同源異型域-亮氨酸拉鏈(homeodomain-leucine zipper,HD-Zip)蛋白在植物生長(zhǎng)發(fā)育和適應(yīng)性抗逆過(guò)程中發(fā)揮著至關(guān)重要的調(diào)控作用,而密碼子偏好性分析是大麥HD-Zip轉(zhuǎn)錄因子家族分子進(jìn)化及功能研究的重要補(bǔ)充。為探究大麥HD-Zip轉(zhuǎn)錄因子家族密碼子偏好性特征,利用CUSP、CHIPS及CodonW等軟件(程序)對(duì)32個(gè)大麥HD-Zip基因進(jìn)行了分析。結(jié)果顯示,大麥HD-Zip家族基因偏好以C或G結(jié)尾的密碼子,使用頻率最高的密碼子是CUG,最優(yōu)密碼子為AUC和AGG。該家族基因GC3值分布較分散(0.48～0.98),有62.5%的基因ENC值小于35;GC12與GC3的相關(guān)性較強(qiáng),大多數(shù)ENC值頻數(shù)處于0.03～0.11的范圍內(nèi),實(shí)際ENC值與預(yù)期ENC值相近,證明大麥HD-Zip家族基因密碼子偏好性較弱,且在進(jìn)化過(guò)程中主要受突變壓力的影響。聚類(lèi)分析表明,基于相對(duì)同義密碼子使用度的HD-Zip基因聚類(lèi)與物種進(jìn)化關(guān)系沒(méi)有必然相關(guān)性。對(duì)大麥HD-Zip家族代表基因 HD-Zip IV 5進(jìn)行最適受體分析發(fā)現(xiàn),大腸桿菌更適合作為其異源表達(dá)受體,遺傳轉(zhuǎn)化模式植物中水稻更...

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圖1大麥HD-Zip家族基因GC12與GC3、ENC與GC3的相關(guān)性

表3各參數(shù)相關(guān)性Table3CorrelationofparametersS項(xiàng)目ItemGC1GC2GC3ENCGC1—GC20.3022*—GC30.6745**0.2881*—ENC-0.6628**-0.2896*-....

圖2不同物種HD-Zip基因聚類(lèi)分析

在物種適應(yīng)性進(jìn)化過(guò)程中,密碼子形成了一定的偏好使用模式且這種偏好性具有物種和基因差異。已有研究表明,密碼子偏性現(xiàn)象以非隨機(jī)的方式廣泛存在于生物體中,這種現(xiàn)象反映了細(xì)胞在適應(yīng)環(huán)境期間的進(jìn)化事件[31]。密碼子偏性分析是分子進(jìn)化及基因功能研究的重要補(bǔ)充。本研究通過(guò)密碼子偏性特征分析發(fā)....

圖4.2不同物種HD-Zip基因聚類(lèi)分析

青海大學(xué)碩士學(xué)位論文第4章大麥HD-Zip基因家族密碼子偏好性分析38圖4.2不同物種HD-Zip基因聚類(lèi)分析Fig.4.2ClusteranalysisofHD-Zipgenesfromdifferentspecies2.4HvHD-ZipIV5最適受體系統(tǒng)分析密碼子使用頻率是....

本文編號(hào)：4000076