發(fā)布時間：2024-06-10 18:09

　　為研究銀杏響應(yīng)干旱脅迫的差異表達基因,本研究以20%(w/w) PEG6000處理后的銀杏幼苗葉片和正常葉片(對照)為材料構(gòu)建了15個轉(zhuǎn)錄組測序文庫,共產(chǎn)生了7.88×108原始序列讀數(shù),經(jīng)從頭組裝并優(yōu)化過濾后得到了93 750個Unigenes。通過對不同時間點響應(yīng)干旱的基因進行差異分析,共找到了4 140個差異表達基因,其中有1 953個上調(diào),2 187個下調(diào),在干旱過程中差異表達基因的動態(tài)響應(yīng)表現(xiàn)為干旱處理6 h的上調(diào)差異基因數(shù)最高,干旱處理12 h的下調(diào)差異基因數(shù)最高。進一步對得到的差異表達基因進行轉(zhuǎn)錄因子鑒定,共鑒定出171個轉(zhuǎn)錄因子,其中74個上調(diào),97個下調(diào),主要集中在MYB (38)、AP2/ERF (26)、NAC(15)、C2C2 (13)和bZIP (6)家族,且轉(zhuǎn)錄因子數(shù)在干旱處理6 h達到高點。GO富集分析顯示,碳水化合物代謝與細胞壁大分子代謝占生物學(xué)過程最多,細胞膜的組成部分與細胞外區(qū)域顯著富集在細胞組分中,水解酶活性占分子功能最多。KEGG富集分析顯示,差異表達基因顯著富集在苯丙烷生物合成、植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、植物晝夜節(jié)律以及淀粉和蔗糖代謝等通路中。上述研究...

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【部分圖文】：

圖1Unigenes長度頻數(shù)

對處理組和對照組進行差異表達基因的鑒定，一共鑒定出4140個DEGs，其中有1953個上調(diào)DEGs,2187個下調(diào)DEGs用于接下來的分析。通過對D1、D2、D3、D4四個時間點PEG處理和對照組(CK)的差異表達基因進行分析(圖3)，可以看出，在干旱處理過程中，上調(diào)的DE....

圖2Unigenes功能注釋統(tǒng)計

圖1Unigenes長度頻數(shù)1.4干旱脅迫下轉(zhuǎn)錄因子(TFs)的變化

圖3不同時間點差異表達基因的數(shù)量比較

為了鑒定不同干旱時間點銀杏葉中共同和特異的差異表達基因，用D1～D4時間點的DEGs生成韋恩圖(圖5)，可以看出，在干旱脅迫的D2～D3階段(6h～12h),DEGs的重疊部分達到最大(999個)，在干旱脅迫D2階段時，DEGs的特異性表達達到最高(743)，且干旱脅迫D1階....

圖4不同時間點轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)目

圖3不同時間點差異表達基因的數(shù)量比較圖5差異表達基因韋恩圖

本文編號：3991707