發(fā)布時間：2020-11-16 15:23

　　 隨著測序技術不斷發(fā)展和改進,測得的基因組序列片段數(shù)據(jù)的特征也在不斷變化。為適應當前第三代測序技術,基因組序列比對算法需要進行深入的研究和改進,以便更適合于處理第三代測序技術測得的長序列片段數(shù)據(jù)。本文重點研究分析了基于哈希和窗口哈希索引定位方法的序列比對算法,包括傳統(tǒng)的基于哈希索引的序列比對方法SSAHA(Sequence search and alignment by hashing algorithm)和改進的基于窗口哈希索引的序列比對算法rHAT(Regional hashing-based alignment tool)。在此基礎上,本文進行了進一步的改進,提出了基于窗口哈希雙索引表和動態(tài)定位的長序列比對算法(WHDL)。WHDL算法在參考基因組索引表構建階段同時建立窗口全局索引表和局部索引表。全局索引表與rHAT建立的窗口索引表相同,局部索引表則是應用于比對處理階段,以減少重復處理。WHDL算法在命中定位階段采用動態(tài)定位的新理念,在最后比對處理階段也提出了對應的兩種不同的處理方法(WHDL-1和WHDL-2),并應用了改進的SSAHA方法(SSAHA+),降低算法的復雜度。本文對算法進行了大量測試,測試結果顯示,相比rHAT算法,WHDL-1算法能進一步減少運行時間,加快比對速度,提高處理效率。本文還簡要討論了算法進行并行化處理的可行性和粒度。本文最后還探討了采用序列相似度比較的方法進行DNA序列比對定位,也探討了從信號與噪聲的角度來理解基因組規(guī)律和基因變異,并對此進行了簡要的分析。
【學位單位】：湖南師范大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2019
【中圖分類】：Q811.4;TP301.6
【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 課題背景
    1.2 國內外研究現(xiàn)狀和分析
    1.3 本文的研究內容
    1.4 本文的創(chuàng)新點
    1.5 本文的組織結構
第二章 基于哈希索引定位的序列比對算法
    2.1 SSAHA算法原理與分析
        2.1.1 SSAHA算法流程概覽
        2.1.2 第一階段索引構建
        2.1.3 第二階段命中
        2.1.4 第三階段分析處理
        2.1.5 SSAHA算法分析
    2.2 rHAT算法原理與分析
        2.2.1 rHAT算法流程概覽
        2.2.2 第一階段索引構建
        2.2.3 第二階段命中定位
        2.2.4 第三階段比對處理
        2.2.5 rHAT算法分析
    2.3 本章小結
第三章 基于窗口雙索引表和動態(tài)定位的長序列比對算法
    3.1 WHDL算法的原理詳解
        3.1.1 WHDL算法流程概覽
        3.1.2 第一階段索引構建
        3.1.3 第二階段命中定位
        3.1.4 第三階段比對處理
    3.2 WHDL算法分析與小結
第四章 算法實驗結果和分析
    4.1 模擬數(shù)據(jù)實驗結果比較與分析
    4.2 真實數(shù)據(jù)實驗結果比較與分析
    4.3 結論
第五章 總結與探討
    5.1 總結
    5.2 探討
        5.2.1 采用序列相似度比較進行序列比對定位
        5.2.2 基于信號與噪聲的基因變異處理構想
參考文獻
致謝

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本文編號：2886388