目的:應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)檢測(cè)無(wú)特定病原體(specific pathogen free, SPF)級(jí)實(shí)驗(yàn)小鼠腸道的菌群組成,分析其細(xì)菌攜帶狀況。方法:應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)14個(gè)品系共65只SPF級(jí)實(shí)驗(yàn)小鼠的回盲部腸道內(nèi)容物樣本中細(xì)菌16S r RNA V3～V4區(qū)進(jìn)行深度測(cè)序,分析樣本的菌群組成、豐度和Alpha多樣性,并在屬水平上篩選葡萄球菌屬、假單胞菌屬、支原體和棒狀桿菌屬。結(jié)果:65只SPF級(jí)健康成年小鼠的腸道內(nèi)容物樣本經(jīng)數(shù)據(jù)過(guò)濾和質(zhì)控后,共得到144 318條高質(zhì)量序列用于后續(xù)分析,結(jié)果提示相同品系樣品間菌群豐度表現(xiàn)出明顯的差異。所有樣本的序列主要集中在以下8個(gè)門,依次為厚壁菌門(Firmicutes)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、變形菌門(Proteobacteria)、疣微菌門(Verrucomicrobia)、放線菌門(Actinobacteria)、Saccharibacteria、軟壁菌門(Tenericutes)和螺旋菌門(Spirochaetae)。在屬水平上檢測(cè)到了葡萄球菌屬、假單胞菌屬、支原體和棒狀桿菌屬。結(jié)論:相同品系的SPF級(jí)實(shí)驗(yàn)小鼠腸道菌群在物種組成、豐度及Alpha多樣性方面也會(huì)表現(xiàn)出顯著差異,有必要致力于研究各種方法以使實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的腸道菌群在可控和可監(jiān)測(cè)范圍內(nèi),高通量測(cè)序技術(shù)提供了這一可能。
【部分圖文】：

65只SPF級(jí)健康成年小鼠的回盲部腸道內(nèi)容物樣本，經(jīng)數(shù)據(jù)過(guò)濾和質(zhì)控后得到144 318條高質(zhì)量序列用于后續(xù)分析，這些序列長(zhǎng)度集中在421～460 bp之間（見(jiàn)圖1）。經(jīng)開(kāi)放讀碼框OUT聚類，65個(gè)樣本高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的片段可以聚類為972個(gè)OUT。二、Alpha多樣性分析結(jié)果

1.在門水平上樣品物種分布情況：基于OTU聚類對(duì)V3～V4區(qū)序列在門水平上的樣品數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)，發(fā)現(xiàn)本實(shí)驗(yàn)所有樣本的序列主要集中在以下8個(gè)門，依次為厚壁菌門（Firmicutes）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、變形菌門（Proteobacteria）、疣微菌門（Verrucomicrobia）、放線菌門（Actinobacteria）、Saccharibacteria、軟壁菌門（Tenericutes）和螺旋菌門（Spirochaetae），以厚壁菌門和擬桿菌門為主，除樣本33～36外，這二類基本占所有菌群門水平的60%以上。樣本33～36以變形菌門（Proteobacteria）為優(yōu)勢(shì)菌群；樣本39、40、47和52則以厚壁菌門為優(yōu)勢(shì)菌群（見(jiàn)圖4）。2.在屬水平上樣本物種分布情況：本組各樣本在屬分類水平上菌群結(jié)構(gòu)組成見(jiàn)圖5。

2.在屬水平上樣本物種分布情況：本組各樣本在屬分類水平上菌群結(jié)構(gòu)組成見(jiàn)圖5。在ICR品系小鼠中，樣本33～36表現(xiàn)為Enterobacteriaceae＿unclassified豐度較高，分別為89.1%、90.3%、89.2%和77.3%，顯著高于其他小鼠的豐度。樣本33～36中類芽孢桿菌屬（Paenibacillus sp.）豐度分別為9.6%、9.4%、9.6%和21.4%；樣本39和40號(hào)來(lái)自品系C57BL/6，其類芽孢桿菌屬豐度分別為20.8%和33.0%，以上6個(gè)樣本該菌屬豐度顯著高于其他小鼠。同樣，在樣本39和40中,狹義梭菌屬（Clostridium＿sensu＿stricto＿1）豐度分別為75.2%和61.0%，亦顯著高于其他小鼠。針對(duì)本研究的目的菌屬，樣本39和40中葡萄球菌屬（Staphylococcus）的豐度分別為2.3%和2.6%，葡萄球菌屬還存在于其他部分樣本中，其在各樣本中的豐度見(jiàn)表8。
【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2877422