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楊樹(shù)CaM及CML基因家族生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2018-03-02 23:18

  本文選題:楊樹(shù) 切入點(diǎn):鈣調(diào)素 出處:《中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院》2016年碩士論文 論文類型:學(xué)位論文


【摘要】:楊樹(shù)(Populus spp.)是楊屬(Populus L.)植物的統(tǒng)稱,毛果楊和胡楊基因組測(cè)序的完成,為研究林木植物在生長(zhǎng)發(fā)育和抗逆境方面的基因進(jìn)化提供了基礎(chǔ)。Ca~(2+)作為細(xì)胞內(nèi)主要的信使之一,在植物生長(zhǎng)發(fā)育和逆境脅迫條件下發(fā)揮重要作用。而鈣調(diào)素蛋白又是Ca~(2+)的主要受體蛋白,因此研究楊樹(shù)CaM及CML家族基因可以為林木的抗逆機(jī)制提供依據(jù)。本文從基因組數(shù)據(jù)庫(kù)下載毛果楊和胡楊的全基因組序列,通過(guò)與擬南芥CaM及CML家族基因蛋白序列進(jìn)行比對(duì),預(yù)測(cè)獲得9個(gè)毛果楊Pt CaM基因,50個(gè)毛果楊PtCML基因,8個(gè)胡楊PeCaM基因,51個(gè)胡楊PeCML基因。蛋白序列保守結(jié)構(gòu)域、保守氨基酸位點(diǎn)、基因結(jié)構(gòu)和系統(tǒng)進(jìn)化等分析結(jié)果顯示,毛果楊和胡楊的CaM及CML家族基因分別分為9個(gè)亞家族。染色體定位結(jié)果顯示各基因在染色體上分散分布。依據(jù)楊樹(shù)花和葉生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程及逆境脅迫條件下的表達(dá)數(shù)據(jù),進(jìn)行基因表達(dá)分析,發(fā)現(xiàn)PtCML21基因在幼葉和成熟的葉中相對(duì)表達(dá)量較高,PtCaM8,Pt CML11,PtCML41三個(gè)基因在休眠的花中表達(dá)量最高,PtCML16基因在已開(kāi)放的花中表達(dá)量最高,PtCML24,Pt CML29,PtCML49基因在機(jī)械損傷脅迫條件下表達(dá)量明顯上調(diào)。由此可以預(yù)測(cè),這些基因?qū)顦?shù)生長(zhǎng)發(fā)育及抗逆起調(diào)控作用。
[Abstract]:Populus spp.is the general name of Populus L.). The completion of genome sequencing of Populus tomentosa and Populus euphratica provides a basis for studying the genetic evolution of tree plants in terms of growth, development and resistance to stress. As one of the main intracellular messengers, Populus spp.is one of the main intracellular messengers. Calmodulin plays an important role in plant growth and development and stress stress. Calmodulin is the main receptor protein of Ca~(2. Therefore, the study of poplar CaM and CML family genes can provide evidence for the mechanism of tree stress resistance. In this paper, the whole genome sequences of Populus tomentosa and Populus euphratica were downloaded from genomic database and compared with Arabidopsis thaliana CaM and CML family gene protein sequences. Nine poplar Pt CaM genes, 50 poplar PtCML genes, 8 Populus euphratica PeCaM genes and 51 Populus euphratica PeCML genes were obtained. The results of protein sequence conserved domain, conserved amino acid loci, gene structure and phylogeny were analyzed. The CaM and CML family genes of Populus tomentosa and Populus euphratica were divided into 9 subfamilies respectively. The results of chromosomal localization showed that the genes were scattered on the chromosomes. For gene expression analysis, It was found that the relative expression of PtCML21 gene was higher in young leaves and mature leaves. The expression of PtCaM8 / PtCML11 / PtCML41 gene was the highest in dormant flowers and the highest expression of PtCML16 gene was found in flowering flowers. PtCML24PtCML24PCML29PtCML49 gene was expressed under mechanical injury stress. Obviously upward. So it can be predicted, These genes regulate the growth, development and stress resistance of poplar.
【學(xué)位授予單位】:中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2016
【分類號(hào)】:S792.11

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本文編號(hào):1558536

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