日本三角渦蟲鉛脅迫下的數(shù)字表達(dá)譜分析
發(fā)布時(shí)間:2024-12-27 06:05
目前,全球的水污染極其嚴(yán)重,在引起水污染的諸多因素中,重金屬的排放與遷移導(dǎo)致的水體污染日益顯著,其危害程度也逐日漸增。鉛作為重金屬污染中毒性較大的一種,其危害十分常見。 生活中鉛污染的來源極為廣泛。作為具有神經(jīng)毒性的重金屬,其毒性十分嚴(yán)重。對(duì)于生物而言,鉛毒可以作用與全身各個(gè)系統(tǒng)和器官,鉛不僅對(duì)生物細(xì)胞的超微結(jié)構(gòu)影響嚴(yán)重,對(duì)神經(jīng)系統(tǒng)損傷也十分明顯,因此,目前關(guān)于鉛毒理學(xué)的研究已成為水體重金屬污染的一個(gè)熱點(diǎn)課題。關(guān)于鉛的研究目前主要關(guān)注于引發(fā)機(jī)體產(chǎn)生“亞臨床毒性”,基因水平的損傷研究進(jìn)行較少。探究鉛毒害脅迫下整體基因的改變和基因表達(dá)量的變化、相關(guān)代謝變化對(duì)于從分子水平研究鉛脅迫下的毒理機(jī)制及鉛損傷后的修復(fù)機(jī)制十分重要。 日本三角渦蟲(Dugesia japonica)屬扁形動(dòng)物門,渦蟲綱,生活在淡水環(huán)境中。作為淡水污染指示動(dòng)物,日本三角渦蟲在環(huán)境水源重金屬污染研究評(píng)估方面起到重要作用。 本實(shí)驗(yàn)采用日本三角渦蟲作為實(shí)驗(yàn)動(dòng)物。經(jīng)醋酸鉛溶液(80mg·L-1)處理48h,miRNeasy Mini Kit(217084)試劑盒提取總RNA, Agilent2100測(cè)定總RNA的濃度、...
【文章頁(yè)數(shù)】:79 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第1章 前言
1.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
1.1.1 轉(zhuǎn)錄組的定義
1.1.2 微陣列技術(shù)
1.1.3 表達(dá)序列標(biāo)簽測(cè)序
1.1.4 基因表達(dá)系列分析
1.1.5 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
1.2 數(shù)字基因表達(dá)譜的研究現(xiàn)狀
1.2.1 數(shù)字基因表達(dá)譜
1.2.2 數(shù)字基因表達(dá)譜的應(yīng)用范圍
1.2.3 數(shù)字基因表達(dá)譜在探究基因差異表達(dá)中的應(yīng)用
1.2.4 日本三角渦蟲表達(dá)譜研究現(xiàn)狀
1.3 日本三角渦蟲鉛損傷研究現(xiàn)狀
1.3.1 重金屬損傷效應(yīng)的研究現(xiàn)狀
1.3.2 鉛損傷對(duì)生物體的研究現(xiàn)狀
1.3.3 鉛損傷對(duì)日本三角渦蟲的研究
1.4 選題意義
1.4.1 日本三角渦蟲的研究現(xiàn)狀
1.4.2 日本三角渦蟲鉛損傷的研究意義
第2章 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 實(shí)驗(yàn)標(biāo)本的采集與飼養(yǎng)
2.1.2 實(shí)驗(yàn)材料處理方法
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器和試劑
2.1.4 分析軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 日本三角渦蟲總RNA的提取
2.2.2 檢測(cè)RNA的純度和完整性
2.2.3 對(duì)RNA進(jìn)行RNA-Seq測(cè)序
2.2.4 測(cè)序評(píng)估
2.2.5 基因功能注釋
2.2.6 差異表達(dá)譜的生物信息學(xué)分析
第3章 結(jié)果分析
3.1 瓊脂糖凝膠電泳
3.2 日本三角渦蟲總RNA的濃度和純度測(cè)定
3.3 生物信息學(xué)分析
3.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)處理與比對(duì)
3.3.2 測(cè)序評(píng)估
3.3.3 基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
3.3.4 差異表達(dá)基因篩選
3.3.5 基因表達(dá)模式聚類分析
3.3.6 Gene Ontology功能顯著性富集分析
3.3.7 Gene Ontology功能分類
3.3.8 KEGG Pathway顯著性富集分析
第4章 討論
4.1 數(shù)字基因表達(dá)譜測(cè)序技術(shù)在探尋差異基因中的應(yīng)用
