發(fā)布時(shí)間：2020-11-17 20:45

　　 目的重組是腸道病毒進(jìn)化的重要機(jī)制,大多數(shù)重組事件發(fā)生在包括P2和P3的腸道病毒的非編碼區(qū)中,但是在�？刹《�30株中首次發(fā)現(xiàn)了作為蛋白質(zhì)編碼區(qū)的VP4區(qū)域中的重組,本研究旨在探討柯薩奇病毒B5(CVB5)中是否存在類似的重組事件。方法從GenBank中檢索CVB5的核苷酸序列,分別在5′UTR和VP1區(qū)域中進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。此外,跨越5′UTR-VP4-5′VP2的部分基因組用于檢測(cè)重組并使用序列相似性作圖(Similarity plot)來(lái)分析重組體。結(jié)果 5′UTR和VP1系統(tǒng)發(fā)育樹顯示5′UTR和VP1之間有4個(gè)病毒株位于不同簇中,表明這些病毒株中存在重組事件。Similarity plot分析表明,CVB5AY875692的5′UTR-VP4-5′VP2區(qū)域存在交叉,序列分析證明VP4區(qū)域存在重組位點(diǎn)。結(jié)論 CVB5在VP4區(qū)域具有重組事件,表明結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)亦可作為CVB5重組的候選基因位點(diǎn)。
【部分圖文】：

進(jìn)一步聚類成１６個(gè)譜系（ａ至ｐ）。每個(gè)譜系包含１個(gè)或多個(gè)病毒分離株，并用相同形狀和顏色的相同符號(hào)標(biāo)記。第１組僅包含１個(gè)譜系作為ａ；第２組包含８?jìng)�(gè)譜系，包括ｂ至ｉ；其他譜系包括ｊ至ｐ構(gòu)成第３組。幾乎所有來(lái)自亞洲地區(qū)的病毒分離株（除了病毒分離株ＫＰ２３３８３０和病毒分離株ＫＴ２８５０１８）聚集在第２組中，而來(lái)自歐洲、美洲和澳大利亞地區(qū)的大多數(shù)病毒分離株聚集到第３組。大多數(shù)具有相似分離時(shí)間的病毒分離株聚集成相同的譜系�；�于ＶＰ１的系統(tǒng)發(fā)育樹見圖１。圖１ＣＶＢ５ＶＰ１區(qū)的系統(tǒng)發(fā)育分析樹２．２５′ＵＴＲ進(jìn)化分析用于ＶＰ１系統(tǒng)發(fā)育分析的相同病毒分離株同時(shí)用于５′ＵＴＲ區(qū)域分析，見圖２。樹被標(biāo)記為與ＶＰ１樹中的譜系一致。該樹可分為２個(gè)分支，４個(gè)病毒分離株包括ＡＹ８７５６９２、ＭＧ８４５８９２、ＫＦ３１１７４３和ＭＧ８４５８９１，改變了譜系分布。譜系ａ和·８１８２·國(guó)際檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志２０１９年１２月第４０卷第２３期ＩｎｔＪＬａｂＭｅｄ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ２０１９，Ｖｏｌ．４０，Ｎｏ．２３

酸序列之間的比較顯示可能的重組基因座是８０３ｎｔ和８０４ｎｔ，見圖４。ＪＸ９７６７７２．１／Ｓｈａｎｄｏｎｇ／２０１０和ＫＴ２８５０００．１／ＨｏｎｇＫｏｎｇ／１９７２的兩個(gè)病毒分離株匹配部分５′ＵＴＲ和５′ｅｎｄＶＰ２核苷酸序列，相似性分別是９３％（Ｅ值：４ｅ－４０）和９２％（Ｅ值：３ｅ－５２），見圖５。這３個(gè)核苷酸序列之間的比較顯示可能的重組基因座是８７３ｎｔ和８７４ｎｔ。可能的２個(gè)重組位點(diǎn)均位于ＶＰ４區(qū)域。圖２ＣＶＢ５５′ＵＴＲ區(qū)的系統(tǒng)發(fā)育分析樹注：ａ為ＫＦ３１１７４３．１／Ｃｈｉｎａ／２０１１；ｂ為ＡＹ８７５６９２．１／Ｋｏｒｅａ／２０００；ｃ為ＭＧ８４５８９１．１／Ｓｗｉｔｅｒｌａｎｄ／２０１５；ｄ為ＭＧ８４５８９２．１／Ｓｗｉｔｅｒｌａｎｄ／２０１５圖３Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｐｌｏｔ分析國(guó)際檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志２０１９年１２月第４０卷第２３期ＩｎｔＪＬａｂＭｅｄ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ２０１９，Ｖｏｌ．４０，Ｎｏ．２３·９１８２·

