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基于結(jié)構(gòu)磁共振和深度學(xué)習(xí)模型的AD病程分類研究

發(fā)布時間:2020-11-21 04:37
   阿爾茲海默癥(Alzheimer’s Disease,AD)是一種最為常見的神經(jīng)退行性疾病,隨著老齡化的加深,患病人數(shù)逐年上升。AD一經(jīng)發(fā)現(xiàn)難以逆轉(zhuǎn),因此對AD的早期診斷尤為重要。輕度認知障礙(Mild Cognitive Impairment,MCI)是介于正常老化與癡呆間的一種中間狀態(tài)。若能對AD、MCI和正常老化(Normal Control,NC)人群進行區(qū)分,并對MCI可能轉(zhuǎn)化為AD的患者進行早期識別,從而進行一些早期的正向干預(yù),將有效延緩AD的發(fā)生。結(jié)構(gòu)磁共振圖像(structural Magnetic Resonance Imaging,sMRI)能以無創(chuàng)的形式捕捉大腦細微結(jié)構(gòu)異常變化,但用于AD的早期檢測存在著影像數(shù)據(jù)維度高、受試者異質(zhì)性高等現(xiàn)象。深度學(xué)習(xí)算法能從大量高維數(shù)據(jù)中自動學(xué)習(xí)特征,減小人工選擇的主觀性,在醫(yī)學(xué)圖像疾病分類和預(yù)測中得到了越來越多的關(guān)注。本文采用深度學(xué)習(xí)中卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,旨在基于sMRI,實現(xiàn)AD、MCI及NC分類,并對MCI進行轉(zhuǎn)化預(yù)測。本文主要研究內(nèi)容包括:1.數(shù)據(jù)選擇和深度學(xué)習(xí)平臺搭建。大數(shù)據(jù)是深度學(xué)習(xí)的基礎(chǔ),自“阿爾茲海默癥神經(jīng)影像學(xué)計劃”即ADNI(Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative)數(shù)據(jù)庫建立以來,為深度學(xué)習(xí)在AD相關(guān)疾病的發(fā)展應(yīng)用提供了數(shù)據(jù)素材,但也存在著數(shù)據(jù)庫過于龐大與復(fù)雜等問題,所以本文首先對ADNI進行了系統(tǒng)的介紹以及各個階段的sMRI數(shù)據(jù)篩選步驟說明。深度學(xué)習(xí)框架及平臺搭建是運用深度學(xué)習(xí)算法解決實際問題中不可缺少的一個環(huán)節(jié),本文中考慮到實驗數(shù)據(jù)、要求等原因,選擇了在Linux系統(tǒng)下搭建CAFFE框架,并配置了完整的CUDA環(huán)境。2.基于sMRI和深度卷積模型建立AD、LMCI、NC的分類模型研究。雖然深度卷積網(wǎng)絡(luò)的模型在自然圖像的分類中已經(jīng)取得了很高的準確率,遷移學(xué)習(xí)的方法能將已經(jīng)訓(xùn)練好的模型高效的用在新的數(shù)據(jù)集,從而克服深度學(xué)習(xí)用于醫(yī)學(xué)圖像的個體差異性與數(shù)量小等問題。本章運用遷移學(xué)習(xí)的方法,結(jié)合圖像識別領(lǐng)域著名的深度卷積網(wǎng)絡(luò)AlexNet模型對三種不同的大腦老化階段進行分類研究,建立一套完整的AD各病程分類模型。結(jié)果顯示,此分類模型可以對AD、LMCI、NC達到較好的分類效果。3.MCI轉(zhuǎn)化預(yù)測的研究。本章將MCI患者分為轉(zhuǎn)化型MCI(MCI converters,MCIc)和非轉(zhuǎn)化型MCI(MCI non-converters,MCInc),從而實現(xiàn)MCI的轉(zhuǎn)化風(fēng)險預(yù)測研究,從中篩選出AD患病的高危人群,能夠?qū)D起到積極地防御作用。本章將以上一章的模型為基礎(chǔ),對MCInc與MCIc進行轉(zhuǎn)化預(yù)測,并將早期MCI(Early MCI)和晚期MCI(Late MCI)分類。結(jié)果顯示,再次構(gòu)建的MCI轉(zhuǎn)化預(yù)測模型能夠達到比較理想的效果。本研究基于sMRI數(shù)據(jù),運用深度卷積網(wǎng)絡(luò)模型,將AD、MCI、NC各階段的圖像特征進行提取,再結(jié)合多種算法將這些特征降維、選擇、分類,從而建立一套完整的模型,以達到實現(xiàn)AD各病程分類,以及篩選出MCI階段具有向AD轉(zhuǎn)化的高危人群的目的。
【學(xué)位單位】:北京工業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:R445.2;R749.16
【部分圖文】:

