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改進聚類分析算法及其在DNA序列中的應(yīng)用

發(fā)布時間:2020-12-06 08:21
  聚類分析是數(shù)據(jù)挖掘中的一種跨學科、跨領(lǐng)域的數(shù)據(jù)分析方法,由于現(xiàn)今社會的發(fā)展需求,聚類分析算法被應(yīng)用的范圍以及頻率越來越多,因此,改進的聚類分析算法也相應(yīng)增多。鑒于諸多問題在分類界線上模糊,使得人們無法確定,因此模糊聚類的應(yīng)用逐漸被廣泛。國內(nèi)外的許多專家學者逐漸的將聚類分析問題轉(zhuǎn)變?yōu)閳D劃分問題,以圖為基本思想,將問題進行聚類的譜聚類也逐漸受到追捧。模糊聚類和譜系聚類一躍成為研究熱點,但是針對某些問題時,兩種聚類算法并不能通用,并且都存在一些缺陷,為進一步優(yōu)化聚類算法,便可以借助一些其他的方法將兩者結(jié)合達到優(yōu)化算法的目的,提高聚類分析的性能。我國作為農(nóng)業(yè)大國,玉米一直以來都是主要農(nóng)作物之一,然而隨著玉米需求量的增加卻沒有帶來玉米產(chǎn)量的增加,其主要因素便是玉米的病蟲害,而玉米螟則是主要的玉米害蟲。現(xiàn)階段我國針對玉米螟的防治手段有化學防治、生物防治和農(nóng)業(yè)防治三種手段,但是都沒有針對性,效果不夠明顯。為了進一步研究不同種類玉米螟的生長發(fā)育過程的習性,以達到更好地防治效果。本文提出了玉米螟在寄主和地理位置上存在類別差異的猜想,然后利用已知地理位置和寄主的玉米螟基因數(shù)據(jù),采用遺傳多樣性分析和改進的聚... 

【文章來源】:吉林農(nóng)業(yè)大學吉林省

【文章頁數(shù)】:48 頁

【學位級別】:碩士

【部分圖文】:

改進聚類分析算法及其在DNA序列中的應(yīng)用


玉米螟樣本圖

電泳條,產(chǎn)物,電泳分析,濃度


溫度 時間94℃ 4min94℃ 30s52 ℃ 30s54℃ 30min+35 個循環(huán)72℃ 5min最后 4 ℃下保存 PCR 樣品。PCR 產(chǎn)物進行電泳分析并在紫外分光光度儀下觀察濃度。PCR 產(chǎn)物電泳條帶,見圖 2.2。

堿基替換,擬合,基因,線性回歸分析


圖 3.1 COI 基因堿基替換擬合圖Fig.3.1 Base replacement fitting of COI gene 線性回歸分析,見表 3-5。表 3-5 P-Ts 線性回歸分析表Table 3-5 P-Ts linear regression analysis table回歸分析 殘差 總計SS 0.008647139 4.75648E-06 0.008651896MS 0.008647139 3.5763E-08F 241789.8826Significance F 1.1506E-218P-value 0.037309063Multiple R 0.99972508R Square 0.999450238djusted R Square 0.999446104標準誤差 0.000189111

【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于SRAP標記的羊蹄甲不同地理群體遺傳多樣性分析[J]. 何妙坤,韋雪芬,李焜釗,黃少偉,馮志堅,黃久香.  分子植物育種. 2019(06)
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碩士論文
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[4]分子連接性指數(shù)計算軟件制作及應(yīng)用[D]. 單俐經(jīng).華東理工大學 2011
[5]基因數(shù)據(jù)聚類分析研究[D]. 張白妮.湖南大學 2005



本文編號:2901052

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