圖３Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｐｌｏｔ分析
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2 陳娜;馬小珍;童文彬;李偉;余倩;;基于VP4區(qū)基因序列進(jìn)行腸道病毒分型的可行性研究[J];預(yù)防醫(yī)學(xué)情報(bào)雜志;2016年05期

3 王春鳳,于守平,楊樹寶,李玉;豬A組輪狀病毒Vp4全基因的克隆與序列分析[J];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2005年05期

4 丁莉莉;遺傳性高鐵血紅蛋白血癥──細(xì)胞色素b5還原酶缺乏癥[J];生命的化學(xué)(中國(guó)生物化學(xué)會(huì)通訊);1994年03期

5 劉繼梅,鄢波,鄭麗屏,杜云龍,王玲仙,黃興奇;不同花色矮牽牛細(xì)胞色素b5蛋白的cDNA克隆及序列分析[J];云南植物研究;2002年02期

6 王春鳳,沈明浩,王會(huì)巖,劉尚高;豬A組輪狀病毒VP4全基因在大腸桿菌中的表達(dá)與檢測(cè)[J];中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào);2005年05期

7 冶貴生,劉湘濤,張彥明,馬玉花,張淼濤,韓雪清,張永國(guó);豬水泡病病毒結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)核苷酸的序列測(cè)定與分析[J];中國(guó)獸醫(yī)科技;2004年03期

8 劉馨;張光明;李鴻釗;謝天宏;孫茂盛;;表達(dá)輪狀病毒VP4抗原的重組腺病毒對(duì)新生小鼠的被動(dòng)免疫保護(hù)作用[J];中國(guó)生物制品學(xué)雜志;2007年01期

9 肖瑋,錢淵;人A組輪狀病毒北京地方株VP4血清型特異片段編碼基因的序列分析[J];微生物學(xué)報(bào);1998年03期

10 翁育偉;周朝暉;陳煒;鄭奎城;嚴(yán)延生;;2010年福建省手足口病患者中柯薩奇B5病毒的序列分析[J];中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào);2011年12期

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1 王若;口蹄疫病毒結(jié)構(gòu)蛋白VP4基因的真核表達(dá)[D];河北農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

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3 包慧芳;輪狀病毒VP4、VP7抗原在煙草中的表達(dá)[D];石河子大學(xué);2005年

4 李雙潔;雞傳染性法氏囊病毒VP4、VP5蛋白在感染中對(duì)宿主天然防御能力的影響研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

5 南曉偉;牛輪狀病毒VP4基因的克隆及原核表達(dá)[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

6 趙慶歡;人類A組輪狀病毒Vp4的表達(dá)和抗原性研究[D];中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2007年

7 胡光珍;香蒲細(xì)胞色素b5基因的克隆和功能研究[D];華東師范大學(xué);2005年

8 洑景軍;傳染性法氏囊病病毒VP4和VP5蛋白基因真核表達(dá)載體的構(gòu)建、表達(dá)及對(duì)Ⅰ型干擾素信號(hào)通路的影響[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

9 孔華;動(dòng)物輪狀病毒外殼抗原蛋白VP4基因轉(zhuǎn)化苧麻的研究[D];華南熱帶農(nóng)業(yè)大學(xué);2003年

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