示例,卷積,網(wǎng)絡(luò)模型,架構(gòu)


絡(luò)(Convolutional Neural Network,CNN)[10-12],結(jié)構(gòu)示例如圖1-1所示;以及自下而上的非監(jiān)督學(xué)習(xí),如堆棧自動編碼器(StackedAuto Encoder,SAE)[13-17]等,結(jié)構(gòu)示例如圖1-2所示。這兩類學(xué)習(xí)模式都可用于MCI的轉(zhuǎn)換預(yù)測與AD、MCI、NC的分類中。圖 1-1 深度卷積網(wǎng)絡(luò)模型架構(gòu)示例Figure 1-1 Example for CNN model framework圖1-2 深度堆棧自編碼器模型架構(gòu)示例Figure 1-2 Example for SAE model framework

自編碼,示例,堆棧,學(xué)習(xí)模式


[13-17]等,結(jié)構(gòu)示例如圖1-2所示。這兩類學(xué)習(xí)模式都可用于MCI的轉(zhuǎn)換預(yù)測與AD、MCI、NC的分類中。圖 1-1 深度卷積網(wǎng)絡(luò)模型架構(gòu)示例Figure 1-1 Example for CNN model framework圖1-2 深度堆棧自編碼器模型架構(gòu)示例Figure 1-2 Example for SAE model framework

傳統(tǒng)學(xué)習(xí),機器學(xué)習(xí),示例


參數(shù)調(diào)優(yōu)也是一項巨大的工程,這些問題都為直接使用醫(yī)練新的 CNN 模型帶來了困難。在眾多如何將已有的深度學(xué)習(xí)知識運用域的解決方案中,遷移學(xué)習(xí)是將已有知識運用至未知但相似領(lǐng)域的機器,目前被廣泛的認可。所謂的遷移學(xué)習(xí)來源于機器學(xué)習(xí),主要是為了解決傳統(tǒng)的機器學(xué)習(xí)和數(shù)無法通過半監(jiān)督算法用少量已標注的數(shù)據(jù)建立一個好的分類器來應(yīng)對注的數(shù)據(jù)的問題[33-34]。大量算法幾乎建立在訓(xùn)練和測試數(shù)據(jù)均滿足相同間和分布?稍诂F(xiàn)實運用中,重新收集數(shù)據(jù)與訓(xùn)練模型非常不實際。所決分類、回歸等任務(wù)中的知識遷移就成為了當務(wù)之急。早在 1995 nowledge transfer’、‘meta learning’等方法已經(jīng)出現(xiàn),試圖解決任務(wù)、訓(xùn)試集[35]分布不同。在 2005 年,研究開始致力于解決從一個或多個原任息,并將其用于目標任務(wù)[36]。這種方式更加注重目標任務(wù),打破了原有中原任務(wù)與目標任務(wù)對等的情況,對比示例如圖 1-3 所示。Torrey 等[37遷移學(xué)習(xí)的過程中往往會比原模型帶來更高的初始準確率、更大的速率好的收斂性。
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