發(fā)布時(shí)間：2020-11-03 00:27

　　 目的:基于全外測(cè)序(WES)研究DNA損傷修復(fù)(DDR)通路相關(guān)基因在中國(guó)高級(jí)別漿液性卵巢癌病人中的突變情況。方法:本研究所需的漿液性卵巢癌組織標(biāo)本均來自河北醫(yī)科大學(xué)第四醫(yī)院。本課題共篩選12例高級(jí)別卵巢漿液性癌患者。首先從這12個(gè)患者的新鮮手術(shù)組織中提取DNA,然后使用安捷倫外顯子雜交捕獲試劑盒Aglient SureSelect Human All Exon V6進(jìn)行全外捕獲,之后在Illumina-NovaSeq 6000測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行全外測(cè)序。下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后,同時(shí)使用panel of normals(PON)方案,再利用Knijnenburg等人的276基因目錄篩選出每個(gè)樣本中發(fā)生突變的DDR相關(guān)基因。結(jié)果:1.獲得了12個(gè)高級(jí)別漿液性卵巢癌患者的WES測(cè)序數(shù)據(jù),平均測(cè)序深度200x。2.高級(jí)別漿液性卵巢癌突變基因主要的突變形式是錯(cuò)義突變,其中主要是CT和TC。3.高級(jí)別漿液性卵巢癌的突變基因和細(xì)胞的各項(xiàng)生理活動(dòng)均有關(guān),涉及WNT、NOTCH、Hippo等信號(hào)通路。分為兩類:一類是原癌基因的激活,如RTK-RAS以及PI3K信號(hào)通路;一類是抑癌基因的失活,如TP53、NOTCH、細(xì)胞周期等信號(hào)通路。4.DDR通路相關(guān)基因的突變特征和所有基因的突變特征一樣,突變形式以錯(cuò)義突變?yōu)橹鳌Ｖ饕�的突變基因有TP53、GEN1、HERC2、MSH3、BRCA1等。TP53的突變頻率高達(dá)75%,無熱點(diǎn)突變。5.高級(jí)別漿液性卵巢癌的突變基因間存在一定的相關(guān)性,TP53的突變和POLN、TOP3A是互斥的,而MSH3的突變和POLN和WRN是共突變的。結(jié)論:1.DDR通路相關(guān)基因的突變和高級(jí)別漿液性卵巢癌的發(fā)生關(guān)系密切。11例患者的HDR通路相關(guān)基因發(fā)生了突變,可能會(huì)受益于PRAP抑制劑。2.DDR通路相關(guān)基因的突變可能與患者的突變負(fù)荷有關(guān)。3.高級(jí)別漿液性卵巢癌的DDR通路突變頻率較高基因是TP53、GEN1、HERC2、MSH3、BRCA1。4.高級(jí)別漿液性卵巢癌的基因突變存在相關(guān)性,TP53的突變和POLN、TOP3A是互斥的。而MSH3的突變和POLN和WRN是共突變的。但是本次樣本量較少,有待后期進(jìn)一步的而研究。
【學(xué)位單位】：河北醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R737.31
【部分圖文】：

卵巢癌中最常發(fā)生異常的DNA損傷修復(fù)通路：同源重組修復(fù)通路和錯(cuò)配修復(fù)通路；a.同源重組修復(fù)通路；b.錯(cuò)配修復(fù)通路Fig.1ThetwoDDRpathwaysmostfrequentlyalteredinovariancancer:homologousrecombinationrepairandmis-matchrepair；

雜交捕獲流程

文庫構(gòu)建流程
【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2867809