發(fā)布時間：2024-12-29 23:53

　　隨著人類長非編碼RNA和疾病關(guān)系研究不斷深入,出現(xiàn)了預(yù)測長非編碼RNA-疾病關(guān)系的方法。引入被證實(shí)的長非編碼RNA和疾病的關(guān)系組建關(guān)系網(wǎng)絡(luò),科研人員使用網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)獲得節(jié)點(diǎn)表示向量,用于預(yù)測長非編碼RNA-疾病關(guān)系。節(jié)點(diǎn)表示向量在網(wǎng)絡(luò)相關(guān)分析中能起到很好的效果。本課題使用長非編碼RNA和疾病的關(guān)系數(shù)據(jù),構(gòu)建了由190個長非編碼RNA和疾病節(jié)點(diǎn)組成的一個雙層關(guān)系異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)。這個網(wǎng)絡(luò)包含有的內(nèi)部關(guān)系3633條無向邊。然而,基于本課題網(wǎng)絡(luò)關(guān)系數(shù)據(jù),同質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)方法沒有增加社區(qū)約束信息,異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)方法沒有引入同類型節(jié)點(diǎn)相似性數(shù)據(jù)。同質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)方法缺少社區(qū)約束,對長非編碼RNA-疾病關(guān)系異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)做同質(zhì)化輸入處理后,對長非編碼RNA相似性網(wǎng)絡(luò)和疾病相似性網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行社區(qū)發(fā)現(xiàn)、增加社區(qū)約束的改進(jìn)和網(wǎng)絡(luò)關(guān)系預(yù)測實(shí)驗(yàn)分析。異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)方法存在無法利用到長非編碼RNA和疾病的相似性數(shù)據(jù)的問題,在長非編碼RNA-疾病關(guān)系異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)上,引入社區(qū)成員以增加跳轉(zhuǎn)對象、結(jié)合相似性網(wǎng)絡(luò)的改進(jìn)和網(wǎng)絡(luò)關(guān)系預(yù)測實(shí)驗(yàn)分析。這里使用AUC(Area Under Curve)值作為關(guān)系預(yù)測模型的評價標(biāo)準(zhǔn)。兩種改進(jìn)表示學(xué)習(xí)...

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 課題背景及研究的目的和意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀及分析
        1.2.1 網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)方法研究現(xiàn)狀
        1.2.2 長非編碼RNA-疾病網(wǎng)絡(luò)關(guān)系預(yù)測研究現(xiàn)狀
    1.3 主要研究內(nèi)容和組織結(jié)構(gòu)
        1.3.1 主要研究內(nèi)容
        1.3.2 論文組織結(jié)構(gòu)
第2章 人類長非編碼RNA-疾病關(guān)系網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和關(guān)系預(yù)測
    2.1 引言
    2.2 人類長非編碼RNA-疾病關(guān)系網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.2.1 長非編碼RNA-疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)描述
        2.2.2 人類長非編碼RNA-疾病二分網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.2.3 疾病相似性網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.2.4 人類長非編碼RNA相似性網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.2.5 關(guān)聯(lián)關(guān)系異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.2.6 關(guān)聯(lián)關(guān)系異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)性質(zhì)分析
    2.3 網(wǎng)絡(luò)關(guān)系預(yù)測方法介紹
        2.3.1 重啟隨機(jī)游走RWR方法的關(guān)系預(yù)測
        2.3.2 基于Deepwalk網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)的關(guān)系預(yù)測
        2.3.3 基于Node2vec網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)的關(guān)系預(yù)測
        2.3.4 人類長非編碼RNA-疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測
    2.4 本章小結(jié)
第3章 基于社區(qū)約束的同質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)方法
    3.1 引言
    3.2 基于模塊度的社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法
    3.3 基于社區(qū)約束的同質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)
    3.4 實(shí)驗(yàn)分析
        3.4.1 相似性網(wǎng)絡(luò)的處理和社區(qū)發(fā)現(xiàn)
        3.4.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果評估方法
        3.4.3 組合閾值網(wǎng)絡(luò)的關(guān)聯(lián)預(yù)測分析
        3.4.4 社區(qū)約束的關(guān)聯(lián)預(yù)測實(shí)驗(yàn)分析
    3.5 本章小結(jié)
第4章 結(jié)合相似性網(wǎng)絡(luò)的異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)方法
    4.1 引言
    4.2 節(jié)點(diǎn)表示向量距離計算方法
    4.3 基于異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)屬性的表示學(xué)習(xí)
    4.4 結(jié)合相似性網(wǎng)絡(luò)的異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)表示學(xué)習(xí)
    4.5 實(shí)驗(yàn)分析
        4.5.1 異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)預(yù)測實(shí)驗(yàn)分析
        4.5.2 結(jié)合相似性網(wǎng)絡(luò)的關(guān)聯(lián)預(yù)測實(shí)驗(yàn)分析
        4.5.3 節(jié)點(diǎn)相似度計算實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
    4.6 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文及其它成果
致謝



本文編號：4021473