高通量測序技術(shù)的進步加速了人們對非模式生物的轉(zhuǎn)錄組研究。絞股藍是葫蘆科絞股藍屬一種重要的中藥材,含有與人參皂苷結(jié)構(gòu)相似的絞股藍皂苷以及黃酮、多糖等多種有效成分。但絞股藍屬內(nèi)物種之間由于形態(tài)特征交叉過渡現(xiàn)象嚴重,導致種間分類和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系一直模糊。且以前的研究所涉及的種間關(guān)系只包含少數(shù)物種,沒有從根本上解決該屬的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。本研究采用Illumina HiSeq TM2000測序技術(shù)對絞股藍屬的絞股藍和心籽絞股藍兩個物種進行了轉(zhuǎn)錄組測序。經(jīng)組裝后分別獲得了 40257個和44000個unigene,將二者合并后共獲得了 71607個非冗余unigene,比較后獲得了 4517個差異表達基因,將這些非冗余unigene和差異基因分別在Nr、Swissprot、GO、COG和KEGG數(shù)據(jù)庫中進行了注釋,通過對注釋的結(jié)果初步總結(jié)和分析,獲得了絞股藍屬中三萜皂苷合成相關(guān)的酶基因。分子標記的開發(fā)是分析群體遺傳結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ),本研究用MISA軟件在71607個unigene中搜索到了 3891個EST-SSR位點,其中2586個位點能夠成功設(shè)計引物。我們隨機選擇了 360個位點在6個絞股藍個體中進行驗...

【文章頁數(shù)】：126 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２－３．比對到蛋白數(shù)據(jù)庫的Ｕｎｉｇｅｎｅｓ的長度分布（Ｕｎｉｇｅｎｅｓ越長比對到蛋白數(shù)據(jù)庫??的比例越大）??

ｃａｃａｏ??ｍｅｄｉｃａｇｏ?ｔｒｕｎｃａｔｕｌａ??圖２－２：絞股藍屬兩個物種ＢＬＡＳＴＸ到數(shù)據(jù)庫中的物種分布??Ｆｉｇｕｒｅ２－２?：?Ｔｏｐ－ｈｉｔ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＢＬＡＳＴＸ?ｍａｔｃｈｅｓ?ｏｆ?ｔｒｖｏ?Ｇｙｎｏｓｔｅｍｍａ?ｓｐｅ....

圖２－４．?Ｕｎｉｇｅｎｅ的ＧＯ分類（主要分為３大類：生物過程，細胞組成和分子功能，共??３５％８的ｕｎｉｇｅｎｅ比對到ＧＯ數(shù)據(jù)庫中）??Ｆｉｇｕｒｅ?２－４．?Ｇｅｎｅ?Ｏｎｔｏｌｏｇｙ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ａｓｓｅｍｂｌｅｄ?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ．?Ｔｈｅ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ａｒｅ??

Ｒ：Ｇｅｎｅｒａｌ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ?ｏｎｌｙ??Ｓ：Ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｕｎｋｎｏｗｎ??圖２＿５注釋到ＣＯＧ數(shù)據(jù)庫中的Ｕｎｉｇｅｎｅ的分類，共有２Ｏ５８５個Ｕｎｉｇｅｎｅ注釋到了??ＣＯＧ數(shù)據(jù)庫的２５個類別中??Ｆｉｇｕｒｅ?２－５．?Ｈｉｓｔｏｇｒａｍ?....

圖２－６差異表達基因ＭＡ圖??

?２．４．３差異表達基因篩選結(jié)果??對絞股藍和心籽絞股藍進行Ｕｎｉｇｅｎｅ表達差異分析，圖２－６顯示了這兩個物種中整??體的差異情況。從數(shù)量上來說，絞股藍與心籽絞股藍相比，共發(fā)現(xiàn)差異表達的??Ｕｎｉｇｅｎｅ?４５１７個（表２－５），其中上調(diào)的有１９８９個，下調(diào)的有２５２８個（圖２....

圖２－７：絞股萊和心籽絞股藍差異表達基因的ＧＯ分類圖

?２．４．３差異表達基因篩選結(jié)果??對絞股藍和心籽絞股藍進行Ｕｎｉｇｅｎｅ表達差異分析，圖２－６顯示了這兩個物種中整??體的差異情況。從數(shù)量上來說，絞股藍與心籽絞股藍相比，共發(fā)現(xiàn)差異表達的??Ｕｎｉｇｅｎｅ?４５１７個（表２－５），其中上調(diào)的有１９８９個，下調(diào)的有２５２８個（圖２....

本文編號：3991632