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基于改進(jìn)FP-Growth算法的基因-疾病關(guān)系自動提取的應(yīng)用研究

發(fā)布時間:2020-11-17 17:52
   傳統(tǒng)的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索算法FP-Growth算法存在效率低下、內(nèi)存溢出等問題,據(jù)此提出了一個改進(jìn)的FP-Growth算法.首先將數(shù)據(jù)集平均分塊,以并行的方式構(gòu)建FP-Tree樹,以減少內(nèi)存負(fù)擔(dān),再以粒子群算法優(yōu)化FP-Growth的FP-Tree樹迭代過程,并優(yōu)化并發(fā)過程.經(jīng)驗(yàn)證,改進(jìn)后的算法能提高內(nèi)存的使用率與算法的運(yùn)行效率.
【部分圖文】:

流程圖,流程圖,算法,示例


FP-Growth算法構(gòu)造FP-tree來存儲項(xiàng)的頻次, 每個項(xiàng)以路徑的方式存儲在FP-tree中. FP-tree在構(gòu)建的過程中刪除小于最小支持度(最小項(xiàng)出現(xiàn)頻次)的項(xiàng), 留下出現(xiàn)頻次較高的項(xiàng). 與其它樹形結(jié)構(gòu)不同, FP-Growth的項(xiàng)可以在一個FP-tree中出現(xiàn)多次. 一個FP-tree中的項(xiàng)只有在項(xiàng)-頻次完全不同的時候, 才會分枝. FP-tree節(jié)點(diǎn)表示為一個項(xiàng)及其在序列中出現(xiàn)的頻次, 路徑表示該序列出現(xiàn)的次數(shù). 越靠近根節(jié)點(diǎn)的項(xiàng), 其頻次越高. 一個FP-tree通過鏈接來連接相似的項(xiàng), 類似于一個鏈表. 一個FP-tree示例圖如圖2所示.圖2 一個FP-tree示例圖

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一個FP-tree示例圖

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第二步, 將病歷數(shù)據(jù)集平均分為n塊, 減少載入內(nèi)存的負(fù)擔(dān), 做并發(fā)處理之用;第三步, 并發(fā)處理的模塊i中, 包含完整的基因數(shù)據(jù)集與 1 n 疾病文本數(shù)據(jù)集, 在模塊i的處理過程中, 完成FP-Growth算法的基本數(shù)據(jù)掃描操作;
【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

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相關(guān)博士學(xué)位論文 前2條

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5 張增芹;IMRT逆向計劃中優(yōu)化算法的研究[D];東北大學(xué);2009年

6 邱浩;基于EM算法的醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)的分類研究[D];湖南師范大學(xué);2016年

7 張文博;新型自適應(yīng)免疫克隆混合算法及其應(yīng)用研究[D];吉林大學(xué);2007年



本文編號:2887757

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