發(fā)布時間：2020-12-04 10:27

　　高密度遺傳圖譜是研究模式和非模式生物基因組結(jié)構與復雜性狀遺傳基礎最重要的手段之一。對基因組龐大而復雜的針葉樹,遺傳圖譜對建立基因組框架圖,基因位點定位,比較基因組結(jié)構和功能研究具有更重要的意義。由于針葉樹基因組龐大,真正意義上的覆蓋全基因組的高密度遺傳圖譜至今仍待完善。隨著新一代測序技術的發(fā)展,廉價、高效、高密度分子標記技術逐步建立起來,使高質(zhì)量遺傳圖譜構建成為可能。RNA-seq是目前研究基因表達的有效技術,同時它也是檢測表達序列遺傳變異的重要途徑,利用它可以獲取針葉樹基因組中大量表達序列的變異模式。本研究以我國北方重要生態(tài)造林樹種-油松（Pinus tabuliformis）為研究對象,選取三個不同地理種源（青�；ブ�,內(nèi)蒙赤峰,山西靈空山）的油松個體,以大配子體為作圖群體,采用RNA-seq研究油松基因組水平遺傳變異模式,構建油松高密度遺傳連鎖圖譜,對比分析油松不同地理種源基因組結(jié)構變異特征。結(jié)果如下:1、獲得了大量來自油松編碼基因的遺傳變異。本研究最初獲得12090260個原始變異位點,覆蓋火炬松參考基因組中174727個scaffolds上的28500個基因。質(zhì)量控制完成之后,... 

【文章來源】：北京林業(yè)大學北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１?ＲＡＤ文庫構建流程

不同品種的西胡蘆（Ｃｗｃ＿ｗ／＊／）／／＜３ｐｅ；ｗ）幵展從頭組裝轉(zhuǎn)錄組分析，開發(fā)出９０４３個ｃＳＮＰ??位點和１９３５個潛在的ＳＳＲ位點。總之通過ＲＮＡ－ｓｅｑ開發(fā)物種分子標記在目前研宂??廣泛。（ＲＡＮ－ｓｅｑ流程圖見圖２）??，ｒ?ＲＮＡ片段化處理??反轉(zhuǎn)錄合成ｃＤＮＡ??ＤＮＡ測序接頭連接??，ＰＣＲ擴增??丨４??＾??深度測序??丨圖像識別??＇，?丨?〕｜?ＲＮＡ序列信息??圖２?ＲＮＡ－ｓｅｑ建庫測序流程圖??Ｆｉｇ．?２?Ｔｈｅ?ｌｉｂｒａｒｙ?ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＲＮＡ－ｓｅｑ??９??

樹上的種子各１００粒。將種子用雙氧水消毒，在清水中浸泡２４小時，取出后放入鋪??好吸水紙的培養(yǎng)皿中，保持種子濕潤，放入２５度的培養(yǎng)箱中黑暗下培養(yǎng)７天至種皮??開裂，取出種子胚乳，用于ＲＮＡ提取。采樣地點和技術路線詳見圖３。??２．１．２油松種子胚乳ＲＮＡ提取及ＲＮＡ測序??使用天根生化科技（北京）有限公司的植物總ＲＮＡ提取試劑盒（ＲＮＡｐｒｅｐ?ｐｕｒｅ??ＰｌａｎｔＫｉｔ）提取樣本總ＲＮＡ，樣品總量１０－１５呢，樣品濃度彡ｌＯＯｎｇ＾ｇ，再使用生工??生物工程（上海）股份有限公司的Ｐｏｌｙ（Ａ）?ｍＲＮＡ純化試劑盒進行分離純化得到ｍＲＮＡ，??使用天根生化科技（北京）有限公司ＦａｓｔＫｉｎｇ?—步法除基因組ｃＤＮＡ第一鏈合成預??混試劑將ｍＲＮＡ逆轉(zhuǎn)錄生成的ｃＤＮＡ，逆轉(zhuǎn)錄得到的ｃＤＮＡ構建成ｃＤＮＡ文庫，并??將文庫中的ＤＮＡ隨機剪切為長度不等的小片段，在ｃＤＮＡ兩端加上接頭，接著利用??擴增達到一定豐度上機測序，利用新一代高通量測序平臺Ｉｌｈｍｉｉｎａ?Ｈｉｓｅｑ２５００??（Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司，美國）雙端測序，讀長為１５０?ｂｐ直到獲得原始下機序列。??２．１．３序列分離及質(zhì)量控制??Ｈｉｓｅｑ?２５００測序得到的原始下機序列，稱為粗數(shù)據(jù)（ｒａｗ?ｄａｔａ或ｒａｗ?ｒｅａｄｓ），結(jié)果??以＊．ｆｃｓｔｑ文件格式存儲。粗數(shù)據(jù)要進行質(zhì)量控制

【參考文獻】：
期刊論文
[1]全基因組外顯子測序及其應用[J]. 張鑫,李敏,張學軍.  遺傳. 2011(08)
[2]林木比較基因組學研究進展[J]. 王源秀,徐立安,黃敏仁,許遠.  遺傳. 2007(10)
[3]陜西油松遺傳改良研究進展[J]. 樊軍鋒,楊培華,郭樹杰,劉永紅.  西北農(nóng)林科技大學學報(自然科學版). 2006(01)
[4]林木遺傳圖譜研究現(xiàn)狀及發(fā)展趨勢[J]. 張博,杜生明,黃敏仁.  中國生物工程雜志. 2003(04)
[5]遺傳作圖軟件應用及輔助軟件的研制[J]. 何禎祥,林國忠,施季森.  南京林業(yè)大學學報. 1999(03)
[6]分子標記在植物遺傳研究中的應用進展[J]. 胡會慶,李子銀.  生物學雜志. 1997(06)
[7]利用RAPD標記和單株樹大配子體構建馬尾松的分子標記連鎖圖譜[J]. 尹佟明,黃敏仁,王明庥,朱立煌,翟文學.  Acta Botanica Sinica. 1997(07)
[8]植物的比較基因組研究和大遺傳系統(tǒng)[J]. 沈利爽,朱立煌.  生物工程進展. 1995(02)

博士論文
[1]油松高輪次遺傳改良關鍵技術與策略[D]. 袁虎威.北京林業(yè)大學 2016

碩士論文
[1]縊蟶親子鑒定技術及遺傳連鎖圖譜的構建[D]. 王澤.上海海洋大學 2016
[2]基于RAD-seq技術的南方鲇高密度遺傳連鎖圖譜構建[D]. 謝蜜蜜.西南大學 2016
[3]利用RAD-seq測序構建美洲黑楊×小葉楊高密度遺傳連鎖圖譜[D]. 王瑩.南京林業(yè)大學 2014
[4]利用SSR標記和大配子體構建馬尾松遺傳圖譜[D]. 蔡娟娟.南京林業(yè)大學 2009



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