SCN5A基因微測序檢測體系的構(gòu)建及其在心源性猝死檢測中的應(yīng)用
發(fā)布時間：2020-12-09 13:40
目的:1、利用離子通道的基因SCN5A上心源性猝死相關(guān)突變建立一種SNaPshot微測序試劑盒;2、應(yīng)用建立的SCN5A基因微測序試劑盒檢測并了解山西人群SCD易感突變的類型特征。方法:本方法的原理結(jié)合多重復(fù)合PCR技術(shù)和SNaPshot微測序技術(shù)檢測心源性猝死相關(guān)離子通道基因SCN5A上的45個突變位點:（1）結(jié)合國內(nèi)外已發(fā)表的文獻(xiàn)和NCBI數(shù)據(jù)庫篩選得到與心源性猝死（SCD）相關(guān)的SNP位點;（2）對含有SNP位點的一對PCR引物進(jìn)行單獨PCR擴(kuò)增,以驗證個擴(kuò)增產(chǎn)物的特異性。其中對上下游引物之間最少含有一個待測SNP,最多含有5個待測SNP;（3）為了將擴(kuò)增效率最大化,將30對引物分成兩個體系(體系1st含14對引物,體系2nd含16對引物)分別進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,得到復(fù)合擴(kuò)增產(chǎn)物。（4）對兩組復(fù)合擴(kuò)增產(chǎn)物所包含的SNP分別進(jìn)行檢測(體系1st含有22個SNP,體系2nd含有23個SNP),其原理結(jié)合了SNaPshot微測序技術(shù)和毛細(xì)管電泳（CE）技術(shù)檢測突變堿基的類型和位置,從而確定樣本在SC...
【文章來源】：山西醫(yī)科大學(xué)山西省
【文章頁數(shù)】：53 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖A體系1中14對PCR產(chǎn)物由瓊脂糖電泳確認(rèn)；圖B體系2中16對PCR產(chǎn)物由瓊脂糖電泳確認(rèn)
圖 3 圖 A 體系 1 中 22 個 SNP 的分型由 3130 毛細(xì)管電泳確認(rèn)圖 B 體系 2 中 23 個 SNP 的分型由 3130 毛細(xì)管電泳確認(rèn)。Fig.3 A represents the typing result of 22 SNPs in reaction 1stconfirmed by CE;B represents the typing result of 23 SNPs in reaction 2ndconfirmed by CE注：藍(lán)色代表鳥嘌呤(G)、綠色代表腺嘌呤(A)、黑色代表胞嘧啶(C)、紅色代表胸腺嘧啶(T).每個數(shù)字代表 SCN5A 上的一個 SNP, 1-22 共 22 個 SNP 是在反應(yīng)體系 1st中完成的:1, S1937F 2, rs137854619 3, rs199473284 4, rs137854610 5, rs13785460266, rs199473240 7, rs199473607 8, rs375509048 9, rs199473609 10, rs4126134411, rs199473565 12, rs41310765 13, rs7626962 14, rs199473180 15, rs13785461116, rs199473143 17, rs199473142 18, rs72549410 19, rs28937318 20, rs19947309721, rs199473058 22, rs19947305423-45 共 23 個 SNP 是在反應(yīng)體系 2nd中完成的:23, rs12720452 24, rs41315493 25, rs199473128 26, rs13785460627, rs199473118 28, rs199473133 29, rs199473622 30, rs20100273631, rs397514448 32, rs41311135 33, rs201641342 34, rs79472891035, rs397514450 36, rs794728902 37, rs727505158 38, rs79472890939, rs886041848, 40, rs794728931 41, rs397514446 42, rs1805124 43, rs19947360644, rs199473574 45, rs794728931
圖 1 三組樣本 45 個 SNP 的 SNaPshot 分型結(jié)果Fig.1 The typing results in SNaPshot reaction with 45 SNPs in three groups.注：A: 健康個體組在反應(yīng)體系 1st的 SNaPshot 分型結(jié)果;B: 健康個體組在反應(yīng)體系 2nd的 SNaPshot 分型結(jié)果;C: 心源性猝死（SCD）組在反應(yīng)體系 1st的 SNaPshot 分型結(jié)果;D: 心源性猝死（SCD）組在反應(yīng)體系 2nd的 SNaPshot 分型結(jié)果。E: 非心源性猝死（non-SCD）組在反應(yīng)體系 1st的 SNaPshot 分型結(jié)果;F: 非心源性猝死（non-SCD）組在體系 2nd的 SNaPshot 分型結(jié)果;圖 D 中的箭頭表示雜合突變 T>C（H558R ，rs1805124）。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基因突變的檢測技術(shù)及進(jìn)展[J]. 符晶,傅煜. 現(xiàn)代診斷與治療. 2017(17)
[2]新一代測序技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用[J]. 田李,張穎,趙云峰. 生物技術(shù)通報. 2015(11)
[3]二代測序技術(shù)及其在法醫(yī)遺傳學(xué)中的應(yīng)用[J]. 王樂,葉健,白雪,楊帆,趙興春. 刑事技術(shù). 2015(05)
[4]離子通道病與猝死[J]. 吳林. 中華心臟與心律電子雜志. 2015(03)
[5]心房顫動基因?qū)W研究新進(jìn)展[J]. 曹青,洪葵,周慧. 臨床心血管病雜志. 2011(03)
