發(fā)布時(shí)間：2018-03-04 06:03

  本文選題：前列腺癌　切入點(diǎn)：易感性　出處：《北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院》2016年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：第一部分基因特異性單核苷酸變異與前列腺癌患病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)聯(lián)研究第一節(jié)基因特異性單核苷酸變異與前列腺癌發(fā)生關(guān)聯(lián)的系統(tǒng)Meta分析目的 用Meta分析的方法系統(tǒng)地研究基因特異性單核苷酸變異與多人群前列腺癌患病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)聯(lián)。材料和方法檢索1990年8月1日至2015年8月1日收錄于PubMed、EMBASE和Cochrane Library大型數(shù)據(jù)庫(kù)中關(guān)于單核苷酸變異(SNVs)與PCa發(fā)生關(guān)聯(lián)的研究文獻(xiàn)。制定文獻(xiàn)納入和排除標(biāo)準(zhǔn),并進(jìn)行文獻(xiàn)篩選。采取雙人盲法提取文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。所有數(shù)據(jù)的Meta分析采用Comprehensive meta-analysis v2.0軟件完成分析。首先采用Q檢驗(yàn)分析各研究之間的異質(zhì)性,根據(jù)是否存在研究異質(zhì)性分別采用Mantel-Haenszel固定效應(yīng)模型或DerSimonian and Laird隨機(jī)效應(yīng)模型合并效應(yīng)量,計(jì)算單核苷酸變異(SNVs)與PCa發(fā)生的OR值和95% CI。其次分析研究異質(zhì)性產(chǎn)生的可能原因；接下來(lái)通過(guò)敏感性分析和累積分析評(píng)價(jià)Meta分析結(jié)果的穩(wěn)定性。其后采用Egger's回歸檢驗(yàn)、繪制漏斗圖以及Duval and Tweedie's分析評(píng)估潛在發(fā)表偏倚。最后,利用Gene set enrichment analysis軟件進(jìn)行生物學(xué)信息分析,剖析陽(yáng)性關(guān)聯(lián)基因潛在富集的信號(hào)通路和生物學(xué)過(guò)程。結(jié)果共計(jì)檢索到相關(guān)文獻(xiàn)超過(guò)40,000篇。根據(jù)納入排除標(biāo)準(zhǔn),最后有560篇文獻(xiàn)進(jìn)入Meta分析。這些文獻(xiàn)報(bào)道了超過(guò)3個(gè)獨(dú)立研究的51個(gè)基因的66個(gè)單核苷酸變異位點(diǎn)。入組總的樣本量1,002,493,每個(gè)SNV的文獻(xiàn)數(shù)3-33個(gè)。66個(gè)Meta分析中,總共有20個(gè)基因特異性SNVs與前列腺癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)顯著關(guān)聯(lián)。這些關(guān)聯(lián)位點(diǎn)分別位于19個(gè)不同的基因(KLK3, IGFBP3, ESR1, SOD2, CAT, CYP1B1, VDR, RFX6, HNF1B, SRD5A2, FGFR4, LEP, HOXB13, FAS, FOXP4, SLC22A3, LMTK2, EHBP1及MSMB),涉及的病例-對(duì)照總?cè)藬?shù)為584,100人。 其中,風(fēng)險(xiǎn)等位基因的平均OR值為1.33(1.016-3.788),保護(hù)性等位基因的平均OR值為0.838(0.757-0.896)。結(jié)論本課題對(duì)過(guò)去25年發(fā)表的基因特異性單核苷酸變異與前列腺癌發(fā)生的關(guān)聯(lián)研究進(jìn)行系統(tǒng)性的Meta分析。結(jié)果顯示有20個(gè)變異位點(diǎn)與前列腺癌顯著性關(guān)聯(lián),然而多數(shù)位點(diǎn)的遺傳效應(yīng)(OR值)小,因此陽(yáng)性結(jié)果的解釋?xiě)?yīng)該慎重,部分陽(yáng)性位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)還需在擴(kuò)大的樣本群體中進(jìn)行驗(yàn)證,并深入探討這些遺傳位點(diǎn)在PCa發(fā)生中的生物學(xué)功能。第二節(jié)單核苷酸變異與中國(guó)漢族人群前列腺癌患病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)聯(lián)研究目的研究單核苷酸變異(SNVs)與中國(guó)漢族人群前列腺癌(PCa)患病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)系。