[背景]肺成纖維細胞向肌成纖維細胞轉(zhuǎn)分化是矽肺由炎癥期進入纖維化期的標志性細胞事件,轉(zhuǎn)化生長因子-β1(TGF-β1)是此環(huán)節(jié)中最重要的細胞因子。近年來,隨著高通量測序和芯片技術(shù)的發(fā)展,越來越多TGF-β1刺激成纖維細胞轉(zhuǎn)分化的數(shù)據(jù)被人們所關(guān)注。[目的]利用生物信息學(xué)相關(guān)方法探索TGF-β1刺激的人肺成纖維細胞轉(zhuǎn)分化過程中差異共表達基因,篩選與肺成纖維細胞轉(zhuǎn)分化密切相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子。[方法]從基因表達綜合數(shù)據(jù)庫GEO檢索并下載TGF-β1與肺成纖維細胞相關(guān)的高通量數(shù)據(jù)集GSE17518、GSE97829和GSE119007,對數(shù)據(jù)集進行差異分析,篩選三組數(shù)據(jù)集共同上調(diào)和共同下調(diào)的差異表達基因;對篩選出的差異基因進行基因本體論(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)信號通路富集分析;通過HumanTFDB數(shù)據(jù)庫,下載所有人轉(zhuǎn)錄因子基因名稱和序列,并與上述獲得的共表達差異基因進行比對,得到共表達差異轉(zhuǎn)錄因子;隨后用TGF-β1刺激人胚肺成纖維細胞MRC-5構(gòu)建轉(zhuǎn)分化模型,對篩選出的差異轉(zhuǎn)錄因子進行初步驗證。[結(jié)果]基于這三個數(shù)據(jù)集,共得到145個上調(diào)差異表達基因,88個下調(diào)差異表達基因...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 相關(guān)基因數(shù)據(jù)集的選擇
    1.2 篩選差異表達基因
    1.3 差異表達基因功能注釋
    1.4 差異基因中轉(zhuǎn)錄因子的篩選
    1.5 細胞轉(zhuǎn)分化模型構(gòu)建
    1.6 qRT-PCR法檢測基因的表達
    1.7 統(tǒng)計學(xué)分析
2 結(jié)果
    2.1 差異基因的篩選
    2.2 功能注釋
    2.3 轉(zhuǎn)分化相關(guān)共表達轉(zhuǎn)錄因子篩選
    2.4 轉(zhuǎn)錄因子mRNA驗證
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