發(fā)布時間：2024-07-06 09:11

　　[背景]肺成纖維細胞向肌成纖維細胞轉分化是矽肺由炎癥期進入纖維化期的標志性細胞事件,轉化生長因子-β1(TGF-β1)是此環(huán)節(jié)中最重要的細胞因子。近年來,隨著高通量測序和芯片技術的發(fā)展,越來越多TGF-β1刺激成纖維細胞轉分化的數(shù)據(jù)被人們所關注。[目的]利用生物信息學相關方法探索TGF-β1刺激的人肺成纖維細胞轉分化過程中差異共表達基因,篩選與肺成纖維細胞轉分化密切相關的轉錄因子。[方法]從基因表達綜合數(shù)據(jù)庫GEO檢索并下載TGF-β1與肺成纖維細胞相關的高通量數(shù)據(jù)集GSE17518、GSE97829和GSE119007,對數(shù)據(jù)集進行差異分析,篩選三組數(shù)據(jù)集共同上調和共同下調的差異表達基因;對篩選出的差異基因進行基因本體論(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)信號通路富集分析;通過HumanTFDB數(shù)據(jù)庫,下載所有人轉錄因子基因名稱和序列,并與上述獲得的共表達差異基因進行比對,得到共表達差異轉錄因子;隨后用TGF-β1刺激人胚肺成纖維細胞MRC-5構建轉分化模型,對篩選出的差異轉錄因子進行初步驗證。[結果]基于這三個數(shù)據(jù)集,共得到145個上調差異表達基因,88個下調差異表達基因...

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 相關基因數(shù)據(jù)集的選擇
    1.2 篩選差異表達基因
    1.3 差異表達基因功能注釋
    1.4 差異基因中轉錄因子的篩選
    1.5 細胞轉分化模型構建
    1.6 qRT-PCR法檢測基因的表達
    1.7 統(tǒng)計學分析
2 結果
    2.1 差異基因的篩選
    2.2 功能注釋
    2.3 轉分化相關共表達轉錄因子篩選
    2.4 轉錄因子mRNA驗證
3 討論



本文編號：4002373