發(fā)布時間：2020-12-03 06:14

　　核糖核酸（RNA）是細胞中的基本單元之一,常與其它蛋白質或小分子等生物分子形成復合物結構,有調控和催化等重要的生物學功能。然而,由于RNA分子的柔性特征和實驗技術的限制,實驗上較難快速測定RNA分子的復合物結構,極大地阻礙了 RNA復合物功能的探索。因此,RNA結合位點的理論預測研究有助于理解其結構功能關系和解釋生物學機理問題。本文介紹了一種基于RNA三級結構預測結合位點的網絡策略,即RBind。該方法首先對RNA三級結構進行網絡模型構建。在網絡構建中,RNA結構中的每個核苷酸為網絡中的節(jié)點,非近鄰核苷酸中任一重原子間距離小于8A連接為網絡中的邊。第二步,在構建的RNA網絡中,我們對網絡節(jié)點的度中心性和接近中心性進行計算。第三步,基于度中心性（degree）和接近中心性（closeness）的計算,以一定值作為截斷確定RNA的結合位點。進一步,我們用RNA-ligand和RNA-protein測試集對RBind的精度進行了比較分析。結果表明,該方法在RNA-ligand測試集中的平均預測精度為0.82,在RNA-protein測試集中的平均預測精度為0.63,預測精度優(yōu)于現(xiàn)有的RNA結... 

【文章來源】：華中師范大學湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數】：73 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 RNA簡介
        1.1.1 RNA結構特征
        1.1.2 RNA功能特征
        1.1.3 RNA復合物的結構與功能特征
    1.2 結合位點預測的研究進展及意義
        1.2.1 研究進展
        1.2.2 研究意義
    1.3 本文的研究工作及章節(jié)安排
        1.3.1 本文的研究工作
        1.3.2 章節(jié)安排
第二章 研究方法
    2.1 RBind網絡模型
        2.1.1 網絡構建
        2.1.2 局部特征與全局特征
    2.2 RNA三級結構建模
        2.2.1 序列與二級結構介紹
        2.2.2 模型搭建
    2.3 直接耦合分析模型
    2.4 軟件介紹
        2.4.1 MATLAB
        2.4.2 Pymol
    2.5 本章小結
第三章 研究結果
    3.1 引言
    3.2 結果與分析
        3.2.1 測試集選取及結果分析方法
        3.2.2 測試集中的預測結果分析
        3.2.3 建模結構的預測結果分析
        3.2.4 與現(xiàn)有方法的比較
        3.2.5 共進化關系
    3.3 潛在應用分析
        3.3.1 藥物設計的靶標
        3.3.2 復合物結構預測
    3.4 本章小結
第四章 總結與展望
參考文獻
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文
攻讀學位期間獲得的獎勵
致謝


【參考文獻】：
博士論文
[1]核酸分子結構預測研究[D]. 王劍.華中科技大學 2017
[2]非編碼RNA結構預測研究[D]. 趙蘊杰.華中科技大學 2012



本文編號：2896119