本文關鍵詞：CUDA平臺下的復雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

上海交通大學 碩士學位論文 CUDA平臺下的復雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究 姓名：胡曉菡 申請學位級別：碩士 專業(yè)：生物醫(yī)學工程 指導教師：師勇 20100501 上海交通大學工程碩士學位論文 摘要 CUDA平臺下的復雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究 摘 要 復雜疾病的全基因組基因-基因掃描可以有效發(fā)現(xiàn)多個基因的相互作 用對疾病易感性的貢獻。但是這種掃描的計算量通常非常巨大，，限制了它 的實際應用�，F(xiàn)代圖形處理器（GPU，顯卡）已具有非常強大的并行計算 能力，同時價格低廉。因此，在這項研究中我們使用了基于GPU 的算法， 即SHEsisEpi。它僅與多個位點在全基因組中的易感性相關，而不受單個位 點的關聯(lián)分析結果（即邊際函數(shù)）影響。 我們分析了 WTCCC 數(shù)據(jù)庫提供的雙向情感障礙（bipolar disorder, BPD）數(shù)據(jù)，僅耗時27 小時就完成了全基因組一共500K 個SNP 的掃描， 比傳統(tǒng)的CPU 程序快將近300 倍。 -12 然后，我們通過對掃描結果進行篩選（p 5.37×10 ），對p 值最小并且 符合條件的SNP 組合，用獨立的樣本進行重復實驗（475 個BPD 病例，480 個對照組，漢族人群），證明兩對基因組合與BPD 的易感性相關（a 0.05 ）。 可執(zhí)行文件和源代碼可從SHEsis 主頁進行下載（ -x.cn ）。 關鍵詞：基因-基因相互作用，雙向情感障礙，GPU編程

  本文關鍵詞：CUDA平臺下的復雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。