發(fā)布時間：2024-07-06 00:05

　　簡單重復序列(SSR)標記以其高效、可重復和近緣物種高效利用率的優(yōu)點成為遺傳多樣性及分子育種研究利用的主要技術手段。苦蕎(Fagopyrum tataricum)作為重要的雜糧作物,其分子標記研究也受到了關注。本試驗以苦蕎‘黑豐1號’籽粒為材料,利用三代測序技術進行轉(zhuǎn)錄組測序,基于Perl程序批處理方法篩選SSR位點并開發(fā)SSR標記,結果表明:轉(zhuǎn)錄組測序共獲得15 592條高質(zhì)量去冗余序列,共鑒定出1 107個SSR位點;按其在染色體中均勻分布原則設計132對genic-SSR引物,其中11對引物具有多態(tài)性,多態(tài)信息含量(PIC)在0.14～0.60之間;群體結構和聚類分析表明, 123份苦蕎種質(zhì)被劃分為2個亞群。上述結果擬為有效利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、充分挖掘有效SSR標記,以及苦蕎分子標記輔助育種提供理論和實踐參考。

【文章頁數(shù)】：13 頁

【部分圖文】：

圖2KEGG注釋結果

使用Structure2.3.4軟件中混合模型聚類算法分析供試苦蕎種質(zhì)的群體結構,如圖5-A所示,平均lnP(D)值在K值從1～10的過程中一直增大,因此可根據(jù)貝葉斯算法進一步確定亞群數(shù)目。如圖5-B所示,ΔK值在K=2時有個明顯的峰值,因此推斷供試苦蕎種質(zhì)可以劃分為2個亞群....

圖3SSR基序的識別與特征

圖2KEGG注釋結果利用PowerMarker3.25軟件對123份苦蕎種質(zhì)進行遺傳距離分析(圖6),依據(jù)遺傳距離將群體劃分為I和II兩個亞群,與Structure2.3.4軟件的劃分結果一致。其中I亞群包含67份苦蕎種質(zhì),分別來自中國湖北(7份)、湖南(2)、安徽(3)、....

圖1GO注釋結果

利用Primer6.0對1107個SSR位點進行引物設計,共有954個SSR位點成功設計了引物,經(jīng)篩選合成132對引物;以3份苦蕎種質(zhì)(‘ZNQ195’、‘PI427240’和‘黑豐1號’)的基因組DNA為模板對其進行PCR擴增、篩選,結果顯示,有109對引物能擴增出清晰的目....

圖4HFP128的PCR擴增序列變異長度及其SSR重復基序的遺傳分析

本研究通過苦蕎籽粒三代全長轉(zhuǎn)錄組測序共獲得80272條全長無污染序列,平均長度為1419bp,進一步篩選獲得15592條高質(zhì)量去冗余序列,N50為1569bp;利用MISA1.0從15592條序列中獲得1107個二至六核苷酸重復的SSR位點,分布頻率為7.1%。相....

本文編號：4001756