版納微型豬近交系TSARG7基因克隆及功能生物信息學分析
發(fā)布時間：2019-07-25 17:13
【摘要】：為獲得版納微型豬近交系(Banna Mini-pig inbred line,BMI)TSATG7基因序列并分析組織表達情況,本研究以GenBank中豬及近緣物種的TSARG7基因mRNA序列為參考序列,設計特異引物擴增BMI TSARG7基因,半定量分析10個重要組織的表達譜,并對蛋白質序列進行功能生物信息學分析。結果顯示,獲得了BMI TSARG7基因1 371bp的編碼區(qū)序列(GenBank登錄號:KU950831,對應的氨基酸登錄號:AMY60405),編碼456個氨基酸,蛋白質分子質量為52.05ku,等電點(pI)為9.28。多組織表達分析表明,TSARG7基因在睪丸中高表達,在其他組織中呈中、低表達。功能生物信息學分析表明,TSARG7蛋白質存在1個保守結構域,有3個跨膜螺旋結構,無信號肽序列;N末端疏水,C末端親水;有5類功能活性位點,位于細胞質的概率是94.1%。本試驗結果為進一步研究TSARG7基因在豬精子發(fā)生和性成熟方面的作用及功能奠定基礎。
【圖文】：
８４８１０）、猴子（登錄號：ＸＰ＿０１２６３２８７４）、黑猩猩（登錄號：ＸＰ＿００１１３８８８８）、人（登錄號：ＮＰ＿８４８９３４）、小鼠（登錄號：ＮＰ＿０６１２１３）、大鼠（登錄號：ＮＰ＿００１０４１３１４）６個物種的蛋白質序列進行比對，并構建多物種系統(tǒng)進化樹。２結果２．１ＴＳＡＲＧ７基因ＰＣＲ擴增結果以睪丸ｃＤＮＡ為模板進行ＰＣＲ擴增，結果發(fā)現(xiàn)，擴增產物長度為１７９６ｂｐ，與預期片段大小相一致（圖１）。圖１ＴＳＡＲＧ７基因ＰＣＲ擴增結果Ｆｉｇ．１ＴｈｅＰＣＲａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｒｅｓｕｌｔｏｆＴＳＡＲＧ７ｇｅｎｅ２．２ＴＳＡＲＧ７基因序列及其編碼的氨基酸序列測序結果發(fā)現(xiàn)，ＢＭＩＴＳＡＲＧ７基因全長編碼序列１３７１ｂｐ，該序列已提交ＧｅｎＢａｎｋ，ｍＲＮＡ登錄號為ＫＵ９５０８３１，其對應的氨基酸登錄號為ＡＭＹ６０４０５。編碼４５６個氨基酸，含有１個保守結構域ＬＰＬＡＴ＿ＬＰＣＡＴ１－ｌｉｋｅ（圖２）。１６３９
中國畜牧獸醫(yī)４４卷ＡＴＧ，起始密碼子；＊，終止密碼子；下劃線序列，蛋白質保守結構域（ＬＰＬＡＴ＿ＬＰＣＡＴ１－ｌｉｋｅ，２１８－４２７位氨基酸）ＡＴＧ，Ｓｔａｒｔｃｏｄｏｎ；＊，Ｓｔｏｐｃｏｄｏｎ；Ｕｎｄｅｒｌｉｎｅｓｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｏｍａｉｎｓ（ＬＰＬＡＴ＿ＬＰＣＡＴ１－ｌｉｋｅ，２１８－４２７ａｍｉｎｏａｃｉｄｓ）圖２ＴＳＡＲＧ７基因編碼區(qū)全長序列與翻譯的氨基酸序列Ｆｉｇ．２ＴｈｅｆｕｌｌｌｅｎｇｔｈｃｏｄｉｎｇａｎｄａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＴＳＡＲＧ７ｇｅｎｅ２．３多組織半定量表達分析以１８ＳｒＲＮＡ為內參基因，利用ＲＴ－ＰＣＲ方法檢測ＴＳＡＲＧ７基因在ＢＭＩ（０８４７）共１０種組織中的轉錄水平，結果表明，ＴＳＡＲＧ７基因ｍＲＮＡ在睪丸中高度表達，在大腦、心臟、肝臟、脾臟、腎臟、胃和附睪中中度表達，在肺臟和小腸中低度表達（圖３）。１，大腦；２，心臟；３，肝臟；４，，脾臟；５，肺臟；６，腎臟；７，胃；８，小腸；９，附睪；１０，睪丸１，Ｃｅｒｅｂｒｕｍ；２，Ｈｅａｒｔ；３，Ｌｉｖｅｒ；４，Ｓｐｌｅｅｎ；５，Ｌｕｎｇ；６，Ｋｉｄｎｅｙ；７，Ｓｔｏｍａｃｈ；８，Ｓｍａｌｌｉｎｔｅｓｔｉｎｅ；９，Ｅｐｉｄｉｄｙｍｉｓ；１０，Ｔｅｓｔｉｓ圖３ＴＳＡＲＧ７基因半定量多組織表達譜Ｆｉｇ．３Ｔｈｅｓｅｍｉ－ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｍｕｌｔｉ－ｔｉｓｓｕｅｓｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆ
【作者單位】： 云南農業(yè)大學云南省版納微型豬近交系重點實驗室;云南農業(yè)大學動物科學技術學院;云南農業(yè)大學農科專業(yè)基礎實驗教學示范中心;
【基金】：國家自然科學基金項目(31660637、31460580、31660650)
【分類號】：S828
【圖文】：
