發(fā)布時間：2024-10-04 21:25

　　斑石鯛(Oplegnathus punctatus)隸屬于鱸形目、石鯛科、石鯛屬,俗稱斑鯛,黑金鼓。憑借優(yōu)良的肉質口感、營養(yǎng)和經濟價值斑石鯛已然躋身為重要的新興水產品種。然而,隨著養(yǎng)殖規(guī)模的擴大,養(yǎng)殖密度的提高,斑石鯛與其他養(yǎng)殖魚類相比易感染病毒病且致死率極高的問題更加凸顯。斑石鯛具有22對常染色體和一組復性染色體(X1、X2和Y),其性別決定機制為(X1X2Y)型。其特殊的性別決定類型對豐富和提高人們對性染色體、性別決定機制和性染色體進化機制認知具有重要的意義。為了探究以上兩個問題,本論文,首次完成對斑石鯛基因組進行測序、組裝和比較基因組學分析,解析了其基因組結構特點,揭示了其易感染病毒病的可能的遺傳基礎。通過對斑石鯛不同發(fā)育時期雌雄性腺轉錄組分析,分析了其性腺發(fā)育的動態(tài)過程,首次確定了雌性斑石鯛的兩條性染色體。通過對基因組數(shù)據的比較分析,首次發(fā)掘了一個斑石鯛雄性特異的DNA分子標記,開發(fā)了一種應用該DNA標記快速鑒定斑石鯛遺傳性別的技術。(1)首次完成對斑石鯛基因組的測序和組裝,最終將組裝結果掛載到24條染色體。其染色體數(shù)目和大小與核型結果一致(R2=0.97)。共注釋出22970個...

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
引言
第一章 綜述
    1.1 測序技術的發(fā)展概述
    1.2 水產養(yǎng)殖中高通量測序技術的研究與應用
        1.2.1 水產養(yǎng)殖動物重要性狀的研究現(xiàn)狀概述
        1.2.2 水產養(yǎng)殖動物中高通量測序技術的應用
    1.3 魚類性別標記開發(fā)研究概述
    1.4 本論文的目的和意義
第二章 斑石鯛基因組組裝注釋
    2.1 引言
    2.2 材料和方法
        2.2.1 實驗材料
        2.2.2 基因組特征分析
        2.2.3 基因組組裝
        2.2.4 基因組結構與功能注釋
    2.3 結果
        2.3.1 基因組大小與復雜度評估
        2.3.2 基因組組裝
        2.3.3 基因組重復序列特征
        2.3.4 基因組結構注釋
        2.3.5 基因組功能注釋
    2.4 討論
第三章 比較基因組學分析
    3.1 引言
    3.2 材料方法
        3.2.1 基因家族鑒定
        3.2.2 系統(tǒng)進化分析
        3.2.3 基因家族擴張收縮分析
        3.2.4 正選擇分析
    3.3 結果
        3.3.1 基因家族鑒定
        3.3.2 系統(tǒng)進化分析
        3.3.3 基因家族擴張收縮分析
        3.3.4 正選擇分析
    3.4 討論
第四章 雌雄性腺轉錄組學分析
    4.1 引言
    4.2 材料和方法
        4.2.1 實驗材料
        4.2.2 原始數(shù)據處理
        4.2.3 轉錄本重構與注釋
        4.2.4 基因變異與可變剪接
        4.2.5 基因定量與差異表達
    4.3 結果
        4.3.1 轉錄組數(shù)據統(tǒng)計
        4.3.2 測序數(shù)據處理
        4.3.3 轉錄本構建和分析
        4.3.4 SNP與 INDEL突變
        4.3.5 基因轉錄本差異剪接
        4.3.6 基因的定量和差異表達分析
        4.3.7 差異表達基因的KEGG和 GO分析
    4.4 討論
第五章 斑石鯛性別特異分子標記的發(fā)掘與應用
    5.1 引言
    5.2 材料方法
        5.2.1 樣品準備
        5.2.2 基因組DNA提取
        5.2.3 組織學切片和HE染色
        5.2.4 雄性性別標記篩選
        5.2.5 雄性特異性標記物的PCR驗證
        5.2.6 遺傳性別鑒定技術的開發(fā)與確認
    5.3 結果
        5.3.1 雄性特異性標記篩選
        5.3.2 雄性特異性標記的驗證
        5.3.3 遺傳性別鑒定技術的建立與應用
    5.4 討論
小結
參考文獻



本文編號：4007160