發(fā)布時間：2024-06-27 23:14

　　龍須菜是一種重要的產(chǎn)瓊膠海藻,對其繁殖發(fā)育的研究將有助于了解龍須菜的生長,有助于育種。本研究對龍須菜不同育性品系(981和魯龍1號)在不同發(fā)育階段的表達譜數(shù)據(jù),采用加權基因共表達網(wǎng)絡分析(WGCNA)方法構建基因共表達網(wǎng)絡,共獲得32個模塊。其中,模塊最大基因數(shù)量為2 577個,最小基因數(shù)為66個。經(jīng)過篩選發(fā)現(xiàn)與品系相關的模塊(以0.7為閾值)共5個,涉及基因共2 301個,對模塊基因進行GO功能富集分析,結果表明主要富集以下功能上:信號轉導、轉運、細胞分化、翻譯、細胞穩(wěn)態(tài)、生物合成過程等。981品系與魯龍1號品系的富集結果對比表明981品系在孢子放散過程中生物活性不高,生物合成水平較低,內(nèi)環(huán)境穩(wěn)態(tài)較差。經(jīng)過KEGG富集,篩選到21個與981品系II期四分孢子形成相關的備選基因,主要富集到DNA復制和染色體形態(tài)變化等與細胞周期相關的功能上,表明981品系在孢子形成時期的細胞分裂可能出現(xiàn)異常。本文結果為進一步深入揭示龍須菜四分孢子體發(fā)育分子調(diào)控機制提供思路和導向。

【文章頁數(shù)】：15 頁

【部分圖文】：

圖1龍須菜轉錄本KEGG代謝通路注釋(A)與GO注釋(B)二級分類統(tǒng)計

對18個樣品的差異表達基因的表達矩陣進行提取后聚類。初步聚類分析后,為確保分析結果的嚴謹和可靠性,確定采納具有較高相關性的樣品,去除皮爾遜相關系數(shù)小于0.95的樣品,每個取樣階段保留2個生物學平行。對樣品之間相關性進行統(tǒng)計見圖2,除981.IV組樣品,相關性為0.89。其他樣品相....

圖1龍須菜轉錄本KEGG代謝通路注釋(A)與GO注釋(B)二級分類統(tǒng)計

圖1龍須菜轉錄本KEGG代謝通路注釋(A)與GO注釋(B)二級分類統(tǒng)計將構建好的樣品FPKM表達矩陣導入WGCNA軟件包,進行gsg數(shù)據(jù)過濾,共去除857個數(shù)據(jù)不良的基因,剩余12569個基因進行后續(xù)分析。

圖26組龍須菜樣品相關性分析

將構建好的樣品FPKM表達矩陣導入WGCNA軟件包,進行gsg數(shù)據(jù)過濾,共去除857個數(shù)據(jù)不良的基因,剩余12569個基因進行后續(xù)分析。2.2基因共表達網(wǎng)絡構建

圖3WGCNA基因層次聚類樹和模塊構建（A）及模塊與特征相關性分析（B)

將3個模塊內(nèi)的基因進行KEGG代謝通路富集(見圖8)。3個模塊中均有富集到CellularProcesses相關的代謝通路,如Magenta模塊富集到溶酶體(Lysosome)(ko04142,P=0.006899873)和干細胞全能型調(diào)節(jié)信號通路(Signalingpa....

本文編號：3996082