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優(yōu)雅蟈螽腸道微生物多樣性研究

發(fā)布時間:2024-07-02 19:46
  昆蟲腸道共生大量微生物,其豐富度因種類不同有較大差異。大多數(shù)昆蟲的微生物定殖尚未了解,其菌群組成還有很大研究空間。優(yōu)雅蟈蟲(Gampsocleis gratiosa)隸屬于直翅目(Orthoptera)蟲斯科(Tettigoniidae),是研究直翅目昆蟲生長發(fā)育的良好模式生物,其研究對不完全變態(tài)、也非社會性的昆蟲有代表意義。主要結(jié)果如下:1、本課題基于16S rDNA V3-V4區(qū)450 bp高變序列,通過Illumina MiseqTM高通量測序,分別對優(yōu)雅蟈螽兩性1-7齡若蟲、以及成體4個階段,在活體狀態(tài)持續(xù)收集糞便,對腸道微生物組成進行研究,每組3個生物學(xué)重復(fù),共66個糞便樣品。單個樣品測序20.79-24.82萬條序列,共計獲得20.96 Gb原始數(shù)據(jù)。2、去除Barcode、引物和接頭序列,根據(jù)Overlap關(guān)系,把成對序列拼接成一條序列。然后按照測序前的Barcode標簽,分離出需要的各樣本數(shù)據(jù)。并對分離得到的數(shù)據(jù)質(zhì)控過濾,以去除嵌合體和非特異性擴增序列,獲得最終數(shù)據(jù)。按照97%的相似性閾值,共獲得576684個OTU。3、門、綱、目、科級水平,優(yōu)勢菌均比較單一,其他菌群...

【文章頁數(shù)】:122 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

圖2-1?DNA電泳圖??Fig.2-1?The?electrophoresis?of?DNA??

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圖2-2?16S?rDNA?V3-V4?PCR產(chǎn)物電泳圖??Fig.2-2?The?PCR?electrophoresis?products?of?16S?rDNA?V3-V4??

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圖2-3質(zhì)控后優(yōu)雅蟈螽雄性序列長度分布圖??Fig.2-3?Length?distribution?of?reads?after?QC?(male?

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圖2-4質(zhì)控后優(yōu)雅蟈螽雌性序列長度分布圖??Fig.2-4?Length?distribution?of?reads?after?QC?(female?Gampsocleis?gratiosa)??各樣本的編號、分組情況、Barcode序列、原始序列數(shù)目,以及?

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本文編號:3999918

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