜等細胞組分的形成,并發(fā)揮蛋白結(jié)合、氧化還原酶活性、Ca離子結(jié)合、生長因子結(jié)合等分子功能。KEGG通路分析結(jié)果顯示,上調(diào)差異表達基因主要參與p53信號通路、細胞周期、PI3K-Akt通路等,下調(diào)差異表達基因主要參與Ras信號通路、PI3K-Akt通路、腫瘤的蛋白多聚過程等。3.利用NCBI數(shù)據(jù)庫查詢前10位差異表達基因功能,發(fā)現(xiàn)CD24基因主要涉及細胞的黏附、細胞的遷移以及上皮細胞的分化調(diào)節(jié)等生物功能,主要參與細胞膜錨定組分、細胞膜及細胞質(zhì)等細胞組分的形成,發(fā)揮蛋白結(jié)合、蛋白酶結(jié)合等分子功能。4.對CD24基因與卵巢癌相關(guān)性的Meta分析結(jié)果顯示,CD24基因在正常卵巢組織組、良性卵巢腫瘤組、交界性卵巢腫瘤組、卵巢癌組中陽性表達率逐漸升高,各組間CD24陽性表達率存在顯著差異,差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(P0.05)。此外,CD24在伴淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移及Ⅲ～Ⅳ期的卵巢癌患者中表達明顯高于不伴淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移及Ⅰ～Ⅱ期的卵巢癌患者,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P0.05),但CD24表達率在不同年齡組中差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P0.05)。[結(jié)論]1.運用生物信息學(xué)分析方法,可成功篩選出與卵巢癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵基因并進行功能分析。對差異表達基因前10位基因進行基因功能分析,獲得目的基因CD24,用于后續(xù)meta分析,該方法簡便、省時,減少研究過程的盲目性。2.通過meta分析發(fā)現(xiàn)CD24的陽性表達與卵巢腫瘤良惡性、淋巴轉(zhuǎn)移、FIGO分期相關(guān),提示CD24檢測對卵巢腫瘤診斷及疾病程度的評價具有一定的價值。
【學(xué)位單位】：昆明醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R737.31
【部分圖文】：

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Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ）能夠?qū)崿F(xiàn)將功能相關(guān)的基因聚到一起作為一個單元，并同時實現(xiàn)??對聚類結(jié)果打分，篩選基因列表組內(nèi)的重要基因。基因ＩＤ轉(zhuǎn)換（Ｇｅｎｅ?ＩＤ??Ｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎ）能實現(xiàn)不同數(shù)據(jù)庫之間基因標識的迅速轉(zhuǎn)換。功能注釋（Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ??Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ）是ＤＡＶＩＤ最核心的分析內(nèi)容，包含了三個子工具：Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ??Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?Ｃｈａｒｔ?工具提供?ｇｅｎｅ－ｔｅｒｍ?富集分析；Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ??工具對被注釋上的ｔｅｒｍｓ作類聚；Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?Ｔａｂｌｅ可以實現(xiàn)基因功能??的注釋，并將注釋結(jié)果以表格形式呈現(xiàn)［１４］。ＤＡＶＩＤ數(shù)據(jù)庫可實現(xiàn)ＧＯ注釋及??ＫＥＧＧ注釋。??
【參考文獻】

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本文編號：2880575