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A3/A1復(fù)合物對接及結(jié)構(gòu)域之間相互作用的分子動力學(xué)研究

發(fā)布時間:2024-06-28 21:04
  目的探究血管性血友病因子(von Willbrand factor,v WF) A1、A3結(jié)構(gòu)域間的相互作用及A3的2 M型突變W1745C對A3/A1熱穩(wěn)定性和機(jī)械穩(wěn)定性的影響。方法 A1、A3的晶體結(jié)構(gòu)取自PDB數(shù)據(jù)庫,首先通過柔性對接獲得WT-A3/A1(野生型)復(fù)合物結(jié)構(gòu);再利用計算機(jī)突變技術(shù)構(gòu)建W1745C-A3/A1復(fù)合物體系;最后采用拉伸分子動力學(xué)模擬,觀察接觸面氫鍵和鹽橋的形成與演化,對比分析WT-A3/A1與W1745C-A3/A1在復(fù)合物構(gòu)象、解離力和解離時間的差異。結(jié)果 WT-A3/A1接觸面之間存在5對生存率大于0. 2的氫鍵和1對生存率大于0. 5的鹽橋; W1745C-A3突變提高了結(jié)合面氫鍵的生存率并增加1對穩(wěn)定鹽橋,從而能夠抵抗更大的拉伸力,延緩A1/A3的解離。結(jié)論 v WF分子內(nèi)部A1與A3的相互作用阻礙A1與血小板的結(jié)合,而W1745C-A3突變則強(qiáng)化這種分子內(nèi)部的相互作用,降低A1對血小板的親和力。研究結(jié)果為深入揭示臨床中突變導(dǎo)致的血管性血友病的分子機(jī)制及相應(yīng)藥物研制提供參考。

【文章頁數(shù)】:8 頁

【文章目錄】:
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 分子對接
    1.3 分子動力學(xué)模擬
    1.4 恒速度拉伸分子動力學(xué)模擬
    1.5 數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果與討論
    2.1 A3/A1分子對接結(jié)果及結(jié)合面的相互作用
    2.2 平衡過程中A3/A1復(fù)合物的穩(wěn)定性
    2.3 突變體W1745C-A3/A1的構(gòu)建及熱穩(wěn)定性
    2.4 W1745C型突變增強(qiáng)A3/A1復(fù)合物機(jī)械穩(wěn)定性
3 討論與展望



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