材料和方法 回顧性分析中國(guó)漢族PCa患者826例和按年齡匹配的健康男性975例,記錄受試者臨床信息并用酚氯仿法提取外周血基因組DNA。利用熒光標(biāo)記引物PCR擴(kuò)增包含變異位點(diǎn)的片段,高分辨熔解曲線(HRM)對(duì)SOD2 rs4880、MPOrs2333227和LEP rs2167270進(jìn)行基因分型,然后用Sanger測(cè)序驗(yàn)證分型結(jié)果。比較基因型頻數(shù)在PCa組和對(duì)照組的分布差異,并用Logistic regression分析變異攜帶的風(fēng)險(xiǎn)等位基因與PCa患者年齡、前列腺特異抗原(PSA)、Gleason評(píng)分和臨床病理分期的關(guān)系。兩組基因型頻率分布差異的比較采用x2檢驗(yàn),計(jì)算比值比(OR)及其95%置信區(qū)間(95%CI),P0.05認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析采用PLINK V1.02及SPSS 16.0軟件完成。本研究的關(guān)聯(lián)結(jié)果與既往不同人群中的關(guān)聯(lián)結(jié)果采用Comprehensive meta-analysis v2.0軟件進(jìn)行匯總分析。結(jié)果 最終納入具有完整臨床資料和基因分型結(jié)果的研究對(duì)象共1445例,PCa組504例,對(duì)照組941例。兩組受試者的年齡無(wú)顯著性差異(P0.05)。SOD2rs4880基因型CC在Recessive model PCa患者中的攜帶頻率明顯高于對(duì)照組中的攜帶頻率(OR=2.929,95%CI=1.56-5.51,P=0.0005)。MPO rs2333227 TT+CT基因型在Dominant model中兩個(gè)群體間有顯著的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(OR=1.286,95%CI=1.03-1.61,P=0.029), T等位基因的攜帶頻率在Allelic model有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(OR=1.268,95%CI=1.04-1.55,P=O.019)。LEP rs2167270的G等位基因和基因型的頻率分布分析均未見(jiàn)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。各單核苷酸變異在不同年齡、PSA和臨床病理分期的PCa患者中分布無(wú)顯著性差異(P0.05)。結(jié)論SOD2 rs4880 CT與中國(guó)漢族人群前列腺癌的發(fā)生顯著關(guān)聯(lián),T等位基因的攜帶增加前列腺的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。MPO rs2333227 T為中國(guó)漢族人群前列腺癌發(fā)生的保護(hù)性等位基因尚需進(jìn)一步證實(shí)。第二部分 中國(guó)人前列腺癌新融合基因的初步研究目的初步識(shí)別中國(guó)人前列腺癌中的新融合基因。材料和方法9對(duì)TMPRSS2-ERG陰性的中國(guó)北方漢族PCa患者的前列腺癌組織及其癌旁組織提取總RNA,逆轉(zhuǎn)錄獲得cDNA并建立RNA-Seq文庫(kù),經(jīng)HiSeq 2000高通量測(cè)序,利用Soap軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)讀取和融合基因的判讀,篩選出前列腺癌表達(dá)的新的融合基因,通過(guò)RT-PCR和Sanger測(cè)序在前列腺癌組織中驗(yàn)證融合基因,并識(shí)別其融合形式。結(jié)果9對(duì)前列腺癌及癌旁組織的RNA-Seq數(shù)據(jù)經(jīng)Soap軟件分析后共識(shí)別58個(gè)融合基因,其中33個(gè)在前列腺癌組織表達(dá),根據(jù)測(cè)序reads的覆蓋深度和位置,篩選出4個(gè)融合基因進(jìn)行RT-PCR和Sanger測(cè)序驗(yàn)證。3個(gè)前列腺癌新融合基因ETV3-CRB1,GTF2I-LIMK1及REPS2-TXLNG及其融合形式被確定。結(jié)論識(shí)別3個(gè)新的前列腺癌融合基因。
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【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R737.25
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本文編號(hào)：1564407