發(fā)布時間：2024-03-19 22:48

　　目的構(gòu)建大鼠頸動脈球囊損傷模型的競爭性內(nèi)源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),篩選血管新生內(nèi)膜形成中的關(guān)鍵調(diào)控基因。方法首先建立大鼠頸動脈球囊損傷模型。將12只SD大鼠隨機分為2組(每組6只):手術(shù)組,利用2F取栓球囊于左頸總動脈行球囊損傷術(shù);假手術(shù)組:夾閉左頸總動脈,使血流阻斷時間接近球囊損傷術(shù)操作時間。術(shù)后14 d取頸總動脈血管組織,提取總RNA,進行長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和信使mRNA(messenger RNA, mRNA)測序。應(yīng)用生物信息學(xué)方法進行差異表達lncRNA和mRNA共表達分析、基因功能(Gene Ontology, GO)和信號通路(Pathway)分析;通過數(shù)據(jù)庫預(yù)測微小RNA(microRNA, miRNA)與lncRNA及mRNA的結(jié)合關(guān)系,并從中篩選已報道在大鼠血管內(nèi)膜增生過程中有生物學(xué)功能的miRNA相關(guān)的結(jié)合關(guān)系,得到最終的ceRNA網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果與假手術(shù)組相比,手術(shù)組鑒定出1731個差異表達的mRNAs和99個差異表達的lncRNAs;GO和Pathway...

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圖1ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析流程示意圖

ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建如圖1所示。通過差異基因的GO和pathway分析結(jié)果中篩選P<0.01和Padjust<0.01的通路所包含的mRNA，隨后，用R3.5.3計算mRNA與差異表達lncRNA之間的共表達關(guān)系，篩選條件為P<0.0005，皮爾森相關(guān)系數(shù)r>0.95，將篩選出的m....

圖2大鼠球囊損傷頸動脈HE染色和I/M值

GO分析分別從BP、MF和CC三個層次注釋差異表達mRNA的功能，差異基因顯著性功能按照-LgP值排序，分3類展示排序的前10項（圖4A）。結(jié)果顯示，在BP中，差異顯著的生物過程集中在免疫反應(yīng)和細胞遷移等過程中。在MF中，差異顯著的細胞功能集中在細胞因子激活及整合素結(jié)合等過程中....

圖3大鼠頸動脈球囊損傷模型差異表達mRNA、lncRNA聚類圖及火山圖

圖2大鼠球囊損傷頸動脈HE染色和I/M值根據(jù)KEGG分析中差異信號通路的P值和所包含的差異基因數(shù)量構(gòu)建顯著性差異基因通路的氣泡圖，按照-LgP值排序，展示顯著差異通路排序的前30項（圖4B）。結(jié)果顯示，差異基因主要富集在細胞因子受體、細胞粘附和趨化因子募集等通路中。內(nèi)皮細胞與....

圖4差異表達的mRNA的GO分析和Pathway分析

根據(jù)KEGG分析中差異信號通路的P值和所包含的差異基因數(shù)量構(gòu)建顯著性差異基因通路的氣泡圖，按照-LgP值排序，展示顯著差異通路排序的前30項（圖4B）。結(jié)果顯示，差異基因主要富集在細胞因子受體、細胞粘附和趨化因子募集等通路中。內(nèi)皮細胞與單核細胞的粘附導(dǎo)致內(nèi)皮功能受損，與AS的發(fā)....

本文編號：3932643