發(fā)布時(shí)間：2024-06-29 06:38

　　近年來,生物科學(xué)不斷進(jìn)步,生物實(shí)驗(yàn)技術(shù)不斷創(chuàng)新與發(fā)展,越來越多的證據(jù)表明,長(zhǎng)非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在生物學(xué)上扮演著至關(guān)重要的角色,并且與人類疾病的發(fā)生息息相關(guān)。大約12%的lncRNA可以在除人類以外的其他生物中被發(fā)現(xiàn),H19和Xist是最先被發(fā)現(xiàn)的兩個(gè)lncRNA,這兩個(gè)lncRNA是在20世紀(jì)90年代早期通過傳統(tǒng)的基因定位方法發(fā)現(xiàn)的,接著越來越多的lncRNA在人類以及許多動(dòng)物的身上被發(fā)現(xiàn)并對(duì)其進(jìn)行各種記錄和研究。這些數(shù)量龐大的lncRNA可以排列成一個(gè)復(fù)雜的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),它們的突變和調(diào)節(jié)失調(diào)與不同的人類疾病和不正常的發(fā)育有關(guān):如乳腺癌、結(jié)腸直腸癌、肺癌和心血管疾病等。人們常常利用lncRNA作為生物醫(yī)學(xué)上的一個(gè)標(biāo)志,為醫(yī)生診斷治療提供一個(gè)生物學(xué)上的參考。因此,預(yù)測(cè)lncRNA-disease的潛在關(guān)聯(lián)已成為人類復(fù)雜疾病領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)�，F(xiàn)有的研究預(yù)測(cè)模型大概分為三類:基于網(wǎng)絡(luò)的方法,基于矩陣分解的方法以及基于機(jī)器學(xué)習(xí)的方法。基于網(wǎng)絡(luò)的方法存在以下不足:(1)有些方法還不能預(yù)測(cè)與新疾病相關(guān)的lncRNA;(2)只考慮了lncRNA以及...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

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圖1lncRNA五種類型人類疾病的發(fā)生除了與不可控的外界因素有關(guān)，更多的是與lncRNA相關(guān)

東北師范大學(xué)碩士學(xué)位論文2圖1lncRNA五種類型人類疾病的發(fā)生除了與不可控的外界因素有關(guān)，更多的是與lncRNA相關(guān)。癌癥等許多嚴(yán)重危害人類身體健康的重大疾病[14-16]都離不開lncRNA的突變，比如乳腺癌，肺癌，結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌和肺腺癌等癌癥。利用信息生物學(xué)的計(jì)算方法，發(fā)....

圖2LncRNADisease數(shù)據(jù)庫(kù)(2)DiseaseOntology[29]:DiseaseOntology是一個(gè)社區(qū)驅(qū)動(dòng)的開源本體，旨在通過疾病概念鏈接不同的數(shù)據(jù)集

東北師范大學(xué)碩士學(xué)位論文9圖2LncRNADisease數(shù)據(jù)庫(kù)(2)DiseaseOntology[29]:DiseaseOntology是一個(gè)社區(qū)驅(qū)動(dòng)的開源本體，旨在通過疾病概念鏈接不同的數(shù)據(jù)集。提供一個(gè)可計(jì)算的人類疾病遺傳、環(huán)境和傳染源結(jié)構(gòu)，以便于通過人類疾病的視角將遺傳數(shù)據(jù)....

圖3DiseaseOntology數(shù)據(jù)庫(kù)（3）LncReg[30]：LncReg數(shù)據(jù)庫(kù)中包含從259篇文章中手動(dòng)編輯的1081個(gè)條目

東北師范大學(xué)碩士學(xué)位論文9圖2LncRNADisease數(shù)據(jù)庫(kù)(2)DiseaseOntology[29]:DiseaseOntology是一個(gè)社區(qū)驅(qū)動(dòng)的開源本體，旨在通過疾病概念鏈接不同的數(shù)據(jù)集。提供一個(gè)可計(jì)算的人類疾病遺傳、環(huán)境和傳染源結(jié)構(gòu)，以便于通過人類疾病的視角將遺傳數(shù)據(jù)....

圖4LncReg數(shù)據(jù)庫(kù)（4）DisGeNet[31]:DisGeNET包含與人類疾病相關(guān)的最大的公開基因和變體集合

東北師范大學(xué)碩士學(xué)位論文10這些條目包含258個(gè)非重復(fù)性lncRNA和571個(gè)非重復(fù)性基因。尤其是在LncReg中有659個(gè)正調(diào)控關(guān)系和374個(gè)負(fù)調(diào)控關(guān)系。LncReg數(shù)據(jù)庫(kù)提供lncRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和具體的調(diào)控信息，對(duì)于lncRNA-gene的調(diào)控關(guān)系，它更加的全面和詳細(xì)。對(duì)應(yīng)....

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