在陸架海區(qū)沉積物中, DNA高通量測序技術可檢獲大量浮游寡毛類和舞毛類等非底棲纖毛蟲,這些源于水體的環(huán)境DNA(eDNA)如何影響對沉積物中纖毛蟲分子多樣性的評估,以及影響程度如何尚不明確。本研究選取了黃海冷水團中的兩個站位,通過提取水體和沉積物中DNA和RNA,并采用直接提取法和洗脫法提取沉積物DNA,結合DNA和cDNA測序技術,探討了水體和沉積物中纖毛蟲分子多樣性的關系。研究表明,基于洗脫DNA法、直接提取DNA法和cDNA法獲得的沉積物中纖毛蟲OTUs數(shù)分別為451、312和324個,其中211個OTUs同時由三種方法檢獲;而164個OTUs僅通過洗脫DNA法檢獲,其中89%為相對豐度低于0.1%的稀有類群。直接提取DNA法所獲的寡毛類和舞毛類序列數(shù)占比達46%,而在洗脫DNA法和cDNA法中占比僅為12%和10%。沉積物中檢獲的43%—71%的舞毛類和寡毛類OTUs與淺層水(<40m)共有,僅19%—29%與深層水(>40m)共有,且這些共有的OTUs可同時在淺層水中檢獲。本研究發(fā)現(xiàn),對沉積物中纖毛蟲分子多樣性評價造成影響的浮游類群主要來自淺層水,洗脫DNA與cD...

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圖1 每個水層環(huán)境因子聚類分析(紅色顯示差異不顯著:P>0.05)

42個測序樣本共獲取1160205條纖毛蟲的序列,每個樣本平均序列數(shù)為27624。其中,DY2.30序列數(shù)最低,為6683條;SRY2＿1序列數(shù)最高,為77604條。稀釋性曲線顯示:除SRY1＿3樣本外,其他所有樣本測序深度趨于飽和;較之海水樣本,沉積物樣本飽和性較低(圖2)。為....

圖2 水體和沉積物中纖毛蟲DNA和cDNA測序樣本稀釋性曲線

圖1每個水層環(huán)境因子聚類分析(紅色顯示差異不顯著:P>0.05)2.3基于DNA和cDNA測序的水體中纖毛蟲多樣性和群落結構

圖3 共有和特有OTUs數(shù)(括號內數(shù)字顯示舞毛亞綱和寡毛亞綱纖毛蟲OTUs數(shù))

DNA和cDNA測序所檢獲的纖毛蟲均隸屬于7個綱(圖5a)。兩種方法均顯示旋唇綱相對豐度和OTUs數(shù)最高,且主要由舞毛亞綱和寡毛亞綱構成。比較分析40m以淺和40m以深樣本,DNA和cDNA測序所揭示的不同綱/亞綱相對豐度和豐富度的變化規(guī)律一致:從40m以淺到40m以深,舞毛亞綱....

圖4 42個測序樣本聚類分析和SIMPROF分析(紅色虛線顯示差異不顯著,P>0.05)

圖3共有和特有OTUs數(shù)(括號內數(shù)字顯示舞毛亞綱和寡毛亞綱纖毛蟲OTUs數(shù))2.4基于直接提取DNA、洗脫DNA和cDNA測序的沉積物中纖毛蟲多樣性和群落結構

本文編號：4020426