4.2 測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)
4.3 差異表達(dá)基因的篩選
4.4 差異表達(dá)基因的GO分析
4.5 差異表達(dá)基因的Pathway分析
4.5.1 蛋白質(zhì)合成過程中的相關(guān)差異表達(dá)基因
4.5.2 氧化磷酸化途徑上的相關(guān)差異表達(dá)基因
4.5.3 人類疾病相關(guān)的差異表達(dá)基因
第5章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間的研究成果
本文編號(hào):4021248
【文章頁(yè)數(shù)】:79 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
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摘要
Abstract
第1章 前言
1.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
1.1.1 轉(zhuǎn)錄組的定義
1.1.2 微陣列技術(shù)
1.1.3 表達(dá)序列標(biāo)簽測(cè)序
1.1.4 基因表達(dá)系列分析
1.1.5 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
1.2 數(shù)字基因表達(dá)譜的研究現(xiàn)狀
1.2.1 數(shù)字基因表達(dá)譜
1.2.2 數(shù)字基因表達(dá)譜的應(yīng)用范圍
1.2.3 數(shù)字基因表達(dá)譜在探究基因差異表達(dá)中的應(yīng)用
1.2.4 日本三角渦蟲表達(dá)譜研究現(xiàn)狀
1.3 日本三角渦蟲鉛損傷研究現(xiàn)狀
1.3.1 重金屬損傷效應(yīng)的研究現(xiàn)狀
1.3.2 鉛損傷對(duì)生物體的研究現(xiàn)狀
1.3.3 鉛損傷對(duì)日本三角渦蟲的研究
1.4 選題意義
1.4.1 日本三角渦蟲的研究現(xiàn)狀
1.4.2 日本三角渦蟲鉛損傷的研究意義
第2章 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 實(shí)驗(yàn)標(biāo)本的采集與飼養(yǎng)
2.1.2 實(shí)驗(yàn)材料處理方法
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器和試劑
2.1.4 分析軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 日本三角渦蟲總RNA的提取
2.2.2 檢測(cè)RNA的純度和完整性
2.2.3 對(duì)RNA進(jìn)行RNA-Seq測(cè)序
2.2.4 測(cè)序評(píng)估
2.2.5 基因功能注釋
2.2.6 差異表達(dá)譜的生物信息學(xué)分析
第3章 結(jié)果分析
3.1 瓊脂糖凝膠電泳
3.2 日本三角渦蟲總RNA的濃度和純度測(cè)定
3.3 生物信息學(xué)分析
3.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)處理與比對(duì)
3.3.2 測(cè)序評(píng)估
3.3.3 基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
3.3.4 差異表達(dá)基因篩選
3.3.5 基因表達(dá)模式聚類分析
3.3.6 Gene Ontology功能顯著性富集分析
3.3.7 Gene Ontology功能分類
3.3.8 KEGG Pathway顯著性富集分析
第4章 討論
4.1 數(shù)字基因表達(dá)譜測(cè)序技術(shù)在探尋差異基因中的應(yīng)用
4.2 測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)
4.3 差異表達(dá)基因的篩選
4.4 差異表達(dá)基因的GO分析
4.5 差異表達(dá)基因的Pathway分析
4.5.1 蛋白質(zhì)合成過程中的相關(guān)差異表達(dá)基因
4.5.2 氧化磷酸化途徑上的相關(guān)差異表達(dá)基因
4.5.3 人類疾病相關(guān)的差異表達(dá)基因
第5章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間的研究成果
本文編號(hào):4021248
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