【摘要】：蘋果(Malus domestica)已經(jīng)完成全基因組測序并公布全基因組圖譜,但是基因注釋信息很不完善,因此本試驗利用RNA-Seq技術對蘋果已注釋基因結構進行優(yōu)化和新轉錄本預測。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉為材料提取總RNA,構建文庫并使用Illumina雙末端測序HiSeq 2500平臺進行測序,獲得高質量的序列(clean reads)。將得到的結果與蘋果‘金冠’參考基因組進行比對,共優(yōu)化了13 272個已注釋基因的結構,優(yōu)化基因5′端和3′端數(shù)目分別為8 843個和8 955個,另外,共鑒定得到1 604個新的轉錄本,部分基因參與了蘋果的轉錄表達調控、生長調節(jié)、氨基酸和糖類等的代謝過程。
[Abstract]:Apple (Malus domestica) has completed the whole genome sequencing and published the whole genome map, but the information of gene annotation is not perfect. Therefore, the RNA-Seq technology is used to optimize the structure of the annotated gene and predict the new transcripts of apple. The total RNA, was extracted from the pulp of 'Fuji' from the pulp for 60 days. The library was constructed by using the HiSeq 2500 platform of Illumina double terminal sequencing. The high quality sequence (clean reads). Was obtained. Comparing the results with the apple 'golden crown' reference genome, the structure of 13 272 annotated genes was optimized. The number of 5 'ends and 3' ends of the optimized genes were 8 843 and 8 955, respectively. A total of 1 604 new transcripts were identified, some of which were involved in the regulation of transcription expression, growth regulation, amino acid and carbohydrate metabolism in apple.
【作者單位】： 山東農(nóng)業(yè)大學園藝科學與工程學院作物生物學國家重點實驗室;
【基金】：山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術體系創(chuàng)新團隊(SDAIT-06-07) 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術體系建設專項經(jīng)費(CARS-28) 公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專項經(jīng)費(201303093) 支撐計劃專項經(jīng)費(2014BAD6B102)~~
【分類號】：Q943.2;S661.1

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本文編號：2296958