發(fā)布時間：2020-05-05 07:07

【摘要】：近年來的研究表明,長非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA可以競爭性的與特定 microRNA(miRNA)識別元件(microRNA recognition element,MRE)結(jié)合,從而作為內(nèi)源性競爭RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)在腫瘤發(fā)生和發(fā)展過程中發(fā)揮特定的生物學功能。腫瘤抑制基因TP53是癌癥相關(guān)生物進程中的主要調(diào)節(jié)子之一,其蛋白產(chǎn)物p53蛋白作為轉(zhuǎn)錄因子(transcription factor,TF)調(diào)控包括miRNA和lncRNA在內(nèi)的靶基因。然而,p53在肝癌中發(fā)揮作用的機制以及p53調(diào)控的RNA能否構(gòu)成ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)尚未闡明。因此,利用高通量的RNA測序技術(shù)(小RNA測序,RNA測序)鑒定出了 HepG2細胞中受p53調(diào)控的差異表達的miRNA、lncRNA和mRNA。隨后,基因組特征比較分析結(jié)果展示了 mRNA和lncRNA之間在轉(zhuǎn)錄本長度、外顯子數(shù)量、亞型數(shù)量和開放閱讀框長度等方面的差異。通過進一步整合實驗證實的Ago2數(shù)據(jù)和p53結(jié)合位點數(shù)據(jù),找出受p53調(diào)控的miRNA與mRNA和lncRNA之間的調(diào)控關(guān)系,進而利用超幾何檢驗構(gòu)建出高度可信的p53調(diào)控ceRNA網(wǎng)絡(luò)。而對p53調(diào)控的mRNA的KEGG通路注釋的結(jié)果表明,該ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)與癌癥發(fā)生過程以及p53信號通路都高度相關(guān)。最后,利用中介中心性分析方法(Betweeness Centrality,BC)進行分析,識別了調(diào)控多數(shù)RNA的五個主要miRNA(包括:hsa-miR-3620-5p、hsa-miR-3613-3p、hsa-miR-6881-3p、hsa-miR-6087 以及hsa-miR-18a-3p),該結(jié)果表明這五個miRNA在該p53調(diào)控的ceRNA網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮著重要作用。綜上所述,該研究結(jié)果為未來的癌癥治療研究提供了一種全新的p53網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機制。增強子是一種增加特定基因表達頻率的DNA元件。隨著增強子相關(guān)研究的深入,闡明增強子在細胞調(diào)控中的潛在作用的需求日益增加。因此,專門開發(fā)了一個交互式的數(shù)據(jù)庫 EnhancerDB(http://lcbb.swjtu.edu.cn/EnhancerDB),以探索展示其中的規(guī)律。EnhancerDB主要關(guān)注于融合TF,miRNA,mRNA和SNP在內(nèi)的不同元件,以更好地了解增強子周圍的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及增強子在其中的作用。目前數(shù)據(jù)庫包含41個組織或細胞系,共鑒定出68,592種不同的增強子,并收集整合了 406個TF,1,727個microRNA,20,343個基因和6,920,105個SNP。除此之外,EnhancerDB提供了一套簡單易用的工具來幫助用戶查詢感興趣的元素,并揭示與其相關(guān)的調(diào)控與被調(diào)控的其他元件。
【圖文】：

邐－５邐０邐５邐１０邐－５邐０邐５邐１０逡逑ｌｏｇ２（Ｆｏｌｄ邋Ｃｈａｎｇｅ）逡逑圖２－２差異表達的ｍＲＮＡ邋（左）、ＩｎｃＲＮＡ邋（中）和ｍｉＲＮＡ邋（右）的火山圖。ｍＲＮＡ、逡逑ＩｎｃＲＮＡ和ｍｉＲＮＡ中具有－ｌｏｇｌ０（ｑ值）＞１．３０１以及ｌｏｇ２（Ｆｏｌｄ邋Ｃｈａｎｇｅ）絕對值＞邋１的才是差異逡逑表達的ＲＮＡ。逡逑為了驗證ＲＮＡ測序的準確性，選擇了部分功能與癌癥相關(guān)的ＲＮＡ進行驗逡逑證，包括四個基因（ＰＴＥＮ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ和ＴＰ５３）以及五個ＩｎｃＲＮＡ逡逑（ＴＧＦＢ２－ＡＳ１、ＡＣ１３２２１７．４、ＲＰ１１－２１１Ｇ３．２、ＲＰ１１－６２Ｆ２４．２邋和邋ＲＰ４－５３３Ｄ７．５）。逡逑結(jié)果與預(yù)期一致，證實ＲＮＡ測序結(jié)果的可靠（圖２－３ｂ，圖２－３ｃ）。逡逑Ｑ，邋￣邐ｌ＞－ＳＩＥ－４邐￣邋．邋ｓ邋￣邋￣邋Ｐ＜ＩＦ，Ｈ邋￣邋￣Ｉ邋２０ｊ￣邐Ｐ＜邋ＩＫ－６邐￣邋一．逡逑１０邋；邋：邋：邋！逡逑１０＇邐：邐Ｊ逡逑｜邋ａ邋■■邐５邋ｒ￣＾邐｜，０邋邐邋ＪＣＯＴｔｒｏ，逡逑一 邋＇邋＾■了逡逑－１０．邋：邋５逡逑？邋－１０邋？邋？逡逑Ｃｏｎｔｒｏｌ邋Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ逡逑＾邐ｍＲＮＡ邐ＩｎｃＲＮＡ邐ｍｉｃｒｏＲＮＡ逡逑ｂ

包括四個基因（ＰＴＥＮ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ和ＴＰ５３）以及五個ＩｎｃＲＮＡ逡逑（ＴＧＦＢ２－ＡＳ１、ＡＣ１３２２１７．４、ＲＰ１１－２１１Ｇ３．２、ＲＰ１１－６２Ｆ２４．２邋和邋ＲＰ４－５３３Ｄ７．５）。逡逑結(jié)果與預(yù)期一致，證實ＲＮＡ測序結(jié)果的可靠（圖２－３ｂ，圖２－３ｃ）。逡逑Ｑ，邋￣邐ｌ＞－ＳＩＥ－４邐￣邋．邋ｓ邋￣邋￣邋Ｐ＜ＩＦ，Ｈ邋￣邋￣Ｉ邋２０ｊ￣邐Ｐ＜邋ＩＫ－６邐￣邋一．逡逑１０邋；邋：邋：邋！逡逑１０＇邐：邐Ｊ逡逑｜邋ａ邋■■邐５邋ｒ￣＾邐｜，，０邋邐邋ＪＣＯＴｔｒｏ，逡逑一 邋＇邋＾■了逡逑－１０．邋：邋５逡逑？邋－１０邋？邋？逡逑Ｃｏｎｔｒｏｌ邋Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ逡逑＾邐ｍＲＮＡ邐ＩｎｃＲＮＡ邐ｍｉｃｒｏＲＮＡ逡逑ｂ
【學位授予單位】：西南交通大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：R735.7

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本文編號：2649735