以銀杏基因組數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),通過序列比對,并經(jīng)過鑒定篩選,共獲得112個ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員,對其進行生物信息學(xué)及表達模式分析。結(jié)果顯示:銀杏112個ERF成員在系統(tǒng)進化樹上分為10個亞家族;基因結(jié)構(gòu)分析表明,大部分ERF家族基因結(jié)構(gòu)簡單,僅少量基因含有1～4個內(nèi)含子;基因表達分析顯示,39個ERF基因在雄蕊中表達量較高,20個基因在幼苗中表達量較高,40個基因在胚中表達量較高;部分基因在雄蕊、胚和幼苗中具有相同的表達模式,說明其可能具有類似的功能。

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【部分圖文】：

圖1銀杏ERF家族的系統(tǒng)進化分析結(jié)果

根據(jù)已知的擬南芥ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員的氨基酸序列，在銀杏數(shù)據(jù)庫中檢索到147條可能為AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員的氨基酸序列。進一步采用NCBI–CDD在線工具對氨基酸序列上的保守結(jié)構(gòu)域進行檢測，剔除保守結(jié)構(gòu)域中不完整的序列，最終得到112個銀杏ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員。根據(jù)下....

圖2銀杏ERF家族成員AP2/ERF保守結(jié)構(gòu)域

利用ClustalX對銀杏ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員的氨基酸序列進行多重比對，發(fā)現(xiàn)112個成員中均含有1個由60～70個氨基酸殘基組成的保守區(qū)域，即AP2/ERF結(jié)構(gòu)域，在其N端含有3個β–折疊，C端含有1個α–螺旋(圖2–A)。利用在線工具WebLogo分析銀杏ERF家族所有成....

圖3銀杏ERF家族基因結(jié)構(gòu)分析

利用在線工具GSDS對銀杏ERF家族112個成員的基因結(jié)構(gòu)進行了分析，結(jié)果如圖3所示。大部分的基因不含有內(nèi)含子，有19個基因成員含有1個內(nèi)含子，4個ERF基因成員含有2個內(nèi)含子，5個基因含有3個內(nèi)含子，僅有2個基因含有4個內(nèi)含子。其中，含有3個內(nèi)含子的基因主要分布在第IV、VII....

圖4銀杏不同組織ERF編碼基因的表達分析結(jié)果

利用Heml1.0軟件繪制基因表達熱圖(圖4)。結(jié)果顯示：112個銀杏ERF家族基因在不同的組織中表達水平存在差異，39個基因成員在銀杏雄株開花期的雄蕊中的表達水平較高；20個基因在銀杏幼苗中的表達水平較高；40個基因在銀杏雌株的胚中表達量較高；剩余的13個ERF家族基因在3個....

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