８４８１０）、猴子（登錄號：ＸＰ＿０１２６３２８７４）、黑猩猩（登錄號：ＸＰ＿００１１３８８８８）、人（登錄號：ＮＰ＿８４８９３４）、小鼠（登錄號：ＮＰ＿０６１２１３）、大鼠（登錄號：ＮＰ＿００１０４１３１４）６個物種的蛋白質序列進行比對，并構建多物種系統(tǒng)進化樹。２結果２．１ＴＳＡＲＧ７基因ＰＣＲ擴增結果以睪丸ｃＤＮＡ為模板進行ＰＣＲ擴增，結果發(fā)現(xiàn)，擴增產物長度為１７９６ｂｐ，與預期片段大小相一致（圖１）。圖１ＴＳＡＲＧ７基因ＰＣＲ擴增結果Ｆｉｇ．１ＴｈｅＰＣＲａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｒｅｓｕｌｔｏｆＴＳＡＲＧ７ｇｅｎｅ２．２ＴＳＡＲＧ７基因序列及其編碼的氨基酸序列測序結果發(fā)現(xiàn)，ＢＭＩＴＳＡＲＧ７基因全長編碼序列１３７１ｂｐ，該序列已提交ＧｅｎＢａｎｋ，ｍＲＮＡ登錄號為ＫＵ９５０８３１，其對應的氨基酸登錄號為ＡＭＹ６０４０５。編碼４５６個氨基酸，含有１個保守結構域ＬＰＬＡＴ＿ＬＰＣＡＴ１－ｌｉｋｅ（圖２）。１６３９
中國畜牧獸醫(yī)４４卷ＡＴＧ，起始密碼子；＊，終止密碼子；下劃線序列，蛋白質保守結構域（ＬＰＬＡＴ＿ＬＰＣＡＴ１－ｌｉｋｅ，２１８－４２７位氨基酸）ＡＴＧ，Ｓｔａｒｔｃｏｄｏｎ；＊，Ｓｔｏｐｃｏｄｏｎ；Ｕｎｄｅｒｌｉｎｅｓｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｏｍａｉｎｓ（ＬＰＬＡＴ＿ＬＰＣＡＴ１－ｌｉｋｅ，２１８－４２７ａｍｉｎｏａｃｉｄｓ）圖２ＴＳＡＲＧ７基因編碼區(qū)全長序列與翻譯的氨基酸序列Ｆｉｇ．２ＴｈｅｆｕｌｌｌｅｎｇｔｈｃｏｄｉｎｇａｎｄａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＴＳＡＲＧ７ｇｅｎｅ２．３多組織半定量表達分析以１８ＳｒＲＮＡ為內參基因，利用ＲＴ－ＰＣＲ方法檢測ＴＳＡＲＧ７基因在ＢＭＩ（０８４７）共１０種組織中的轉錄水平，結果表明，ＴＳＡＲＧ７基因ｍＲＮＡ在睪丸中高度表達，在大腦、心臟、肝臟、脾臟、腎臟、胃和附睪中中度表達，在肺臟和小腸中低度表達（圖３）。１，大腦；２，心臟；３，肝臟；４，，脾臟；５，肺臟；６，腎臟；７，胃；８，小腸；９，附睪；１０，睪丸１，Ｃｅｒｅｂｒｕｍ；２，Ｈｅａｒｔ；３，Ｌｉｖｅｒ；４，Ｓｐｌｅｅｎ；５，Ｌｕｎｇ；６，Ｋｉｄｎｅｙ；７，Ｓｔｏｍａｃｈ；８，Ｓｍａｌｌｉｎｔｅｓｔｉｎｅ；９，Ｅｐｉｄｉｄｙｍｉｓ；１０，Ｔｅｓｔｉｓ圖３ＴＳＡＲＧ７基因半定量多組織表達譜Ｆｉｇ．３Ｔｈｅｓｅｍｉ－ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｍｕｌｔｉ－ｔｉｓｓｕｅｓｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆ
【作者單位】： 云南農業(yè)大學云南省版納微型豬近交系重點實驗室;云南農業(yè)大學動物科學技術學院;云南農業(yè)大學農科專業(yè)基礎實驗教學示范中心;
【基金】：國家自然科學基金項目(31660637、31460580、31660650)
【分類號】：S828
【參考文獻】
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1 陳園園;潘偉榮;霍金龍;王淑燕;王配;查星琴;曾養(yǎng)志;;版納微型豬近交系不育和可育公豬CRISP2基因全長編碼區(qū)序列克隆及睪丸差異表達分析[J];云南農業(yè)大學學報(自然科學);2015年05期
2 王配;陳園園;霍金龍;霍海龍;王淑燕;潘偉榮;成文敏;查星琴;曾養(yǎng)志;;版納微型豬近交系白細胞介素6基因克隆、生物信息學及組織表達分析[J];中國畜牧獸醫(yī);2015年08期
3 王淑燕;霍金龍;潘偉榮;施晨;曾養(yǎng)志;;版納微型豬近交系GHR基因克隆及生物信息學分析[J];中國實驗動物學報;2014年01期
4 張俊芳;朱化彬;張留光;郝海生;趙學明;秦彤;路永強;王棟;;精子形成期基因轉錄表達的研究進展[J];遺傳;2013年05期
5 ;Cloning and Characterization of Porcine TSARG7 Gene and Analysis of Its Tissue-Specific Expression[J];Agricultural Sciences in China;2009年11期
6 譚小軍;黃志平;李
本文編號：2519231
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