發(fā)布時(shí)間：2020-11-09 02:13

　　 目的應(yīng)用生物信息學(xué)相關(guān)軟件和技術(shù)預(yù)測分析靶向結(jié)合細(xì)胞表面腸道71型病毒(enterovirus 71,EV71)受體溶酶體整合膜蛋白2型(lysosomal integral membrane protein 2,SCARB2)的miRNA分子,為探索miRNA分子在EV71感染宿主細(xì)胞的機(jī)制研究提供理論基礎(chǔ)。方法應(yīng)用生物信息學(xué)網(wǎng)站軟件miRWalk 2.0首先預(yù)測分析靶向結(jié)合于SCARB2的miRNA,對得到的miRNA進(jìn)行驗(yàn)證評(píng)價(jià),然后在GEO數(shù)據(jù)庫中查找相關(guān)的miRNA差異表達(dá)芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,尋找差異表達(dá)較高有意義的miRNA分子。結(jié)果通過預(yù)測分析能夠與靶基因SCARB2結(jié)合的miRNA153個(gè),同時(shí)運(yùn)用R語言對在GEO數(shù)據(jù)庫中檢索到的芯片表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析,得到1 246個(gè)差異表達(dá)miRNA分子。其中與預(yù)測到的153個(gè)miRNA交集得到79個(gè),上調(diào)的15個(gè),miR-1827上調(diào)最顯著;下調(diào)的10個(gè),miR-182-5p和miR-125a-5p下調(diào)最顯著,與靶基因的結(jié)合特異性也很好。結(jié)論 miR-1827、miR-182-5p和miR-125a-5p能夠特異性結(jié)合靶基因EV71病毒受體SCARB2,并且在EV71感染前后表達(dá)差異顯著,可為臨床提供診療依據(jù)。
【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 運(yùn)用miRWalk
        1.2.2 矩陣分析
        1.2.3 對預(yù)測到miRNA與靶基因結(jié)合的穩(wěn)定性和特異性分析并與GEO數(shù)據(jù)對比
2 結(jié)果
    2.1 與受體SCARB2結(jié)合的miRNA
    2.2 GEO數(shù)據(jù)庫芯片表達(dá)矩陣差異表達(dá)基因
    2.3 分析結(jié)果
3 討論

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 竇建琳;安靜;;EV71型病毒馴化與手足口病動(dòng)物模型的研究進(jìn)展[J];免疫學(xué)雜志;2011年03期

2 王洪波;郭珍珍;于家峰;王吉華;;基于序列及結(jié)構(gòu)特征的固有無序蛋白—核酸相互作用位點(diǎn)預(yù)測分析[J];德州學(xué)院學(xué)報(bào);2014年02期

3 黃飛雁;張仁利;張起文;劉鳳仁;;硒代蛋氨酸與亞硒酸鈉對EV71在體內(nèi)外增值的影響[J];中國熱帶醫(yī)學(xué);2014年07期

4 譚雙;余旭平;黃賢波;;多殺性巴氏桿菌基因組分泌蛋白的預(yù)測分析[J];湖北農(nóng)業(yè)科學(xué);2009年11期

5 歐陽劉健;魏昌瑛;;培養(yǎng)細(xì)胞體系中槐定堿抗EV71病毒的作用[J];甘肅科技;2016年23期

6 黨裔武;楊柳;潘紅波;羅殿中;陳罡;;手足口病中EV71病毒特異性受體研究新進(jìn)展[J];現(xiàn)代醫(yī)藥衛(wèi)生;2015年08期

7 羅小娟;祖瑩;李德發(fā);;EV71病毒感染觸發(fā)細(xì)胞凋亡的研究進(jìn)展[J];現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué);2010年01期

8 李志會(huì);李鵬;宋楠楠;岳盈盈;紀(jì)璇;趙元昊;孟紅;;致敏綿羊紅細(xì)胞在EV71細(xì)胞嗜性研究中的應(yīng)用[J];山東大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2010年11期

9 黃寶成,陳志南;計(jì)算機(jī)預(yù)測分析MHC結(jié)合肽的研究[J];醫(yī)學(xué)信息;2000年04期

10 劉鑫;段長松;李仲;王校偉;趙忠鵬;王希良;;五株EV71病毒毒力、免疫原性與基因組比較分析[J];免疫學(xué)雜志;2011年06期

相關(guān)博士學(xué)位論文 前8條

1 徐春娥;SARS-CoV、EV71與干擾素系統(tǒng)的相互作用[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2009年

2 李康;抗流感病毒和EV71新靶標(biāo)及新藥物研究[D];北京工業(yè)大學(xué);2014年

3 宋煜;腸道病毒71型(EV71)調(diào)控EGR1表達(dá)及其促進(jìn)病毒復(fù)制的研究[D];武漢大學(xué);2014年

4 張哲;抗EV71病毒MAPK信號(hào)通路抑制劑的篩選及抗病毒作用的研究[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2017年

5 翁育偉;中國大陸C4基因亞型EV71病毒氨基酸變異及其對病毒生物學(xué)特征影響[D];福建醫(yī)科大學(xué);2015年

6 李好雨;EV71和HBV病毒與宿主細(xì)胞相互作用的蛋白質(zhì)組學(xué)分析[D];武漢大學(xué);2016年

7 張倩;TLR7在EV71感染過程中的作用及利用毛絲鼠和雪貂建立HBV動(dòng)物模型的探索[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2017年

8 李繼安;腸道病毒71型感染對小鼠CPT2、PSGL-1和SCARB2的表達(dá)和作用的影響[D];青島大學(xué);2014年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 王璇;EV71入侵樹鼩血-脊髓屏障的機(jī)制研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2019年

2 黃彬;腸道病毒EV71和CA16的構(gòu)象性中和表位的定位及結(jié)構(gòu)特征研究[D];廈門大學(xué);2014年

3 許立;發(fā)展檢測腸病毒71型（EV71）感染之單克隆抗體研究[D];蘇州大學(xué);2013年

4 朱春鳳;東北地區(qū)手足口病病毒流行株EV71的分子生物學(xué)研究[D];吉林大學(xué);2013年

5 梁任山;EGCG-p抗EV71病毒的分子作用機(jī)理[D];廣西師范大學(xué);2015年

6 黃娜;西安EV71分離株的VP1基因克隆測序及感染特性分析[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2010年

7 崔佳雯;EV71人源基因工程抗體的制備及鑒定[D];北京工業(yè)大學(xué);2013年

8 李超;諾如病毒P結(jié)構(gòu)域與EV71中和表位的嵌合蛋白及其特征研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2017年

9 張亞洲;EV71通過2A蛋白酶切割Nup62而抑制核轉(zhuǎn)運(yùn)[D];山西醫(yī)科大學(xué);2013年

10 張紹麗;河南省2008年手足口病病原體（EV71）分離株全基因組序列[D];鄭州大學(xué);2010年

本文編號(hào)：2875721