模擬失重下巨噬細(xì)胞長鏈非編碼RNA表達(dá)譜變化及生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2020-12-14 12:36
目的探索在模擬失重下巨噬細(xì)胞RAW264.7差異表達(dá)的長鏈非編碼RNAs(Lnc RNA)及其生物學(xué)意義。方法巨噬細(xì)胞RAW264.7隨機(jī)分為對(duì)照組(C)和模擬失重組(Z),Z組細(xì)胞回轉(zhuǎn)72小時(shí)模擬失重,采用Arraystar小鼠長鏈非編碼RNA芯片鑒別對(duì)照和模擬失重組巨噬細(xì)胞Lnc RNAs表達(dá)譜的差異。通過volcano法鑒別(差異倍數(shù)≥2.0,P≤0.05)兩組間有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的Lnc RNAs,對(duì)篩選的差異表達(dá)Lnc RNAs以熒光定量PCR技術(shù)進(jìn)行驗(yàn)證。采用GO和KEGG分析預(yù)測Lnc RNAs的潛在功能,以e Bioscience基于Luminex的多重免疫分析技術(shù)和流式細(xì)胞術(shù)檢測炎癥因子分泌及細(xì)胞凋亡,以Western blotting技術(shù)研究相關(guān)蛋白表達(dá)水平變化。結(jié)果Lnc RNA芯片結(jié)果顯示,與對(duì)照組相比,模擬失重組有693個(gè)差異表達(dá)的Lnc RNAs,其中328個(gè)Lnc RNAs表達(dá)上調(diào),365個(gè)Lnc RNAs表達(dá)下調(diào)的。q RT-PCR驗(yàn)證結(jié)果表明,Lnc RNAs ENSMUST00000137470,uc009oqw.1,uc007wem.2,NR0...
【文章來源】:錦州醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】:63 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
LncRNA芯片實(shí)驗(yàn)、數(shù)據(jù)操作分析流程圖
圖 2 LncRNA Z vs C 聚類分析圖4、LncRNA 散點(diǎn)圖較模擬失重組和對(duì)照組之間的全部lncRNA表達(dá)譜的散點(diǎn)圖(scatter紅線表示lncRNA表達(dá)在任一方向上的雙重差異。 散點(diǎn)圖表明樣本集中趨勢。紅色表示上調(diào)2倍lncRNA,綠色表示下調(diào)2倍lncRNA。獲得差異上調(diào)LncRNA398個(gè),即為圖3中紅色點(diǎn);差異下調(diào)LncRNA3中綠色點(diǎn);沒有明顯差異的LncRNA 21231個(gè),即為圖3中黑色點(diǎn)
圖 3 LncRNA Z vs C 散點(diǎn)圖RNA 火山圖olcano plot),用于比較兩組樣品的顯著性差異。正負(fù)紅色的點(diǎn)表示P值小于0.05,差異倍數(shù)大于2的差異基P值小于0.05,差異倍數(shù)小于-2的差異基因(探針)。LncRNA325個(gè)(圖4中紅色點(diǎn)),差異下調(diào)LncRNA有明顯差異的LncRNA 21351個(gè)(圖4中黑色的點(diǎn))
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]模擬微重力對(duì)獼猴脾臟結(jié)構(gòu)、脾臟免疫細(xì)胞及其細(xì)胞因子表達(dá)的影響[J]. 陳楊,王萍,許崇玉,蔡藝靈,馬華松. 解放軍醫(yī)學(xué)雜志. 2016(06)
[2]HOTAIR:an oncogenic long non-coding RNA in different cancers[J]. Mohammadreza Hajjari,Abbas Salavaty. Cancer Biology & Medicine. 2015(01)
[3]Effects of spaceflight and simulated microgravity on cell sub-microstructure and antioxidant enzyme activity in tomato[J]. CHEN Yu,LU Jin Ying,LI Hua Sheng,SUN Qiao,ZHAO Ying,SU Liang,LIU Min. Science China(Technological Sciences). 2015(02)
本文編號(hào):2916420
【文章來源】:錦州醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】:63 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
LncRNA芯片實(shí)驗(yàn)、數(shù)據(jù)操作分析流程圖
圖 2 LncRNA Z vs C 聚類分析圖4、LncRNA 散點(diǎn)圖較模擬失重組和對(duì)照組之間的全部lncRNA表達(dá)譜的散點(diǎn)圖(scatter紅線表示lncRNA表達(dá)在任一方向上的雙重差異。 散點(diǎn)圖表明樣本集中趨勢。紅色表示上調(diào)2倍lncRNA,綠色表示下調(diào)2倍lncRNA。獲得差異上調(diào)LncRNA398個(gè),即為圖3中紅色點(diǎn);差異下調(diào)LncRNA3中綠色點(diǎn);沒有明顯差異的LncRNA 21231個(gè),即為圖3中黑色點(diǎn)
圖 3 LncRNA Z vs C 散點(diǎn)圖RNA 火山圖olcano plot),用于比較兩組樣品的顯著性差異。正負(fù)紅色的點(diǎn)表示P值小于0.05,差異倍數(shù)大于2的差異基P值小于0.05,差異倍數(shù)小于-2的差異基因(探針)。LncRNA325個(gè)(圖4中紅色點(diǎn)),差異下調(diào)LncRNA有明顯差異的LncRNA 21351個(gè)(圖4中黑色的點(diǎn))
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]模擬微重力對(duì)獼猴脾臟結(jié)構(gòu)、脾臟免疫細(xì)胞及其細(xì)胞因子表達(dá)的影響[J]. 陳楊,王萍,許崇玉,蔡藝靈,馬華松. 解放軍醫(yī)學(xué)雜志. 2016(06)
[2]HOTAIR:an oncogenic long non-coding RNA in different cancers[J]. Mohammadreza Hajjari,Abbas Salavaty. Cancer Biology & Medicine. 2015(01)
[3]Effects of spaceflight and simulated microgravity on cell sub-microstructure and antioxidant enzyme activity in tomato[J]. CHEN Yu,LU Jin Ying,LI Hua Sheng,SUN Qiao,ZHAO Ying,SU Liang,LIU Min. Science China(Technological Sciences). 2015(02)
本文編號(hào):2916420
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