[6]TaqMan探針技術(shù)用于X-SNP位點的分型[J]. 張素華,李莉,李成濤,趙書民. 法醫(yī)學(xué)雜志. 2010(01)
[7]基因芯片技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用[J]. 張騫,盛軍. 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報. 2008(03)
[8]基因突變的分子檢測技術(shù)[J]. 霍金龍,苗永旺,曾養(yǎng)志. 生物技術(shù)通報. 2007(02)
[9]鈉通道疾病與心臟猝死[J]. 李翠蘭,胡大一,許玉韻,韓獻(xiàn)華. 中國心臟起搏與心電生理雜志. 2003(03)
本文編號：2906951
【文章來源】：山西醫(yī)科大學(xué)山西省
【文章頁數(shù)】：53 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖A體系1中14對PCR產(chǎn)物由瓊脂糖電泳確認(rèn)；圖B體系2中16對PCR產(chǎn)物由瓊脂糖電泳確認(rèn)
圖 3 圖 A 體系 1 中 22 個 SNP 的分型由 3130 毛細(xì)管電泳確認(rèn)圖 B 體系 2 中 23 個 SNP 的分型由 3130 毛細(xì)管電泳確認(rèn)。Fig.3 A represents the typing result of 22 SNPs in reaction 1stconfirmed by CE;B represents the typing result of 23 SNPs in reaction 2ndconfirmed by CE注：藍(lán)色代表鳥嘌呤(G)、綠色代表腺嘌呤(A)、黑色代表胞嘧啶(C)、紅色代表胸腺嘧啶(T).每個數(shù)字代表 SCN5A 上的一個 SNP, 1-22 共 22 個 SNP 是在反應(yīng)體系 1st中完成的:1, S1937F 2, rs137854619 3, rs199473284 4, rs137854610 5, rs13785460266, rs199473240 7, rs199473607 8, rs375509048 9, rs199473609 10, rs4126134411, rs199473565 12, rs41310765 13, rs7626962 14, rs199473180 15, rs13785461116, rs199473143 17, rs199473142 18, rs72549410 19, rs28937318 20, rs19947309721, rs199473058 22, rs19947305423-45 共 23 個 SNP 是在反應(yīng)體系 2nd中完成的:23, rs12720452 24, rs41315493 25, rs199473128 26, rs13785460627, rs199473118 28, rs199473133 29, rs199473622 30, rs20100273631, rs397514448 32, rs41311135 33, rs201641342 34, rs79472891035, rs397514450 36, rs794728902 37, rs727505158 38, rs79472890939, rs886041848, 40, rs794728931 41, rs397514446 42, rs1805124 43, rs19947360644, rs199473574 45, rs794728931
圖 1 三組樣本 45 個 SNP 的 SNaPshot 分型結(jié)果Fig.1 The typing results in SNaPshot reaction with 45 SNPs in three groups.注：A: 健康個體組在反應(yīng)體系 1st的 SNaPshot 分型結(jié)果;B: 健康個體組在反應(yīng)體系 2nd的 SNaPshot 分型結(jié)果;C: 心源性猝死（SCD）組在反應(yīng)體系 1st的 SNaPshot 分型結(jié)果;D: 心源性猝死（SCD）組在反應(yīng)體系 2nd的 SNaPshot 分型結(jié)果。E: 非心源性猝死（non-SCD）組在反應(yīng)體系 1st的 SNaPshot 分型結(jié)果;F: 非心源性猝死（non-SCD）組在體系 2nd的 SNaPshot 分型結(jié)果;圖 D 中的箭頭表示雜合突變 T>C（H558R ，rs1805124）。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基因突變的檢測技術(shù)及進(jìn)展[J]. 符晶,傅煜. 現(xiàn)代診斷與治療. 2017(17)
[2]新一代測序技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用[J]. 田李,張穎,趙云峰. 生物技術(shù)通報. 2015(11)
[3]二代測序技術(shù)及其在法醫(yī)遺傳學(xué)中的應(yīng)用[J]. 王樂,葉健,白雪,楊帆,趙興春. 刑事技術(shù). 2015(05)
[4]離子通道病與猝死[J]. 吳林. 中華心臟與心律電子雜志. 2015(03)
[5]心房顫動基因?qū)W研究新進(jìn)展[J]. 曹青,洪葵,周慧. 臨床心血管病雜志. 2011(03)
[6]TaqMan探針技術(shù)用于X-SNP位點的分型[J]. 張素華,李莉,李成濤,趙書民. 法醫(yī)學(xué)雜志. 2010(01)
[7]基因芯片技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用[J]. 張騫,盛軍. 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報. 2008(03)
[8]基因突變的分子檢測技術(shù)[J]. 霍金龍,苗永旺,曾養(yǎng)志. 生物技術(shù)通報. 2007(02)
[9]鈉通道疾病與心臟猝死[J]. 李翠蘭,胡大一,許玉韻,韓獻(xiàn)華. 中國心臟起搏與心電生理雜志. 2003(03)
本文編號：2906951
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