探明高粱育種材料的遺傳結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系,為今后高粱雜交育種、種質(zhì)創(chuàng)新及雜種優(yōu)勢(shì)群構(gòu)建提供理論依據(jù)。采用簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)(Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)對(duì)37份高粱材料進(jìn)行測(cè)序,以高粱(Sorghum bicolor_v3.1)基因組為參考基因組進(jìn)行酶切預(yù)測(cè),以水稻品種日本晴為對(duì)照進(jìn)行比對(duì)分析,開發(fā)單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism,SNP)標(biāo)記并將其應(yīng)用于育種材料的遺傳結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系分析。結(jié)果表明,從37份高粱材料中共獲得106.19 Mb的讀長(zhǎng)數(shù)據(jù),不同材料的讀長(zhǎng)個(gè)數(shù)在1 461 206-4 628 462;對(duì)照數(shù)據(jù)的雙端比對(duì)效率為92.15%,酶切效率為89.69%,SLAF建庫正常。測(cè)序質(zhì)量值Q30平均為89.60%,所有樣品GC含量均值為45.71%,共開發(fā)了226 724個(gè)SLAF標(biāo)簽,其中多態(tài)性SLAF標(biāo)簽有105 053個(gè),通過序列分析共獲得185 451個(gè)有效標(biāo)記。群體遺傳結(jié)構(gòu)分析和主成分分析都將37份高粱育種材料劃分為2個(gè)類群,保...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 高粱DNA的提取
        1.2.2 酶切方案的確定
        1.2.3 基因組測(cè)序、SLAF標(biāo)簽分析及SNP分析
        1.2.4 群體遺傳結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系分析
2 結(jié)果
    2.1 酶切方案與建庫評(píng)估
    2.2 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與評(píng)估
    2.3 SLAF標(biāo)簽和SNP分子標(biāo)記的鑒定
    2.4 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
    2.5 聚類分析
    2.6 主成分分析
    2.7 遺傳距離分析
    2.8 不同育種材料間的遺傳距離分析
3 討論
4 結(jié)論



本文編號(hào)：3992308